UCSF Chimera—Hệ thống trực quan cho nghiên cứu khám phá và phân tích Dịch bởi AI Tập 25 Số 13 - Trang 1605-1612 - 2004
Eric F. Pettersen, Thomas D. Goddard, Conrad C. Huang, Gregory S. Couch, Daniel M. Greenblatt, Elaine C. Meng, Thomas E. Ferrin
Tóm tắtBài viết này thảo luận về thiết kế, triển khai và khả năng của một hệ thống trực quan có thể mở rộng, UCSF Chimera. Chimera được phân thành một hạt nhân cung cấp các dịch vụ và công cụ trực quan cơ bản, và các phần mở rộng cung cấp hầu hết các tính năng cao cấp hơn. Kiến trúc này đảm bảo rằng cơ chế mở rộ...... hiện toàn bộ Multiwfn: Một công cụ phân tích sóng đa chức năng Dịch bởi AI Tập 33 Số 5 - Trang 580-592 - 2012
Tian Lu, Feiwu Chen
Tóm tắtMultiwfn là một chương trình đa chức năng dùng để phân tích hàm sóng. Các chức năng chính của nó bao gồm: (1) Tính toán và trực quan hóa hàm không gian thực, chẳng hạn như thế năng tĩnh điện và hàm định vị điện tử tại điểm, trên một đường, trong một mặt phẳng hoặc trong một không gian nhất định. (2) Phân tích dân số. (3) Phân tích bậc liên kết. (4) Phân tích...... hiện toàn bộ Hệ thống cấu trúc điện tử nguyên tử và phân tử tổng quát Dịch bởi AI Tập 14 Số 11 - Trang 1347-1363 - 1993
Michael W. Schmidt, Kim K. Baldridge, Jerry A. Boatz, Stephen T. Elbert, Mark S. Gordon, Jan H. Jensen, Shiro Koseki, Nikita Matsunaga, Kiet A. Nguyen, Shujun Su, Theresa L. Windus, Michel Dupuis, John A. Montgomery
Tóm tắtBài báo này trình bày mô tả về gói hóa học lượng tử ab initio GAMESS. Các hệ hóa học chứa nguyên tử từ hydro đến radon có thể được xử lý với các hàm sóng từ trường hợp đơn giản nhất là lớp vỏ kín cho đến trường hợp tổng quát MCSCF, cho phép thực hiện tính toán ở mức độ tinh vi cần thiết. Bài báo nhấn mạnh vào các tính năng mới của ...... hiện toàn bộ AutoDock4 và AutoDockTools4: Định vị tự động với tính linh hoạt chọn lọc của thụ thể Dịch bởi AI Tập 30 Số 16 - Trang 2785-2791 - 2009
Garrett M. Morris, Ruth Huey, William Lindstrom, Michel F. Sanner, Richard K. Belew, David S. Goodsell, Arthur J. Olson
Tóm tắtChúng tôi mô tả việc kiểm tra và phát hành AutoDock4 cùng với giao diện đồ họa người dùng đi kèm AutoDockTools. AutoDock4 tích hợp tính linh hoạt có giới hạn ở thụ thể. Nhiều thử nghiệm được báo cáo ở đây, bao gồm một thí nghiệm tái định vị với 188 phức hợp ligand-protein đa dạng và một thí nghiệm trao đổi định vị sử dụng chuỗi bên linh hoạt trong 87 phức hợ...... hiện toàn bộ Ảnh hưởng của hàm giảm đối với lý thuyết chức năng mật độ điều chỉnh phân tán Dịch bởi AI Tập 32 Số 7 - Trang 1456-1465 - 2011
Stefan Grimme, Stephan Ehrlich, Lars Goerigk
Tóm tắtQua một loạt bài kiểm tra rộng rãi về dữ liệu năng lượng phân tử, đã chỉ ra rằng dạng toán học của hàm giảm trong các phương pháp DFT-D chỉ ảnh hưởng nhỏ đến chất lượng của các kết quả. Đối với 12 chức năng khác nhau, đã kiểm tra công thức "không giảm" chuẩn và giảm hợp lý đến các giá trị hữu hạn cho các khoảng cách nguyên tử nhỏ theo Becke và Johnson (giảm ...... hiện toàn bộ Động lực học phân tử mở rộng với NAMD Dịch bởi AI Tập 26 Số 16 - Trang 1781-1802 - 2005
J. C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James C. Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel, Laxmikant V. Kalé, Klaus Schulten
Tóm tắtNAMD là một mã động lực học phân tử song song được thiết kế cho mô phỏng hiệu suất cao của các hệ thống sinh phân tử lớn. NAMD có khả năng mở rộng đến hàng trăm bộ xử lý trên các nền tảng song song hiệu năng cao, cũng như hàng chục bộ xử lý trên các cụm giá rẻ, và cũng có thể chạy trên máy tính để bàn và máy tính xách tay cá nhân. NAMD hoạt động với các hàm ...... hiện toàn bộ Phát triển và kiểm thử một trường lực tổng quát của Amber Dịch bởi AI Tập 25 Số 9 - Trang 1157-1174 - 2004
Junmei Wang, Romain M. Wolf, James W. Caldwell, Peter A. Kollman, David A. Case
Tóm tắtChúng tôi mô tả ở đây một trường lực Amber tổng quát (GAFF) cho các phân tử hữu cơ. GAFF được thiết kế để tương thích với các trường lực Amber hiện có cho protein và axít nucleic, và có các tham số cho phần lớn các phân tử hữu cơ và dược phẩm được cấu tạo từ H, C, N, O, S, P, và các halogen. Nó sử dụng một dạng hàm đơn giản và một số ít loại nguyên tử, nhưng...... hiện toàn bộ #GAFF #trường lực Amber #phân tử hữu cơ #protein #axít nucleic #điện tích cục bộ #tối thiểu hóa cấu trúc #thiết kế dược lý.
GROMACS: Nhanh chóng, linh hoạt và miễn phí Dịch bởi AI Tập 26 Số 16 - Trang 1701-1718 - 2005
David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, Gerrit Groenhof, Alan E. Mark, Herman J. C. Berendsen
Tóm tắtBài viết này mô tả bộ phần mềm GROMACS (Groningen MAchine for Chemical Simulation) được phát triển tại Đại học Groningen, Hà Lan, vào đầu những năm 1990. Phần mềm, được viết bằng ngôn ngữ ANSI C, bắt nguồn từ một dự án phần cứng song song, và rất phù hợp cho việc phân tán trên các cụm xử lý. Nhờ tối ưu hóa cẩn thận việc tìm kiếm hàng xóm và hiệu suất vòng lặ...... hiện toàn bộ