PDBsum: Tóm tắt cấu trúc của các mục trong PDB

Protein Science - Tập 27 Số 1 - Trang 129-134 - 2018
Roman A. Laskowski1, Jagoda Jabłońska2, Lukáš Pravda3, Radka Svobodová Vařeková3, Janet M. Thornton1
1European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL–EBI), Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom
2Laboratory of Bioinformatics and Systems Biology Centre of New Technologies, University of Warsaw, 02‐089 Warsaw Poland
3National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science and CEITEC ‐ Central European Institute of Technology Masaryk University Brno, 625 00 Brno‐Bohunice Czech Republic

Tóm tắt

Tóm tắtPDBsum là một máy chủ web cung cấp thông tin cấu trúc về các mục trong Ngân hàng Dữ liệu Protein (PDB). Các phân tích chủ yếu dựa trên hình ảnh và bao gồm cấu trúc bậc hai của protein, tương tác giữa protein và ligand, tương tác giữa protein và DNA, phân tích PROCHECK về chất lượng cấu trúc, và nhiều phân tích khác. Các cấu trúc 3D có thể được xem tương tác trong RasMol, PyMOL, và một trình xem JavaScript có tên là 3Dmol.js. Người dùng có thể tải lên các tệp PDB của riêng họ và nhận một tập hợp các phân tích PDBsum được bảo vệ bằng mật khẩu cho mỗi tệp. Máy chủ này hoàn toàn miễn phí và có thể truy cập cho tất cả mọi người tại: http://www.ebi.ac.uk/pdbsum.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1016/S0022-2836(77)80200-3

10.1016/S0968-0004(97)01140-7

10.1038/374572a0

10.1016/S0968-0004(00)88963-X

Suhnel J, 1996, Image library of biological macromolecules, Comput Appl Biosci, 12, 227

10.1016/S0022-2836(05)80134-2

10.1016/S0969-2126(97)00260-8

10.1093/nar/29.1.221

10.1093/nar/gki001

10.1093/nar/gkn860

10.1093/nar/gkt940

10.1093/nar/gkl971

10.1093/nar/28.1.235

10.1093/nar/gkw1042

10.1093/nar/gkv1047

Rodionova IA, 2017, A novel bifunctional transcriptional regulator of riboflavin metabolism in Archaea, Nucleic Acids Res, 45, 3785

DeLano WL, 2002, The PyMOL Molecular Graphics System

10.1093/bioinformatics/btu829

10.1016/S0968-0004(00)89080-5

10.1002/bmb.2006.494034042644

10.1093/bioinformatics/17.4.377

10.1016/0263-7855(95)00073-9

Laskowski RA, 1996, Protein clefts in molecular recognition and function, Protein Sci, 5, 2438

10.1093/protein/11.10.855

10.1016/0076-6879(90)83007-V

10.1093/nar/gkv1344

10.1093/nar/gku947

10.1093/nar/gkt1242

10.1006/jmbi.1994.1334

10.1093/protein/8.2.127

10.1093/nar/25.24.4940

10.1002/pro.5560050204

10.1002/prot.340080303

10.1107/S0021889892009944

10.1093/nar/gkw1092

10.1093/bioinformatics/btq119

10.1093/nar/gkw1099

10.1186/1758-2946-5-39

10.1093/nar/gku426

10.1093/nar/gku1118

10.1093/nar/gks1258

10.1093/nar/gkt1068

10.1093/nar/gki414

Thông tin
Thông tin xuất bản

Protein Science

Tập 27 Số 1

129-134

Thông tin tác giả