Journal of Computational Chemistry

Công bố khoa học tiêu biểu

* Dữ liệu chỉ mang tính chất tham khảo

Sắp xếp:  
MIBPB: A software package for electrostatic analysis
Journal of Computational Chemistry - Tập 32 Số 4 - Trang 756-770 - 2011
Duan Chen, Zhan Chen, Changjun Chen, Weihua Geng, Guo‐Wei Wei
AbstractThe Poisson–Boltzmann equation (PBE) is an established model for the electrostatic analysis of biomolecules. The development of advanced computational techniques for the solution of the PBE has been an important topic in the past two decades. This article presents a matched interface and boundary (MIB)‐based PBE software package, the MIBPB solver, for elect...... hiện toàn bộ
Estimation of pKa for organic oxyacids using calculated atomic charges
Journal of Computational Chemistry - Tập 14 Số 12 - Trang 1460-1467 - 1993
Steven L. Dixon, Peter C. Jurs
AbstractA method for the estimation of pKa from empirically calculated atomic charges has been developed and tested on a diverse set of organic oxyacids. The approach involves a comparison of the atomic charges calculated for both the acid and the negative ion that is formed after loss of the acidic proton. These char...... hiện toàn bộ
An efficient algorithm for multistate protein design based on FASTER
Journal of Computational Chemistry - Tập 31 Số 5 - Trang 904-916 - 2010
Benjamin D. Allen, Stephen L. Mayo
AbstractMost of the methods that have been developed for computational protein design involve the selection of side‐chain conformations in the context of a single, fixed main‐chain structure. In contrast, multistate design (MSD) methods allow sequence selection to be driven by the energetic contributions of multiple structural or chemical states simultaneously. Thi...... hiện toàn bộ
Ab initio calculations on the effect of different basis sets and electron correlation on the transition state for the reactions HNC ⇌ HCN and BCN ⇌ BNC
Journal of Computational Chemistry - Tập 5 Số 1 - Trang 1-10 - 1984
Christopher Glidewell, Colin Thomson
AbstractThe geometry of the ground states of the isomers and transition state for the systems HCN ⇌ HNC and BCN ⇌ BNC have been investigated using a wide variety of basis sets, both at the self‐consistent‐field (SCF) level and including correlation at the second‐, and third‐order Møller–Plesset (MP2 and MP3) ...... hiện toàn bộ
Charge calculations in molecular mechanics. III: Amino acids and peptides
Journal of Computational Chemistry - Tập 6 Số 3 - Trang 173-181 - 1985
Raymond J. Abraham, Brian D. Hudson
AbstractAtomic charges obtained with a previously published charge scheme are given for amino acids and peptides. In order to do this, a method of handling charged species with the basic scheme2,3 has been developed. The charges obtained for alkylammonium ions and carboxylate ions with the scheme are presented and compared with CNDO... hiện toàn bộ
Charge calculations in molecular mechanics IV: A general method for conjugated systems
Journal of Computational Chemistry - Tập 9 Số 4 - Trang 288-297 - 1988
Raymond J. Abraham, Paul E. Smith
AbstractA general method for calculating pi charges based on the Hückel molecular orbital (HMO) approach is incorporated into an existing scheme for calculating partial atomic charges in saturated systems. The parametrization of the Hückel coulomb and resonance integrals is given based on (a) the CNDO pi densities and (b) the observed molecular dipole moments. The ...... hiện toàn bộ
Các phương pháp tính toán điện tích trong cơ học phân tử Dịch bởi AI
Journal of Computational Chemistry - Tập 3 Số 3 - Trang 407-416 - 1982
Raymond J. Abraham, Lee Griffiths, Philip Loftus
Tóm tắtCác phương pháp thay thế để ước lượng điện tích nguyên tử trong haloalkanes được trình bày, xuất phát từ các phương pháp cơ học lượng tử và cổ điển. Một sơ đồ dựa trên việc phân tích truyền tải điện tích bởi các nguyên tử phân cực thành các đóng góp cộng thêm của một liên kết, hai liên kết và ba liên kết được đưa ra, trong đó hiệu ứng một liên kết tỷ lệ với ...... hiện toàn bộ
Các phương pháp tính toán điện tích trong cơ học phân tử. 2. Các hiệu ứng cộng hưởng trong hệ thống liên hợp Dịch bởi AI
Journal of Computational Chemistry - Tập 5 Số 6 - Trang 562-570 - 1984
Raymond J. Abraham, Brian D. Hudson
Tóm tắtMột phương pháp đã được công bố trước đây để ước lượng điện tích nguyên tử trong haloalkanes đã được mở rộng để bao gồm olefin, rượu, amin, axit, ether và amid. Trong các hệ thống liên hợp, các hiệu ứng chuyển giao điện tích do cộng hưởng đã được xem xét một cách rõ ràng. Sự phù hợp tốt nói chung với các mômen lưỡng cực quan sát được của các hợp chất này và ...... hiện toàn bộ
Nghiên cứu phân tích trường phân tử so sánh (CoMFA) sử dụng phương pháp bán thực nghiệm, chức năng mật độ, ab initio và khai thác phẩn hóa học sử dụng DISCOtech trên các ligand sigma 1 Dịch bởi AI
Journal of Computational Chemistry - Tập 25 Số 11 - Trang 1385-1399 - 2004
Da‐Woon Jung, Jie Floyd, Tamara Gund
Tóm tắtPhân tích Trường Phân Tử So Sánh (CoMFA) được phát triển để nghiên cứu mô hình mối quan hệ hoạt động cấu trúc định lượng ba chiều (3D-QSAR) của các ligand đối với thụ thể sigma 1. Hình học khởi đầu của các ligand thụ thể sigma-1 được lấy từ quá trình tối ưu hóa lực Tripos và các hình thái được xác định từ DISCOtech sử dụng chương trình SYBYL 6.8. Cấu trúc củ...... hiện toàn bộ
GROMACS: Nhanh chóng, linh hoạt và miễn phí Dịch bởi AI
Journal of Computational Chemistry - Tập 26 Số 16 - Trang 1701-1718 - 2005
David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, Gerrit Groenhof, Alan E. Mark, Herman J. C. Berendsen
Tóm tắtBài viết này mô tả bộ phần mềm GROMACS (Groningen MAchine for Chemical Simulation) được phát triển tại Đại học Groningen, Hà Lan, vào đầu những năm 1990. Phần mềm, được viết bằng ngôn ngữ ANSI C, bắt nguồn từ một dự án phần cứng song song, và rất phù hợp cho việc phân tán trên các cụm xử lý. Nhờ tối ưu hóa cẩn thận việc tìm kiếm hàng xóm và hiệu suất vòng lặ...... hiện toàn bộ
Tổng số: 156   
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • 6
  • 10