Journal of Computational Chemistry
SCOPUS (1980-2025)SCIE-ISI
1096-987X
0192-8651
Mỹ
Cơ quản chủ quản: John Wiley & Sons Inc. , WILEY
Lĩnh vực:
Chemistry (miscellaneous)Computational Mathematics
Phân tích ảnh hưởng
Các bài báo tiêu biểu
UCSF Chimera—Hệ thống trực quan cho nghiên cứu khám phá và phân tích Dịch bởi AI
Tập 25 Số 13 - Trang 1605-1612 - 2004
Tóm tắtBài viết này thảo luận về thiết kế, triển khai và khả năng của một hệ
thống trực quan có thể mở rộng, UCSF Chimera. Chimera được phân thành một hạt
nhân cung cấp các dịch vụ và công cụ trực quan cơ bản, và các phần mở rộng cung
cấp hầu hết các tính năng cao cấp hơn. Kiến trúc này đảm bảo rằng cơ chế mở rộng
đáp ứng được yêu cầu của các nhà phát triển bên ngoài, những người mong muốn
tích hợ...
AutoDock Vina: Nâng cao tốc độ và độ chính xác của quá trình docking với hàm chấm điểm mới, tối ưu hóa hiệu quả và đa luồng Dịch bởi AI
Tập 31 Số 2 - Trang 455-461 - 2010
Tóm tắtAutoDock Vina, một chương trình mới dành cho việc docking phân tử và sàng
lọc ảo, được giới thiệu trong bài viết này. AutoDock Vina có tốc độ xử lý nhanh
hơn khoảng hai bậc so với phần mềm docking phân tử phát triển trước đây trong
phòng thí nghiệm của chúng tôi (AutoDock 4), đồng thời cải thiện đáng kể độ
chính xác trong dự đoán cách thức gắn kết, theo các thử nghiệm của chúng tôi
trên tập...
#AutoDock Vina #docking phân tử #sàng lọc ảo #tối ưu hóa #đa luồng #song song hóa #dự đoán cách thức gắn kết #bản đồ lưới.
Chức năng mật độ loại GGA bán thực nghiệm được xây dựng với sự hiệu chỉnh phân tán tầm xa Dịch bởi AI
Tập 27 Số 15 - Trang 1787-1799 - 2006
Tóm tắtMột hàm mật độ mới (DF) thuộc loại xấp xỉ gradient tổng quát (GGA) cho
các ứng dụng hóa học chung có tên là B97‐D được đề xuất. Nó dựa trên phương án
chuỗi lũy thừa của Becke từ năm 1997 và được tham số hóa rõ ràng bằng cách bao
gồm các hiệu chỉnh phân tán cặp nguyên tử dạng triệt tiêu C6 · R−6. Một sơ đồ
tính toán tổng quát cho các tham số được sử dụng trong hiệu chỉnh này đã được
thiết lậ...
#Hóa học #Xấp xỉ Gradient Tổng quát #Hàm Mật Độ #Phân Tán #B97‐D
Multiwfn: Một công cụ phân tích sóng đa chức năng Dịch bởi AI
Tập 33 Số 5 - Trang 580-592 - 2012
Tóm tắtMultiwfn là một chương trình đa chức năng dùng để phân tích hàm sóng. Các
chức năng chính của nó bao gồm: (1) Tính toán và trực quan hóa hàm không gian
thực, chẳng hạn như thế năng tĩnh điện và hàm định vị điện tử tại điểm, trên một
đường, trong một mặt phẳng hoặc trong một không gian nhất định. (2) Phân tích
dân số. (3) Phân tích bậc liên kết. (4) Phân tích thành phần quỹ đạo. (5) Vẽ đồ
th...
Hệ thống cấu trúc điện tử nguyên tử và phân tử tổng quát Dịch bởi AI
Tập 14 Số 11 - Trang 1347-1363 - 1993
Tóm tắtBài báo này trình bày mô tả về gói hóa học lượng tử ab initio GAMESS. Các
hệ hóa học chứa nguyên tử từ hydro đến radon có thể được xử lý với các hàm sóng
từ trường hợp đơn giản nhất là lớp vỏ kín cho đến trường hợp tổng quát MCSCF,
cho phép thực hiện tính toán ở mức độ tinh vi cần thiết. Bài báo nhấn mạnh vào
các tính năng mới của chương trình. Chiến lược phân tán được sử dụng trong các
phầ...
AutoDock4 và AutoDockTools4: Định vị tự động với tính linh hoạt chọn lọc của thụ thể Dịch bởi AI
Tập 30 Số 16 - Trang 2785-2791 - 2009
Tóm tắtChúng tôi mô tả việc kiểm tra và phát hành AutoDock4 cùng với giao diện
đồ họa người dùng đi kèm AutoDockTools. AutoDock4 tích hợp tính linh hoạt có
giới hạn ở thụ thể. Nhiều thử nghiệm được báo cáo ở đây, bao gồm một thí nghiệm
tái định vị với 188 phức hợp ligand-protein đa dạng và một thí nghiệm trao đổi
định vị sử dụng chuỗi bên linh hoạt trong 87 phức hợp protease HIV. Chúng tôi
cũng bá...
Ảnh hưởng của hàm giảm đối với lý thuyết chức năng mật độ điều chỉnh phân tán Dịch bởi AI
Tập 32 Số 7 - Trang 1456-1465 - 2011
Tóm tắtQua một loạt bài kiểm tra rộng rãi về dữ liệu năng lượng phân tử, đã chỉ
ra rằng dạng toán học của hàm giảm trong các phương pháp DFT-D chỉ ảnh hưởng nhỏ
đến chất lượng của các kết quả. Đối với 12 chức năng khác nhau, đã kiểm tra công
thức "không giảm" chuẩn và giảm hợp lý đến các giá trị hữu hạn cho các khoảng
cách nguyên tử nhỏ theo Becke và Johnson (giảm BJ). Cùng một chế độ (DFT-D3)
đượ...
Động lực học phân tử mở rộng với NAMD Dịch bởi AI
Tập 26 Số 16 - Trang 1781-1802 - 2005
Tóm tắtNAMD là một mã động lực học phân tử song song được thiết kế cho mô phỏng
hiệu suất cao của các hệ thống sinh phân tử lớn. NAMD có khả năng mở rộng đến
hàng trăm bộ xử lý trên các nền tảng song song hiệu năng cao, cũng như hàng chục
bộ xử lý trên các cụm giá rẻ, và cũng có thể chạy trên máy tính để bàn và máy
tính xách tay cá nhân. NAMD hoạt động với các hàm tiềm năng AMBER và CHARMM, các
th...
Phát triển và kiểm thử một trường lực tổng quát của Amber Dịch bởi AI
Tập 25 Số 9 - Trang 1157-1174 - 2004
Tóm tắtChúng tôi mô tả ở đây một trường lực Amber tổng quát (GAFF) cho các phân
tử hữu cơ. GAFF được thiết kế để tương thích với các trường lực Amber hiện có
cho protein và axít nucleic, và có các tham số cho phần lớn các phân tử hữu cơ
và dược phẩm được cấu tạo từ H, C, N, O, S, P, và các halogen. Nó sử dụng một
dạng hàm đơn giản và một số ít loại nguyên tử, nhưng tích hợp cả các mô hình
thực ngh...
#GAFF #trường lực Amber #phân tử hữu cơ #protein #axít nucleic #điện tích cục bộ #tối thiểu hóa cấu trúc #thiết kế dược lý.
GROMACS: Nhanh chóng, linh hoạt và miễn phí Dịch bởi AI
Tập 26 Số 16 - Trang 1701-1718 - 2005
Tóm tắtBài viết này mô tả bộ phần mềm GROMACS (Groningen MAchine for Chemical
Simulation) được phát triển tại Đại học Groningen, Hà Lan, vào đầu những năm
1990. Phần mềm, được viết bằng ngôn ngữ ANSI C, bắt nguồn từ một dự án phần cứng
song song, và rất phù hợp cho việc phân tán trên các cụm xử lý. Nhờ tối ưu hóa
cẩn thận việc tìm kiếm hàng xóm và hiệu suất vòng lặp bên trong, GROMACS là một
chươn...