Xác định sự trao đổi hydro amide bằng phổ khối: Một công cụ mới cho việc làm rõ cấu trúc protein

Protein Science - Tập 2 Số 4 - Trang 522-531 - 1993
Zhongqi Zhang1, David L. Smith
1Department of Medicinal Chemistry and Pharmacognosy, Purdue University, West Lafayette, Indiana 47907.

Tóm tắt

Tóm tắt Một phương pháp mới dựa trên sự phân mảnh protein và độ phân giải cao của sắc ký lỏng nối trực tiếp với phổ khối ion hóa bằng bom nguyên tử nhanh (HPLC‐FABMS) được mô tả để xác định tốc độ mà hydro amide trong protein trải qua quá trình trao đổi đồng vị. Cytochrom c của tim ngựa được ủ trong D2O tùy theo thời gian và nhiệt độ để thực hiện quá trình trao đổi đồng vị, sau đó chuyển sang điều kiện trao đổi chậm (pH 2–3, 0 °C) và được phân mảnh bằng pepsin. Số lượng deuteron amide peptide có trong các peptide thủy phân được suy luận từ trọng lượng phân tử của chúng, được xác định sau khi phân tích sự tiêu hóa bằng HPLC‐FABMS. Các kết quả hiện tại cho thấy rằng tốc độ trao đổi của hydro amide trong cytochrom c dao động từ rất nhanh (k > 140 h−1) đến rất chậm (k < 0.002 h−1). Hàm lượng deuterium của các đoạn cụ thể của protein được xác định tùy theo nhiệt độ ủ và được sử dụng để chỉ ra sự tham gia của các đoạn này vào các thay đổi cấu hình liên quan đến việc làm nóng cytochrom c. Đối với hệ thống HPLC‐FABMS hiện tại, khoảng 5 nmol protein đã được sử dụng cho mỗi lần xác định. Các kết quả của cuộc điều tra này chỉ ra rằng sự kết hợp giữa phân mảnh protein và HPLC‐FABMS tương đối không bị các ràng buộc liên quan đến các phương pháp phân tích khác được sử dụng cho mục đích này và có thể là một phương pháp chung để xác định tốc độ trao đổi hydro trong các đoạn cụ thể của protein.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1016/S0022-2836(83)80235-6

10.1021/bi00385a032

10.1016/0022-2836(90)90200-6

10.1016/0003-2697(86)90035-7

10.1016/0022-2836(87)90613-9

10.1016/0003-2697(79)90693-6

10.1016/0003-2697(85)90033-8

10.1126/science.256.5064.1684

10.1017/S0033583500005217

10.1002/bip.1969.360070309

10.1016/S0065-3233(08)60129-1

10.1021/bi00498a001

10.1038/296713a0

10.1021/bi00354a036

10.1021/bi00752a003

10.1021/bi00243a025

10.1021/bi00842a035

10.1021/bi00542a030

10.1016/0076-6879(82)88084-1

10.1126/science.1697101

10.1038/335700a0

10.1021/bi00346a055

10.1021/bi00346a056

10.1016/0022-2836(79)90400-5

Smith D.L., 1990, Continuous‐Flow Fast Atom Bombardment Mass Spectrometry, 137

10.1002/pro.5560010506

10.1073/pnas.77.11.6371

10.1021/ac00044a027

10.1021/bi00399a008

10.1016/0022-2836(82)90180-2

10.1021/bi00353a025

10.1007/BF00421225

Thông tin
Thông tin xuất bản

Protein Science

Tập 2 Số 4

522-531

Thông tin tác giả