Cách đo và dự đoán hệ số hấp thụ mol của một protein

Protein Science - Tập 4 Số 11 - Trang 2411-2423 - 1995
C. Nick Pace1,2,3, F.F. Vajdos2, Lanette Fee2, Gerald R. Grimsley3, Thomas H. Gray3
1Center for Macromolecular Design, Texas A&M University, College Station, Texas 77843-1114
2Department of Biochemistry and Biophysics, Texas A&M University, College Station, Texas 77843-1114
3Department of Medical Biochemistry and Genetics, Texas A & M University, College Station, Texas 77843-1114

Tóm tắt

Tóm tắt

Hệ số hấp thụ mol, ε, của một protein thường được dựa trên nồng độ được đo bằng khối lượng khô, phân tích nitơ hoặc amino acid. Các nghiên cứu được báo cáo ở đây cho thấy phương pháp Edelhoch là phương pháp tốt nhất để đo ε cho một protein. (Phương pháp này được mô tả bởi Gill và von Hippel [1989, Anal Biochem 182:319–326] và dựa trên dữ liệu từ Edelhoch [1967, Biochemistry 6:1948–1954].) Độ hấp thụ của một protein tại 280 nm phụ thuộc vào nội dung của Trp, Tyr và cystine (liên kết disulfide). Các giá trị ε trung bình cho các chromophore này trong một mẫu 18 protein được đặc trưng tốt đã được ước tính, và các giá trị ε trong nước, propanol, 6 M guanidine hydrochloride (GdnHCl) và 8 M ure đã được đo. Đối với Trp, các giá trị ε trung bình cho các protein thấp hơn các giá trị ε được đo trong bất kỳ dung môi nào. Đối với Tyr, các giá trị ε trung bình cho các protein nằm giữa các giá trị đo trong 6 M GdnHCl và các giá trị đo trong propanol. Dựa trên một mẫu 116 giá trị ε đã đo cho 80 protein, ε tại 280 nm của một protein gập trong nước, ε(280), có thể được dự đoán tốt nhất bằng phương trình này

ϵ(280) (M−1 cm−1) = (#Trp)(5,500) + (#Tyr)(1,490) + (#cystine)(125).

Các giá trị ε(280) này khá đáng tin cậy cho những protein chứa các dư lượng Trp, và ít đáng tin cậy hơn cho các protein không chứa. Tuy nhiên, phương pháp Edelhoch là thuận tiện và chính xác, và cách tiếp cận tốt nhất là đo thay vì dự đoán ε.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1111/j.1432-1033.1985.tb09252.x

10.1021/bi00078a003

10.1042/bj0650273

Bailey JE, 1968, Handbook of biochemistry, B‐18

Benson AM, 1975, Concentration‐dependent association of Δ‐3‐ketosteroid isomerase of Pseudomonas testosteroni, J Biol Chem, 250, 276, 10.1016/S0021-9258(19)42011-5

10.1021/bi00734a027

10.1021/bi00641a001

10.1021/bi00280a010

10.1016/0167-4838(93)90220-L

10.1021/bi00859a010

10.1016/0005-2795(77)90166-0

10.1271/bbb1961.31.710

10.1016/0003-2697(89)90602-7

10.1002/pro.5560030414

10.1111/j.1432-1033.1991.tb15900.x

10.1111/j.1399-3011.1974.tb02380.x

10.1021/bi00135a019

10.1021/j100882a043

10.1016/0003-2697(74)90429-1

10.1016/S0076-6879(85)17018-7

10.1002/bip.360301311

10.1016/0006-3002(59)90526-8

10.1016/0003-2697(78)90035-0

10.1021/bi00427a022

10.1016/S0076-6879(78)48008-5

10.1021/ja01503a008

10.1021/bi00699a005

10.1021/bi00876a029

10.1002/prot.340080104

10.1021/bi00058a016

10.1021/bi00241a021

10.1016/0003-2697(92)90279-G

Mach H, 1995, Ultraviolet absorption spectroscopy, Methods Mol Biol, 40, 91

10.1016/0022-2836(91)90215-R

Minato S, 1966, Crystallization of ribonuclease TI, J Biochem, 59, 443, 10.1093/oxfordjournals.jbchem.a128325

10.1016/0003-9861(86)90020-2

10.1021/bi00491a010

Pace CN, 1966, The reversible denaturation of β‐lactoglobulin A [dissertation]

10.1016/0003-2697(87)90186-2

10.1111/j.1432-1033.1986.tb09653.x

Pettigrew DW, 1988, Escherichia coli glycerol kinase: Cloning and sequencing of the glpK gene and the primary structure of the enzyme, J Biol Chem, 263, 135, 10.1016/S0021-9258(19)57368-9

10.1016/0003-9861(81)90209-5

10.1016/0022-2836(89)90318-5

10.1146/annurev.bb.06.060177.001055

10.1016/0304-4165(64)90030-3

10.1021/bi00687a028

Runyon GT, 1989, Escherichia coli helicase II (UvrD) protein can completely unwind fully duplex linear and nicked circular DNA, J Biol Chem, 264, 17502, 10.1016/S0021-9258(18)71522-6

Schmid FX, 1989, Protein structure: A practical approach, 251

10.1016/0003-2697(74)90034-7

10.1016/0006-3002(57)90096-3

10.1016/0165-022X(90)90076-O

SinclairJF.1995.Equilibrium and kinetic studies of the folding of the subunits of bacterial luciferase [dissertation]. College Station Texas: Texas A&M University.

10.1016/0003-2697(73)90365-5

10.1016/0005-2795(74)90230-X

10.1093/oxfordjournals.jbchem.a127246

Takahashi K., 1962, The structure and function of ribonuclease T1. II. Further purification and amino acid composition of ribonuclease T1, J Biochem, 51, 95

10.1021/ja01497a045

10.1021/bi00721a024

10.1016/S0065-3233(08)60056-X

White FH, 1961, Regeneration of native secondary and tertiary structures by air oxidation of reduced ribonuclease, J Biol Chem, 236, 1353, 10.1016/S0021-9258(18)64176-6

Yanari S, 1960, Interpretation of the ultraviolet spectral changes of proteins, J Biol Chem, 235, 2818, 10.1016/S0021-9258(18)64546-6

10.1021/bi00177a023

Thông tin
Thông tin xuất bản

Protein Science

Tập 4 Số 11

2411-2423

Thông tin tác giả