Xác thực cấu trúc protein: Mô hình tương tác nguyên tử không liên kết

Protein Science - Tập 2 Số 9 - Trang 1511-1519 - 1993
Christos Colovos1, T.O. Yeates2
1Department of Chemistry and Biochemistry, University of California, Los Angeles 90024-1569.
2Department of Chemistry & Biochemistry, University of California, 405 Hilgard Avenue, Los Angeles, California 90024–1569

Tóm tắt

Tóm tắtTrong bài báo này, một phương pháp mới được mô tả nhằm phân biệt giữa các vùng cấu trúc protein được xác định đúng và sai dựa trên các tương tác nguyên tử đặc trưng. Các loại nguyên tử khác nhau được phân bố không ngẫu nhiên với nhau trong các phân tử protein. Những sai sót trong việc xây dựng mô hình dẫn đến việc phân bố các loại nguyên tử khác nhau trở nên ngẫu nhiên hơn, điều này có thể được phân biệt so với các phân bố đúng bằng các phương pháp thống kê.Các nguyên tử được phân loại vào một trong ba loại: carbon (C), nitơ (N), và oxy (O). Điều này dẫn đến sáu tổ hợp khác nhau của các tương tác không liên kết cặp (CC, CN, CO, NN, NO, và OO). Một hàm lỗi bậc hai được sử dụng để đặc trưng hóa bộ các tương tác cặp từ các cửa sổ trượt chín dư trong cơ sở dữ liệu của 96 cấu trúc protein đáng tin cậy. Các vùng của cấu trúc protein ứng viên mà bị theo dõi sai hoặc đăng ký sai sau đó có thể được xác định thông qua phân tích mô hình của các tương tác không liên kết từ mỗi cửa sổ.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1016/0079-6107(84)90007-5

10.1093/protein/2.5.329

10.1016/S0022-2836(77)80200-3

10.1002/prot.340140212

10.1126/science.3133767

Curmi P.M.G., 1992, Crystal structure of the unactivated form of ribulose‐1,5‐bisphosphate carboxylase/oxygenase from tobacco refined at 2.0‐Å resolution, J. Biol. Chem., 267, 16980, 10.1016/S0021-9258(18)41881-9

10.1126/science.2448879

10.1038/319199a0

Fitzgerald P.M.D., 1990, Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl‐pepstain at 2.0 Å resolution, J. Biol. Chem., 265, 14209, 10.1016/S0021-9258(18)77288-8

10.1016/0022-2836(82)90451-X

10.1016/S0022-2836(05)80068-3

10.1107/S0108767390010224

10.1126/science.2399465

10.1038/356083a0

10.1126/science.3024321

10.1038/337615a0

10.1016/0022-2836(84)90049-4

10.1002/prot.340040105

10.1073/pnas.84.16.5690

10.1016/S0065-3233(08)60402-7

Schreuder H.A., 1990, The RuBisCO saga—Accuracy and reliability of macromolecular crystal structures, Proc. CCP4 Study Weekend, 26–27 January, 1990, 73

10.1016/0022-2836(92)91058-W

10.1021/ma60054a013

Wilmanns M(1990). Ph.D. Thesis University of Basel Basel Switzerland.

10.1016/0022-2836(92)90665-7

10.1126/science.2548279

Thông tin
Thông tin xuất bản

Protein Science

Tập 2 Số 9

1511-1519

Thông tin tác giả