C. Nick Pace, F.F. Vajdos, Lanette Fee, Gerald R. Grimsley, Thomas H. Gray
Tóm tắtHệ số hấp thụ mol, ε, của một protein thường được dựa trên nồng độ được đo bằng khối lượng khô, phân tích nitơ hoặc amino acid. Các nghiên cứu được báo cáo ở đây cho thấy phương pháp Edelhoch là phương pháp tốt nhất để đo ε cho một protein. (Phương pháp này được mô tả bởi Gill và von Hippel [1989, Anal Biochem 182:319–326] và dựa t...... hiện toàn bộ
Tóm tắtTrong bài báo này, một phương pháp mới được mô tả nhằm phân biệt giữa các vùng cấu trúc protein được xác định đúng và sai dựa trên các tương tác nguyên tử đặc trưng. Các loại nguyên tử khác nhau được phân bố không ngẫu nhiên với nhau trong các phân tử protein. Những sai sót trong việc xây dựng mô hình dẫn đến việc phân bố các loại nguyên tử khác nhau trở nên...... hiện toàn bộ
Tóm tắtCấu trúc protein trong Ngân hàng Dữ liệu Protein cung cấp nhiều dữ liệu về các tương tác xác định trạng thái nguyên bản của protein. Sử dụng lý thuyết xác suất, chúng tôi xây dựng một tiềm năng thống kê phụ thuộc vào khoảng cách nguyên tử dựa trên một mẫu cấu trúc nguyên bản mà không phụ thuộc vào bất kỳ thông số điều chỉnh nào (Tiềm năng Năng lượng Protein ...... hiện toàn bộ
Tóm tắtThioflavine T (ThT) liên kết nhanh chóng với các sợi kết tụ của các peptide được chiết xuất từ β/A4, cụ thể là β(1–28) và β(1–40), tạo ra một cực đại hấp thụ (ex) mới tại 450 nm và phát xạ (em) gia tăng ở 482 nm, khác với các giá trị 385 nm (ex) và 445 nm (em) của thuốc nhuộm tự...... hiện toàn bộ
Tóm tắtDự đoán cấu trúc protein so sánh chủ yếu bị hạn chế bởi các lỗi trong việc căn chỉnh và mô hình hóa vòng. Chúng tôi giới thiệu một kỹ thuật mô hình hóa tự động mới, giúp cải thiện đáng kể độ chính xác của dự đoán vòng trong cấu trúc protein. Vị trí của tất cả các nguyên tử không hydro trong vòng được tối ưu hóa trong một môi trường cố định với một hàm năng l...... hiện toàn bộ
Tóm tắtVật liệu thử nghiệm tích lũy trong tài liệu về hành vi cấu hình của protein không cấu trúc tự nhiên (protein không gấp tự nhiên) đã được phân tích. Kết quả của phân tích này cho thấy rằng những protein này không sở hữu các đặc tính cấu trúc đồng nhất, như mong đợi đối với các thành viên của một thực thể nhiệt động lực học đơn lẻ. Thay vào đó, các protein này...... hiện toàn bộ
Tóm tắtGiá trị biến tính m, sự phụ thuộc của năng lượng tự do của quá trình mở ra vào nồng độ chất biến tính, đã được thu thập cho một tập hợp lớn các protein. Giá trị m tương quan rất mạnh với lượng bề mặt protein tiếp xúc với dung môi khi mở ra, với hệ số tương quan tuyến tính R = 0....... hiện toàn bộ
AbstractWe have carried out detailed statistical analyses of integral membrane proteins of the helix‐bundle class from eubacterial, archaean, and eukaryotic organisms for which genome‐wide sequence data are available. Twenty to 30% of all ORFs are predicted to encode membrane proteins, with the larger genomes containing a higher fraction than the smaller ones. Alth...... hiện toàn bộ
Roman A. Laskowski, Jagoda Jabłońska, Lukáš Pravda, Radka Svobodová Vařeková, Janet M. Thornton
Tóm tắtPDBsum là một máy chủ web cung cấp thông tin cấu trúc về các mục trong Ngân hàng Dữ liệu Protein (PDB). Các phân tích chủ yếu dựa trên hình ảnh và bao gồm cấu trúc bậc hai của protein, tương tác giữa protein và ligand, tương tác giữa protein và DNA, phân tích PROCHECK về chất lượng cấu trúc, và nhiều phân tích khác. Các cấu trúc 3D có thể được xem tương tác ...... hiện toàn bộ
Tóm tắt Một phương pháp mới dựa trên sự phân mảnh protein và độ phân giải cao của sắc ký lỏng nối trực tiếp với phổ khối ion hóa bằng bom nguyên tử nhanh (HPLC‐FABMS) được mô tả để xác định tốc độ mà hydro amide trong protein trải qua quá trình trao đổi đồng vị. Cytochrom c của tim ngựa được ủ trong D2O tùy theo thời ...... hiện toàn bộ