GROMACS: Nhanh chóng, linh hoạt và miễn phí

Journal of Computational Chemistry - Tập 26 Số 16 - Trang 1701-1718 - 2005
David van der Spoel1, Erik Lindahl2, Berk Hess3, Gerrit Groenhof4, Alan E. Mark4, Herman J. C. Berendsen4
1Department of Cell and Molecular Biology, Uppsala University, Husargatan 3, Box 596, S-75124 Uppsala, Sweden
2Stockholm Bioinformatics Center, SCFAB, Stockholm University, SE-10691 Stockholm, Sweden
3Max-Planck Institut für Polymerforschung, Ackermannweg 10, D-55128 Mainz, Germany
4Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute, University of Groningen, Nijenborgh 4, NL-9747 AG Groningen, the Netherlands

Tóm tắt

Tóm tắt

Bài viết này mô tả bộ phần mềm GROMACS (Groningen MAchine for Chemical Simulation) được phát triển tại Đại học Groningen, Hà Lan, vào đầu những năm 1990. Phần mềm, được viết bằng ngôn ngữ ANSI C, bắt nguồn từ một dự án phần cứng song song, và rất phù hợp cho việc phân tán trên các cụm xử lý. Nhờ tối ưu hóa cẩn thận việc tìm kiếm hàng xóm và hiệu suất vòng lặp bên trong, GROMACS là một chương trình rất nhanh cho mô phỏng động lực học phân tử. Nó không có một trường lực riêng, nhưng tương thích với các trường lực GROMOS, OPLS, AMBER và ENCAD. Ngoài ra, GROMACS có thể xử lý các mô hình vỏ polarisable và các ràng buộc linh hoạt. Chương trình rất linh hoạt, vì người dùng có thể thêm các quy trình lực, chỉ định các hàm bảng và tùy chỉnh phân tích một cách dễ dàng. Động lực học không cân bằng và các phép xác định năng lượng tự do được tích hợp. Nó cung cấp giao diện với các gói hóa học lượng tử phổ biến (MOPAC, GAMES‐UK, GAUSSIAN) để thực hiện các mô phỏng MM/QM hỗn hợp. Gói phần mềm bao gồm khoảng 100 chương trình tiện ích và phân tích. GROMACS thuộc miền công cộng và được phân phối (cùng với mã nguồn và tài liệu) theo Giấy phép Công cộng Tự do GNU. Nó được bảo trì bởi một nhóm các nhà phát triển từ Đại học Groningen, Uppsala, Stockholm và Viện Max Planck về Nghiên cứu Polime ở Mainz. Trang web của nó là http://www.gromacs.org. © 2005 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem 26: 1701–1718, 2005

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1002/jcc.20303

Bekker H., 1993, Physics Computing 1992, 252

Bekker H., 1993, Physics Computing 1992, 257

10.1016/0010-4655(95)00042-E

van der Spoel D., 1995, Aspects of Computational Science, 367

van Drunen R.;van Teylingen C.;Kroontje M.;Berendsen H. J. C.Int Conf on Parallel and Distributed Processing Techn Applic1996(PDPTA'96).

Bekker H., 1992, Parallel Computing: From Theory to Sound Practice, 268

10.1002/anie.199009921

Berendsen H. J. C., 1986, Molecular Dynamics Simulation of Statistical Mechanical Systems, 43

10.1016/0021-9991(77)90098-5

10.1007/978-1-4684-4490-2_13

10.1063/1.448118

10.1080/00268978200100491

10.1080/08927028808080941

Bekker H.Molecular Dynamics Simulation Methods Revised Ph.D. Thesis Groningen1996(http://www.ub.rug.nl/eldoc/dis/science/h.bekker/).

10.1080/08927029508022012

10.1002/(SICI)1096-987X(19971130)18:15<1930::AID-JCC8>3.0.CO;2-P

10.1007/s008940100045

10.1002/(SICI)1096-987X(199709)18:12<1463::AID-JCC4>3.0.CO;2-H

van Gunsteren W. F., 1996, Biomolecular Simulation, the GROMOS96 Manual and User Guide

Levitt M., 1990, Energy Calculations and Dynamics Program

10.1021/ja9621760

10.1021/jp003919d

Case D. A., 2005, J Comput Chem, 26

GNU General Public License: (http://www.opensource.org/licenses/gpl‐license.php).

10.1002/jcc.20050

10.1063/1.480557

10.1002/jcc.1078

10.1002/jcc.20090

10.1002/jcc.540040211

10.1016/0009-2614(75)85513-8

10.1039/dc9786600095

10.1021/i160043a017

Miyamoto S., 1992, J Comput Chem, 13, 1463, 10.1002/jcc.540130805

10.1080/00268977400102381

10.1080/00268978000100361

10.1063/1.469273

10.1002/andp.19213690304

10.1063/1.464397

10.1063/1.470117

Hockney R. W., 1981, Computer Simulation Using Particles

10.1016/S1090-7807(03)00178-2

10.1063/1.469703

10.1021/jp003843l

10.1063/1.1523915

10.1063/1.1478056

Saint–Martin H., 2000, J Chem Phys, 112, 7919, 10.1063/1.481393

10.1103/PhysRevLett.55.2471

Warshel A., 1976, J Mol Biol, 109, 227, 10.1016/0022-2836(76)90311-9

10.1002/jcc.540110605

10.1021/jp962071j

10.1016/0022-2860(83)90082-0

10.1007/BF00526413

Frisch M. J., 1998, Gaussian 98, Revision A.7

10.1002/(SICI)1096-987X(199906)20:8<786::AID-JCC5>3.0.CO;2-B

Leimkuhler B. J., 1999, Computational Molecular Dynamics: Challenges, Methods, Ideas, 349, 10.1007/978-3-642-58360-5_19

10.1006/jcph.1994.1085

10.1080/00268978400101201

10.1063/1.447334

10.1103/PhysRevA.31.1695

Hess B.Thesis University of Groningen Jan2002(http://www.ub.rug.nl/eldoc/dis/science/b.hess/).

10.1103/PhysRevB.17.1302

10.1016/0009-2614(71)80281-6

10.1063/1.1287333

10.1002/(SICI)1096-987X(199805)19:7<726::AID-JCC4>3.0.CO;2-S

Berendsen H. J. C., 1991, Computer Simulations in Material Science, 139, 10.1007/978-94-011-3546-7_7

10.1080/00268977300102631

10.1007/BF01011477

Allen M. P., 1987, Computer Simulation of Liquids

10.1063/1.1421362

10.1016/S0006-3495(01)76018-3

Leach A. R., 2001, Molecular Modelling, Principles and Applications

10.1016/0009-2614(94)00397-1

10.1103/PhysRevLett.78.2690

10.1103/PhysRevE.56.5018

10.1002/jcc.20103

10.1063/1.477019

10.1063/1.477419

10.1063/1.481329

CODATAmost recent fundamental constants (http://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html).

Frigo M.;Johnson S. G.In ICASSP Conference Proceedings Seattle 1998 vol. 3 p.1381.

Squyres J.;Lumsdaine A.In Proceedings of the 10th European PVM/MPI Users' Group Meeting; Springer‐Verlag: Venice 2003 p.379.

10.1016/0167-8191(96)00024-5

Levitt M., 1983, Proc Natl Acad Sci USA, 10, 181

10.1063/1.328693

10.1080/00268978300102851

Verlet L., 1967, Phys Rev, 98, 98, 10.1103/PhysRev.159.98

Press W. H., 1992, Numerical Recipes in C

10.1145/355841.355847

10.1137/1.9780898719604

10.1007/978-94-015-7658-1_21

10.1063/1.445869

Berendsen H. J. C., 1987, J Phys Chem, 91, 6292

3DNow! Technology Manual; Advanced Micro Devices Inc. 2000.http://www.amd.com.

Intel Architecture Software Developer's Manual Volume 2: Instruction Set Reference: Intel Corporation 1999.http://www.intel.com.

1999, Altivec Technology Programming Interface Manual

XDR: External Data Representation Standard Sun Microsystems Inc. Mountain View 1987.

10.1021/la00035a062

10.1007/BF00180163

van Buuren A. R., 1994, Langmuir, 10, 1703, 10.1021/la00018a017

10.1021/jp001268f

10.1016/S0006-3495(00)76304-1

10.1021/jp001898h

10.1021/ja0159618

10.1021/jp036508g

10.1021/ja0352092

10.1021/ja0398417

10.1038/35009114

10.1074/jbc.M300709200

10.1063/1.472323

10.1016/S0006-3495(97)78845-3

10.1016/S0006-3495(98)77986-X

10.1016/S0014-5793(02)03173-3

10.1139/o02-145

10.1126/science.1062459

10.1126/science.1067546

10.1016/S0006-3495(02)75634-8

10.1002/prot.10642

10.1016/S0168-9002(97)00978-9

Hajdu J., 2000

10.1016/0368-2048(95)02385-2

10.1038/35021099

Ziaja B., 2002, Phys Rev B, 66, 024116, 10.1103/PhysRevB.66.024116

10.1103/PhysRevE.70.051904

10.1103/PhysRevE.69.051906

10.1021/ja039557f

10.1021/jp027005y

10.1002/prot.10136

10.1002/prot.10135

10.1002/(SICI)1097-0134(199604)24:4<450::AID-PROT5>3.0.CO;2-I

10.1007/BF00410322

10.1016/S0006-3495(97)78847-7

van der Spoel D., 1998, Biochem Cell Biol, 76, 164, 10.1139/o98-025

Shirts M. R., 2000, Science, 86, 4983

10.1073/pnas.0307898101

van der Spoel D., 2003, J Phys Chem B, 117, 11178, 10.1021/jp034108n

10.1126/science.1101176

10.1107/S0108767393004076

10.1107/S0108767395002315

10.1107/S0108767394007130

Python Molecular Graphics Program(http://pymol.sourceforge.net).

10.1063/1.451198

10.1038/379055a0

10.1002/bip.360221211

10.1002/jcc.540160303

10.1139/o98-038

10.1006/jmrb.1993.1008

10.1016/S0076-6879(94)39015-0

10.1063/1.476482

van Buuren A. R., 1995, Langmuir, 11, 2957, 10.1021/la00008a019

10.1016/S0022-2836(63)80023-6

10.1002/jcc.540151203

10.1002/(SICI)1521-3773(19990115)38:1/2<236::AID-ANIE236>3.0.CO;2-M

10.1103/PhysRevLett.68.2696

10.1002/prot.340170408

10.1002/prot.20310

10.1080/07391102.1996.10508888

10.1002/(SICI)1097-0134(199611)26:3<314::AID-PROT7>3.0.CO;2-D

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Computational Chemistry

Tập 26 Số 16

1701-1718

Thông tin tác giả