C. Nick Pace, F.F. Vajdos, Lanette Fee, Gerald R. Grimsley, Thomas H. Gray
Tóm tắtHệ số hấp thụ mol, ε, của một protein thường được dựa trên nồng độ được
đo bằng khối lượng khô, phân tích nitơ hoặc amino acid. Các nghiên cứu được báo
cáo ở đây cho thấy phương pháp Edelhoch là phương pháp tốt nhất để đo ε cho một
protein. (Phương pháp này được mô tả bởi Gill và von Hippel [1989, Anal Biochem
182:319–326] và dựa trên dữ liệu từ Edelhoch [1967, Biochemistry 6:1948–1954].)
Đ... hiện toàn bộ
Tóm tắtTrong bài báo này, một phương pháp mới được mô tả nhằm phân biệt giữa các
vùng cấu trúc protein được xác định đúng và sai dựa trên các tương tác nguyên tử
đặc trưng. Các loại nguyên tử khác nhau được phân bố không ngẫu nhiên với nhau
trong các phân tử protein. Những sai sót trong việc xây dựng mô hình dẫn đến
việc phân bố các loại nguyên tử khác nhau trở nên ngẫu nhiên hơn, điều này có
thể ... hiện toàn bộ
Tóm tắtCấu trúc protein trong Ngân hàng Dữ liệu Protein cung cấp nhiều dữ liệu
về các tương tác xác định trạng thái nguyên bản của protein. Sử dụng lý thuyết
xác suất, chúng tôi xây dựng một tiềm năng thống kê phụ thuộc vào khoảng cách
nguyên tử dựa trên một mẫu cấu trúc nguyên bản mà không phụ thuộc vào bất kỳ
thông số điều chỉnh nào (Tiềm năng Năng lượng Protein Tối ưu rời rạc, hay DOPE).
DOPE đ... hiện toàn bộ
Tóm tắtThioflavine T (ThT) liên kết nhanh chóng với các sợi kết tụ của các
peptide được chiết xuất từ β/A4, cụ thể là β(1–28) và β(1–40), tạo ra một cực
đại hấp thụ (ex) mới tại 450 nm và phát xạ (em) gia tăng ở 482 nm, khác với các
giá trị 385 nm (ex) và 445 nm (em) của thuốc nhuộm tự do. Sự thay đổi này phụ
thuộc vào trạng thái kết tụ vì các peptide monomer hoặc dimer không phản ứng, và
sự phân ... hiện toàn bộ
Tóm tắtDự đoán cấu trúc protein so sánh chủ yếu bị hạn chế bởi các lỗi trong
việc căn chỉnh và mô hình hóa vòng. Chúng tôi giới thiệu một kỹ thuật mô hình
hóa tự động mới, giúp cải thiện đáng kể độ chính xác của dự đoán vòng trong cấu
trúc protein. Vị trí của tất cả các nguyên tử không hydro trong vòng được tối ưu
hóa trong một môi trường cố định với một hàm năng lượng giả. Năng lượng là tổng
của ... hiện toàn bộ
Tóm tắtVật liệu thử nghiệm tích lũy trong tài liệu về hành vi cấu hình của
protein không cấu trúc tự nhiên (protein không gấp tự nhiên) đã được phân tích.
Kết quả của phân tích này cho thấy rằng những protein này không sở hữu các đặc
tính cấu trúc đồng nhất, như mong đợi đối với các thành viên của một thực thể
nhiệt động lực học đơn lẻ. Thay vào đó, các protein này có thể được chia thành
hai nhóm ... hiện toàn bộ
Tóm tắtGiá trị biến tính m, sự phụ thuộc của năng lượng tự do của quá trình mở
ra vào nồng độ chất biến tính, đã được thu thập cho một tập hợp lớn các protein.
Giá trị m tương quan rất mạnh với lượng bề mặt protein tiếp xúc với dung môi khi
mở ra, với hệ số tương quan tuyến tính R = 0.84 cho urê và R = 0.87 cho guanidin
hydrochloride. Những tương quan này cải thiện lên R = 0.90 khi hiệu ứng của li... hiện toàn bộ
AbstractWe have carried out detailed statistical analyses of integral membrane
proteins of the helix‐bundle class from eubacterial, archaean, and eukaryotic
organisms for which genome‐wide sequence data are available. Twenty to 30% of
all ORFs are predicted to encode membrane proteins, with the larger genomes
containing a higher fraction than the smaller ones. Although there is a general
tendency ... hiện toàn bộ
Roman A. Laskowski, Jagoda Jabłońska, Lukáš Pravda, Radka Svobodová Vařeková, Janet M. Thornton
Tóm tắtPDBsum là một máy chủ web cung cấp thông tin cấu trúc về các mục trong
Ngân hàng Dữ liệu Protein (PDB). Các phân tích chủ yếu dựa trên hình ảnh và bao
gồm cấu trúc bậc hai của protein, tương tác giữa protein và ligand, tương tác
giữa protein và DNA, phân tích PROCHECK về chất lượng cấu trúc, và nhiều phân
tích khác. Các cấu trúc 3D có thể được xem tương tác trong RasMol, PyMOL, và một
trình... hiện toàn bộ
Tóm tắt Một phương pháp mới dựa trên sự phân mảnh protein và độ phân giải cao
của sắc ký lỏng nối trực tiếp với phổ khối ion hóa bằng bom nguyên tử nhanh
(HPLC‐FABMS) được mô tả để xác định tốc độ mà hydro amide trong protein trải qua
quá trình trao đổi đồng vị. Cytochrom c của tim ngựa được ủ trong D2O tùy theo
thời gian và nhiệt độ để thực hiện quá trình trao đổi đồng vị, sau đó chuyển
sang điều... hiện toàn bộ