Mẫu biểu thị microRNA và gen trong sự khác biệt của tế bào gốc phôi người

Journal of Translational Medicine - Tập 7 - Trang 1-17 - 2009
Jiaqiang Ren1, Ping Jin1, Ena Wang1, Francesco M Marincola1, David F Stroncek1
1Department of Transfusion Medicine, Clinical Center, National Institute of Health, Bethesda, USA

Tóm tắt

Các đặc điểm độc nhất của tế bào gốc phôi người (hES) khiến chúng trở thành nguồn ứng viên tốt nhất cho cả liệu pháp thay thế tế bào và nghiên cứu phát triển. Tuy nhiên, các cơ chế phân tử chịu trách nhiệm cho việc duy trì đồng thời các đặc tính tự làm mới và trạng thái không phân hóa của chúng vẫn chưa rõ ràng. MicroRNA không mã hóa (miRNA) điều chỉnh sự cắt mRNA và ức chế dịch protein mã hóa thể hiện các mẫu biểu hiện theo thời gian hoặc theo loại mô và chúng đóng vai trò quan trọng trong thời gian phát triển. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã phân tích mẫu biểu hiện miRNA và gen giữa các mẫu từ 3 dòng tế bào hES (H9, I6 và BG01v), các cấu trúc phôi biệt hóa (EB) được lấy từ tế bào H9 tại các điểm thời gian khác nhau, và 5 loại tế bào người trưởng thành bao gồm Tế bào Nội mô Vi mạch Người (HMVEC), Tế bào Nội mô Tĩnh mạch Rốn Người (HUVEC), Tế bào Cơ trơn Động mạch Rốn (UASMC), Tế bào Astrocyte Người Bình thường (NHA), và Tế bào Nhu mô Phổi (LFB). Phân tích này đã chỉ ra rằng có 104 miRNAs và 776 gen được biểu hiện khác biệt giữa ba loại tế bào. Các miRNA và gen được chọn có sự biểu hiện khác biệt đã được xác nhận và kiểm tra thêm bằng phương pháp PCR thời gian thực định lượng (qRT-PCR). Đặc biệt, các thành viên của cụm miR-302 trên nhiễm sắc thể 4 và cụm miR-520 trên nhiễm sắc thể 19 đã được biểu hiện cao trong các tế bào hES không phân hóa. Các miRNAs trong hai cụm này thể hiện mức biểu hiện tương tự. Các thành viên của hai cụm này chia sẻ một trình tự hạt giống đồng thuận 7-mer và các gen mục tiêu của chúng có chức năng chồng chéo. Trong số các gen mục tiêu, các gen có chức năng sửa đổi cấu trúc nhiễm sắc nguyên liệu được làm giàu, gợi ý một vai trò trong việc duy trì cấu trúc nhiễm sắc. Chúng tôi cũng phát hiện rằng mức độ biểu hiện của các thành viên của hai cụm, miR-520b và miR-302c, có tương quan nghịch với các gen mục tiêu của chúng dựa trên phân tích biểu hiện gen. Chúng tôi đã xác định được các mẫu biểu hiện của miRNAs và bản sao gen trong sự không phân hóa của tế bào gốc phôi người; trong số các miRNAs được biểu hiện cao trong tế bào gốc phôi không phân hóa, cụm miR-520 có thể tham gia chặt chẽ vào chức năng của tế bào hES và mối liên hệ của nó với cấu trúc nhiễm sắc cần được nghiên cứu thêm.

Từ khóa

#tế bào gốc phôi người #microRNA #gen #sự khác biệt #biểu hiện gen

Tài liệu tham khảo

Bartel DP: MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell. 2004, 116 (2): 281-297. 10.1016/S0092-8674(04)00045-5.

Carrington JC, Ambros V: Role of microRNAs in plant and animal development. Science. 2003, 301 (5631): 336-338. 10.1126/science.1085242.

Olsen PH, Ambros V: The lin-4 regulatory RNA controls developmental timing in Caenorhabditis elegans by blocking LIN-14 protein synthesis after the initiation of translation. Dev Biol. 1999, 216 (2): 671-680. 10.1006/dbio.1999.9523.

Seggerson K, Tang L, Moss EG: Two genetic circuits repress the Caenorhabditis elegans heterochronic gene lin-28 after translation initiation. Dev Biol. 2002, 243 (2): 215-225. 10.1006/dbio.2001.0563.

Rhoades MW, Reinhart BJ, Lim LP, Burge CB, Bartel B, Bartel DP: Prediction of plant microRNA targets. Cell. 2002, 110 (4): 513-520. 10.1016/S0092-8674(02)00863-2.

Llave C, Xie Z, Kasschau KD, Carrington JC: Cleavage of Scarecrow-like mRNA targets directed by a class of Arabidopsis miRNA. Science. 2002, 297 (5589): 2053-2056. 10.1126/science.1076311.

Lee RC, Ambros V: An extensive class of small RNAs in Caenorhabditis elegans. Science. 2001, 294 (5543): 862-864. 10.1126/science.1065329.

Lau NC, Lim LP, Weinstein EG, Bartel DP: An abundant class of tiny RNAs with probable regulatory roles in Caenorhabditis elegans. Science. 2001, 294 (5543): 858-862. 10.1126/science.1065062.

Alvarez-Garcia I, Miska EA: MicroRNA functions in animal development and human disease. Development. 2005, 132 (21): 4653-4662. 10.1242/dev.02073.

Kloosterman WP, Plasterk RH: The diverse functions of microRNAs in animal development and disease. Dev Cell. 2006, 11 (4): 441-450. 10.1016/j.devcel.2006.09.009.

Hatfield SD, Shcherbata HR, Fischer KA, Nakahara K, Carthew RW, Ruohola-Baker H: Stem cell division is regulated by the microRNA pathway. Nature. 2005, 435 (7044): 974-978. 10.1038/nature03816.

Esau C, Kang X, Peralta E, Hanson E, Marcusson EG, Ravichandran LV, Sun Y, Koo S, Perera RJ, Jain R: MicroRNA-143 regulates adipocyte differentiation. J Biol Chem. 2004, 279 (50): 52361-52365. 10.1074/jbc.C400438200.

Zhao Y, Ransom JF, Li A, Vedantham V, von Drehle M, Muth AN, Tsuchihashi T, McManus MT, Schwartz RJ, Srivastava D: Dysregulation of cardiogenesis, cardiac conduction, and cell cycle in mice lacking miRNA-1-2. Cell. 2007, 129 (2): 303-317. 10.1016/j.cell.2007.03.030.

Chen CZ, Li L, Lodish HF, Bartel DP: MicroRNAs modulate hematopoietic lineage differentiation. Science. 2004, 303 (5654): 83-86. 10.1126/science.1091903.

Turner M, Vigorito E: Regulation of B- and T-cell differentiation by a single microRNA. Biochem Soc Trans. 2008, 36 (Pt 3): 531-533. 10.1042/BST0360531.

Suh MR, Lee Y, Kim JY, Kim SK, Moon SH, Lee JY, Cha KY, Chung HM, Yoon HS, Moon SY: Human embryonic stem cells express a unique set of microRNAs. Dev Biol. 2004, 270 (2): 488-498. 10.1016/j.ydbio.2004.02.019.

Lakshmipathy U, Love B, Goff LA, Jornsten R, Graichen R, Hart RP, Chesnut JD: MicroRNA expression pattern of undifferentiated and differentiated human embryonic stem cells. Stem Cells Dev. 2007, 16 (6): 1003-1016. 10.1089/scd.2007.0026.

Tang F, Hajkova P, Barton SC, Lao K, Surani MA: MicroRNA expression profiling of single whole embryonic stem cells. Nucleic Acids Res. 2006, 34 (2): e9-10.1093/nar/gnj009.

Chen C, Ridzon D, Lee CT, Blake J, Sun Y, Strauss WM: Defining embryonic stem cell identity using differentiation-related microRNAs and their potential targets. Mamm Genome. 2007, 18 (5): 316-327. 10.1007/s00335-007-9032-6.

Houbaviy HB, Murray MF, Sharp PA: Embryonic stem cell-specific MicroRNAs. Dev Cell. 2003, 5 (2): 351-358. 10.1016/S1534-5807(03)00227-2.

Ruike Y, Ichimura A, Tsuchiya S, Shimizu K, Kunimoto R, Okuno Y, Tsujimoto G: Global correlation analysis for micro-RNA and mRNA expression profiles in human cell lines. J Hum Genet. 2008, 53 (6): 515-523. 10.1007/s10038-008-0279-x.

Huang JC, Babak T, Corson TW, Chua G, Khan S, Gallie BL, Hughes TR, Blencowe BJ, Frey BJ, Morris QD: Using expression profiling data to identify human microRNA targets. Nat Methods. 2007, 4 (12): 1045-1049. 10.1038/nmeth1130.

Baskerville S, Bartel DP: Microarray profiling of microRNAs reveals frequent coexpression with neighboring miRNAs and host genes. Rna. 2005, 11 (3): 241-247. 10.1261/rna.7240905.

Laurent LC, Chen J, Ulitsky I, Mueller FJ, Lu C, Shamir R, Fan JB, Loring JF: Comprehensive microRNA profiling reveals a unique human embryonic stem cell signature dominated by a single seed sequence. Stem Cells. 2008, 26 (6): 1506-1516. 10.1634/stemcells.2007-1081.

Wu H, Xu J, Pang ZP, Ge W, Kim KJ, Blanchi B, Chen C, Sudhof TC, Sun YE: Integrative genomic and functional analyses reveal neuronal subtype differentiation bias in human embryonic stem cell lines. Proc Natl Acad Sci USA. 2007, 104 (34): 13821-13826. 10.1073/pnas.0706199104.

Morin RD, O'Connor MD, Griffith M, Kuchenbauer F, Delaney A, Prabhu AL, Zhao Y, McDonald H, Zeng T, Hirst M: Application of massively parallel sequencing to microRNA profiling and discovery in human embryonic stem cells. Genome Res. 2008, 18 (4): 610-621. 10.1101/gr.7179508.

Bentwich I, Avniel A, Karov Y, Aharonov R, Gilad S, Barad O, Barzilai A, Einat P, Einav U, Meiri E: Identification of hundreds of conserved and nonconserved human microRNAs. Nat Genet. 2005, 37 (7): 766-770. 10.1038/ng1590.

Liang Y, Ridzon D, Wong L, Chen C: Characterization of microRNA expression profiles in normal human tissues. BMC Genomics. 2007, 8: 166-10.1186/1471-2164-8-166.

Bar M, Wyman SK, Fritz BR, Qi J, Garg KS, Parkin RK, Kroh EM, Bendoraite A, Mitchell PS, Nelson AM: MicroRNA Discovery and Profiling in Human Embryonic Stem Cells by Deep Sequencing of Small RNA Libraries. Stem Cells. 2008, 26 (10): 2496-2505. 10.1634/stemcells.2008-0356.

Seitz H, Royo H, Bortolin ML, Lin SP, Ferguson-Smith AC, Cavaille J: A large imprinted microRNA gene cluster at the mouse Dlk1-Gtl2 domain. Genome Res. 2004, 14 (9): 1741-1748. 10.1101/gr.2743304.

Boyerinas B, Park SM, Shomron N, Hedegaard MM, Vinther J, Andersen JS, Feig C, Xu J, Burge CB, Peter ME: Identification of let-7-regulated oncofetal genes. Cancer Res. 2008, 68 (8): 2587-2591. 10.1158/0008-5472.CAN-08-0264.

Lu SJ, Hipp JA, Feng Q, Hipp JD, Lanza R, Atala A: GeneChip analysis of human embryonic stem cell differentiation into hemangioblasts: an in silico dissection of mixed phenotypes. Genome Biol. 2007, 8 (11): R240-10.1186/gb-2007-8-11-r240.

Hirst M, Delaney A, Rogers SA, Schnerch A, Persaud DR, O'Connor MD, Zeng T, Moksa M, Fichter K, Mah D: LongSAGE profiling of nine human embryonic stem cell lines. Genome Biol. 2007, 8 (6): R113-10.1186/gb-2007-8-6-r113.

Sperger JM, Chen X, Draper JS, Antosiewicz JE, Chon CH, Jones SB, Brooks JD, Andrews PW, Brown PO, Thomson JA: Gene expression patterns in human embryonic stem cells and human pluripotent germ cell tumors. Proc Natl Acad Sci USA. 2003, 100 (23): 13350-13355. 10.1073/pnas.2235735100.

Ulloa-Montoya F, Kidder BL, Pauwelyn KA, Chase LG, Luttun A, Crabbe A, Geraerts M, Sharov AA, Piao Y, Ko MS: Comparative transcriptome analysis of embryonic and adult stem cells with extended and limited differentiation capacity. Genome Biol. 2007, 8 (8): R163-10.1186/gb-2007-8-8-r163.

Wang J, Rao S, Chu J, Shen X, Levasseur DN, Theunissen TW, Orkin SH: A protein interaction network for pluripotency of embryonic stem cells. Nature. 2006, 444 (7117): 364-368. 10.1038/nature05284.

Zhang J, Tam WL, Tong GQ, Wu Q, Chan HY, Soh BS, Lou Y, Yang J, Ma Y, Chai L: Sall4 modulates embryonic stem cell pluripotency and early embryonic development by the transcriptional regulation of Pou5f1. Nat Cell Biol. 2006, 8 (10): 1114-1123. 10.1038/ncb1481.

Zhou Q, Chipperfield H, Melton DA, Wong WH: A gene regulatory network in mouse embryonic stem cells. Proc Natl Acad Sci USA. 2007, 104 (42): 16438-16443. 10.1073/pnas.0701014104.

Kim J, Chu J, Shen X, Wang J, Orkin SH: An extended transcriptional network for pluripotency of embryonic stem cells. Cell. 2008, 132 (6): 1049-1061. 10.1016/j.cell.2008.02.039.

Heo JS, Lee MY, Han HJ: Sonic hedgehog stimulates mouse embryonic stem cell proliferation by cooperation of Ca2+/protein kinase C and epidermal growth factor receptor as well as Gli1 activation. Stem Cells. 2007, 25 (12): 3069-3080. 10.1634/stemcells.2007-0550.

Kiprilov EN, Awan A, Desprat R, Velho M, Clement CA, Byskov AG, Andersen CY, Satir P, Bouhassira EE, Christensen ST: Human embryonic stem cells in culture possess primary cilia with hedgehog signaling machinery. J Cell Biol. 2008, 180 (5): 897-904. 10.1083/jcb.200706028.

Lewis BP, Burge CB, Bartel DP: Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets. Cell. 2005, 120 (1): 15-20. 10.1016/j.cell.2004.12.035.

Sood P, Krek A, Zavolan M, Macino G, Rajewsky N: Cell-type-specific signatures of microRNAs on target mRNA expression. Proc Natl Acad Sci USA. 2006, 103 (8): 2746-2751. 10.1073/pnas.0511045103.

Hsu SD, Chu CH, Tsou AP, Chen SJ, Chen HC, Hsu PW, Wong YH, Chen YH, Chen GH, Huang HD: miRNAMap 2.0: genomic maps of microRNAs in metazoan genomes. Nucleic Acids Res. 2008, D165-169. 36 Database

Kapsimali M, Kloosterman WP, de Bruijn E, Rosa F, Plasterk RH, Wilson SW: MicroRNAs show a wide diversity of expression profiles in the developing and mature central nervous system. Genome Biol. 2007, 8 (8): R173-10.1186/gb-2007-8-8-r173.

Bak M, Silahtaroglu A, Moller M, Christensen M, Rath MF, Skryabin B, Tommerup N, Kauppinen S: MicroRNA expression in the adult mouse central nervous system. Rna. 2008, 14 (3): 432-444. 10.1261/rna.783108.

Felli N, Fontana L, Pelosi E, Botta R, Bonci D, Facchiano F, Liuzzi F, Lulli V, Morsilli O, Santoro S: MicroRNAs 221 and 222 inhibit normal erythropoiesis and erythroleukemic cell growth via kit receptor down-modulation. Proc Natl Acad Sci USA. 2005, 102 (50): 18081-18086. 10.1073/pnas.0506216102.

Gregory PA, Bert AG, Paterson EL, Barry SC, Tsykin A, Farshid G, Vadas MA, Khew-Goodall Y, Goodall GJ: The miR-200 family and miR-205 regulate epithelial to mesenchymal transition by targeting ZEB1 and SIP1. Nat Cell Biol. 2008, 10 (5): 593-601. 10.1038/ncb1722.

Korpal M, Lee ES, Hu G, Kang Y: The miR-200 family inhibits epithelial-mesenchymal transition and cancer cell migration by direct targeting of E-cadherin transcriptional repressors ZEB1 and ZEB2. J Biol Chem. 2008, 283 (22): 14910-14914. 10.1074/jbc.C800074200.

Park SM, Gaur AB, Lengyel E, Peter ME: The miR-200 family determines the epithelial phenotype of cancer cells by targeting the E-cadherin repressors ZEB1 and ZEB2. Genes Dev. 2008, 22 (7): 894-907. 10.1101/gad.1640608.

Choi PS, Zakhary L, Choi WY, Caron S, Alvarez-Saavedra E, Miska EA, McManus M, Harfe B, Giraldez AJ, Horvitz RH: Members of the miRNA-200 family regulate olfactory neurogenesis. Neuron. 2008, 57 (1): 41-55. 10.1016/j.neuron.2007.11.018.

Meng F, Henson R, Lang M, Wehbe H, Maheshwari S, Mendell JT, Jiang J, Schmittgen TD, Patel T: Involvement of human micro-RNA in growth and response to chemotherapy in human cholangiocarcinoma cell lines. Gastroenterology. 2006, 130 (7): 2113-2129. 10.1053/j.gastro.2006.02.057.

Ladeiro Y, Couchy G, Balabaud C, Bioulac-Sage P, Pelletier L, Rebouissou S, Zucman-Rossi J: MicroRNA profiling in hepatocellular tumors is associated with clinical features and oncogene/tumor suppressor gene mutations. Hepatology. 2008, 47 (6): 1955-1963. 10.1002/hep.22256.

Iorio MV, Visone R, Di Leva G, Donati V, Petrocca F, Casalini P, Taccioli C, Volinia S, Liu CG, Alder H: MicroRNA signatures in human ovarian cancer. Cancer Res. 2007, 67 (18): 8699-8707. 10.1158/0008-5472.CAN-07-1936.

Cao H, Yang CS, M RT: Evolutionary Emergence of microRNAs in Human Embryonic Stem Cells. PLoS ONE. 2008, 3 (7): e2820-10.1371/journal.pone.0002820.

Liao R, Sun J, Zhang L, Lou G, Chen M, Zhou D, Chen Z, Zhang S: MicroRNAs play a role in the development of human hematopoietic stem cells. J Cell Biochem. 2008, 104 (3): 805-817. 10.1002/jcb.21668.

Bernstein BE, Mikkelsen TS, Xie X, Kamal M, Huebert DJ, Cuff J, Fry B, Meissner A, Wernig M, Plath K: A bivalent chromatin structure marks key developmental genes in embryonic stem cells. Cell. 2006, 125 (2): 315-326. 10.1016/j.cell.2006.02.041.

Ramalho-Santos M, Yoon S, Matsuzaki Y, Mulligan RC, Melton DA: "Stemness": transcriptional profiling of embryonic and adult stem cells. Science. 2002, 298 (5593): 597-600. 10.1126/science.1072530.

Boyer LA, Lee TI, Cole MF, Johnstone SE, Levine SS, Zucker JP, Guenther MG, Kumar RM, Murray HL, Jenner RG: Core transcriptional regulatory circuitry in human embryonic stem cells. Cell. 2005, 122 (6): 947-956. 10.1016/j.cell.2005.08.020.

Jongen-Lavrencic M, Sun SM, Dijkstra MK, Valk PJ, Lowenberg B: MicroRNA expression profiling in relation to the genetic heterogeneity of acute myeloid leukemia. Blood. 2008, 111 (10): 5078-5085. 10.1182/blood-2008-01-133355.

Sempere LF, Christensen M, Silahtaroglu A, Bak M, Heath CV, Schwartz G, Wells W, Kauppinen S, Cole CN: Altered MicroRNA expression confined to specific epithelial cell subpopulations in breast cancer. Cancer Res. 2007, 67 (24): 11612-11620. 10.1158/0008-5472.CAN-07-5019.

Ivanovska I, Ball AS, Diaz RL, Magnus JF, Kibukawa M, Schelter JM, Kobayashi SV, Lim L, Burchard J, Jackson AL: MicroRNAs in the miR-106b family regulate p21/CDKN1A and promote cell cycle progression. Mol Cell Biol. 2008, 28 (7): 2167-2174. 10.1128/MCB.01977-07.

Gonzalez I, Dejean S, Martin P, Baccini A: CCA: An R Package to Extend CanonicalCorrelation Analysis. Journal of Statistical Software. 2008, 23 (12): 1-14.

Takakura S, Mitsutake N, Nakashima M, Namba H, Saenko VA, Rogounovitch TI, Nakazawa Y, Hayashi T, Ohtsuru A, Yamashita S: Oncogenic role of miR-17-92 cluster in anaplastic thyroid cancer cells. Cancer Sci. 2008, 99 (6): 1147-1154. 10.1111/j.1349-7006.2008.00800.x.

Xiao C, Srinivasan L, Calado DP, Patterson HC, Zhang B, Wang J, Henderson JM, Kutok JL, Rajewsky K: Lymphoproliferative disease and autoimmunity in mice with increased miR-17-92 expression in lymphocytes. Nat Immunol. 2008, 9 (4): 405-414. 10.1038/ni1575.

Mendell JT: miRiad roles for the miR-17-92 cluster in development and disease. Cell. 2008, 133 (2): 217-222. 10.1016/j.cell.2008.04.001.

Ventura A, Young AG, Winslow MM, Lintault L, Meissner A, Erkeland SJ, Newman J, Bronson RT, Crowley D, Stone JR: Targeted deletion reveals essential and overlapping functions of the miR-17 through 92 family of miRNA clusters. Cell. 2008, 132 (5): 875-886. 10.1016/j.cell.2008.02.019.

Kasashima K, Nakamura Y, Kozu T: Altered expression profiles of microRNAs during TPA-induced differentiation of HL-60 cells. Biochem Biophys Res Commun. 2004, 322 (2): 403-410. 10.1016/j.bbrc.2004.07.130.

Lakshmipathy U, Hart RP: Concise review: MicroRNA expression in multipotent mesenchymal stromal cells. Stem Cells. 2008, 26 (2): 356-363. 10.1634/stemcells.2007-0625.

Takamizawa J, Konishi H, Yanagisawa K, Tomida S, Osada H, Endoh H, Harano T, Yatabe Y, Nagino M, Nimura Y: Reduced expression of the let-7 microRNAs in human lung cancers in association with shortened postoperative survival. Cancer Res. 2004, 64 (11): 3753-3756. 10.1158/0008-5472.CAN-04-0637.

Sampson VB, Rong NH, Han J, Yang Q, Aris V, Soteropoulos P, Petrelli NJ, Dunn SP, Krueger LJ: MicroRNA let-7a down-regulates MYC and reverts MYC-induced growth in Burkitt lymphoma cells. Cancer Res. 2007, 67 (20): 9762-9770. 10.1158/0008-5472.CAN-07-2462.

Yu F, Yao H, Zhu P, Zhang X, Pan Q, Gong C, Huang Y, Hu X, Su F, Lieberman J: let-7 regulates self renewal and tumorigenicity of breast cancer cells. Cell. 2007, 131 (6): 1109-1123. 10.1016/j.cell.2007.10.054.

Place RF, Li LC, Pookot D, Noonan EJ, Dahiya R: MicroRNA-373 induces expression of genes with complementary promoter sequences. Proc Natl Acad Sci USA. 2008, 105 (5): 1608-1613. 10.1073/pnas.0707594105.

Tili E, Michaille JJ, Cimino A, Costinean S, Dumitru CD, Adair B, Fabbri M, Alder H, Liu CG, Calin GA: Modulation of miR-155 and miR-125b levels following lipopolysaccharide/TNF-alpha stimulation and their possible roles in regulating the response to endotoxin shock. J Immunol. 2007, 179 (8): 5082-5089.

Plachez C, Lindwall C, Sunn N, Piper M, Moldrich RX, Campbell CE, Osinski JM, Gronostajski RM, Richards LJ: Nuclear factor I gene expression in the developing forebrain. J Comp Neurol. 2008, 508 (3): 385-401. 10.1002/cne.21645.

Wang W, Mullikin-Kilpatrick D, Crandall JE, Gronostajski RM, Litwack ED, Kilpatrick DL: Nuclear factor I coordinates multiple phases of cerebellar granule cell development via regulation of cell adhesion molecules. J Neurosci. 2007, 27 (23): 6115-6127. 10.1523/JNEUROSCI.0180-07.2007.

Driller K, Pagenstecher A, Uhl M, Omran H, Berlis A, Grunder A, Sippel AE: Nuclear factor I × deficiency causes brain malformation and severe skeletal defects. Mol Cell Biol. 2007, 27 (10): 3855-3867. 10.1128/MCB.02293-06.

Steele-Perkins G, Plachez C, Butz KG, Yang G, Bachurski CJ, Kinsman SL, Litwack ED, Richards LJ, Gronostajski RM: The transcription factor gene Nfib is essential for both lung maturation and brain development. Mol Cell Biol. 2005, 25 (2): 685-698. 10.1128/MCB.25.2.685-698.2005.

Uchihashi T, Kimata M, Tachikawa K, Koshimizu T, Okada T, Ihara-Watanabe M, Sakai N, Kogo M, Ozono K, Michigami T: Involvement of nuclear factor I transcription/replication factor in the early stage of chondrocytic differentiation. Bone. 2007, 41 (6): 1025-1035. 10.1016/j.bone.2007.08.028.

Wang E, Miller LD, Ohnmacht GA, Liu ET, Marincola FM: High-fidelity mRNA amplification for gene profiling. Nat Biotechnol. 2000, 18 (4): 457-459. 10.1038/74546.

Gentleman RC, Carey VJ, Bates DM, Bolstad B, Dettling M, Dudoit S, Ellis B, Gautier L, Ge Y, Gentry J: Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics. Genome Biol. 2004, 5 (10): R80-10.1186/gb-2004-5-10-r80.

Huber W, von Heydebreck A, Sultmann H, Poustka A, Vingron M: Variance stabilization applied to microarray data calibration and to the quantification of differential expression. Bioinformatics. 2002, 18 (Suppl 1): S96-104.

Eisen MB, Spellman PT, Brown PO, Botstein D: Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns. Proc Natl Acad Sci USA. 1998, 95 (25): 14863-14868. 10.1073/pnas.95.25.14863.

Chen C, Ridzon DA, Broomer AJ, Zhou Z, Lee DH, Nguyen JT, Barbisin M, Xu NL, Mahuvakar VR, Andersen MR: Real-time quantification of microRNAs by stem-loop RT-PCR. Nucleic Acids Res. 2005, 33 (20): e179-10.1093/nar/gni178.

John B, Enright AJ, Aravin A, Tuschl T, Sander C, Marks DS: Human MicroRNA targets. PLoS Biol. 2004, 2 (11): e363-10.1371/journal.pbio.0020363.

Kruger J, Rehmsmeier M: RNAhybrid: microRNA target prediction easy, fast and flexible. Nucleic Acids Res. 2006, W451-454. 10.1093/nar/gkl243. 34 Web Server

Dennis G, Sherman BT, Hosack DA, Yang J, Gao W, Lane HC, Lempicki RA: DAVID: Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery. Genome Biol. 2003, 4 (5): P3-10.1186/gb-2003-4-5-p3.

Zeeberg BR, Qin H, Narasimhan S, Sunshine M, Cao H, Kane DW, Reimers M, Stephens RM, Bryant D, Burt SK: High-Throughput GoMiner, an 'industrial-strength' integrative gene ontology tool for interpretation of multiple-microarray experiments, with application to studies of Common Variable Immune Deficiency (CVID). BMC Bioinformatics. 2005, 6: 168-10.1186/1471-2105-6-168.

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Translational Medicine

Tập 7

1-17

Thông tin tác giả