UCSF Chimera—Hệ thống trực quan cho nghiên cứu khám phá và phân tích

Journal of Computational Chemistry - Tập 25 Số 13 - Trang 1605-1612 - 2004
Eric F. Pettersen1, Thomas D. Goddard2, Conrad C. Huang2, Gregory S. Couch2, Daniel M. Greenblatt2, Elaine C. Meng2, Thomas E. Ferrin2
1Computer Graphics Laboratory, Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, 600 16th Street, San Francisco, California 94143-2240, USA.
2Computer Graphics Laboratory, Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, 600 16th Street, San Francisco, California 94143‐2240

Tóm tắt

Tóm tắt

Bài viết này thảo luận về thiết kế, triển khai và khả năng của một hệ thống trực quan có thể mở rộng, UCSF Chimera. Chimera được phân thành một hạt nhân cung cấp các dịch vụ và công cụ trực quan cơ bản, và các phần mở rộng cung cấp hầu hết các tính năng cao cấp hơn. Kiến trúc này đảm bảo rằng cơ chế mở rộng đáp ứng được yêu cầu của các nhà phát triển bên ngoài, những người mong muốn tích hợp các tính năng mới. Hai phần mở rộng đặc biệt được trình bày: Multiscale, cho phép hình dung các tổ hợp phân tử lớn như lớp vỏ virus, và Collaboratory, cho phép các nhà nghiên cứu chia sẻ phiên làm việc của Chimera một cách tương tác mặc dù ở các vị trí khác nhau. Các phần mở rộng khác bao gồm Multalign Viewer, để hiển thị nhiều sự căn chỉnh chuỗi và các cấu trúc liên quan; ViewDock, để sàng lọc các định hướng ligand đã liên kết; Movie, để phát lại các quỹ đạo động học phân tử; và Volume Viewer, để hiển thị và phân tích dữ liệu thể tích. Một cuộc thảo luận về việc sử dụng Chimera trong các tình huống thực tế cũng được đưa ra, cùng với những định hướng trong tương lai được mong đợi. Chimera bao gồm tài liệu hướng dẫn người dùng đầy đủ, miễn phí cho người dùng học thuật và phi lợi nhuận, và có sẵn cho Microsoft Windows, Linux, Apple Mac OS X, SGI IRIX, và HP Tru64 Unix từ http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/. © 2004 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem 25: 1605–1612, 2004

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1126/science.7455704

Huang C. C., 1996, Pac Symp Biocomput, 1, 724

10.1016/0263-7855(88)80054-7

10.1093/nar/28.1.235

10.1016/0263-7855(95)00003-O

10.1016/S0263-7855(98)80030-1

10.1016/0263-7855(91)80016-S

10.1016/S0065-3233(08)60520-3

Python;http://www.python.org/.

IDLE (Interactive DeveLopment Environment);http://www.python.org/idle/.

Tkinter;http://www.python.org/topics/tkinter/.

Tix (Tk Interface eXtension);http://tixlibrary.sourceforge.net/.

Pmw (Python megawidgets);http://pmw.sourceforge.net/.

10.1002/(SICI)1097-0282(199603)38:3<305::AID-BIP4>3.0.CO;2-Y

OpenGL;http://www.opengl.org/.

10.1038/26694

10.1128/JVI.76.18.9533-9536.2002

10.1093/nar/gkg500

10.1093/nar/30.1.264

10.1016/S0022-2836(05)80134-2

10.1093/bib/3.3.265

10.1093/nar/gkg127

10.1023/A:1011115820450

10.1126/science.257.5073.1078

10.1007/BF00134183

Case D. A.;Pearlman D. A.;Caldwell J. W.;Cheatham T. E. I.;Wang J.;Ross W. S.;Simmerling C.;Darden T.;Merz K. M.;Stanton R. V.;Cheng A.;Vincent J. J.;Crowley M.;Tsui V.;Gohlke H.;Radmer R.;Duan Y.;Pitera J.;Massova I.;Seibel G. L.;Singh U. C.;Weiner P.;Kollman P. A.AMBER;http://amber.scripps.edu/.

van Gunsteren W. F.;Berendsen H. J. C.GROMOS;www.igc.ethz.ch/gromos/.

10.1006/jcph.1999.6201

10.1107/S0907444994003112

Jones T. A.;Kjeldgaard M.The O protein crystallographic package;http://www.imsb.au.dk/∼mok/o/.

10.1107/S0907444998003254

10.1002/(SICI)1097-0134(19990401)35:1<25::AID-PROT3>3.0.CO;2-V

10.1006/jsbi.1996.0030

10.1126/science.7761829

10.1002/prot.340110407

10.1006/jsbi.1996.0010

10.1109/38.56302

Network Common Data Form; Unidata Program Center Boulder CO;http://www.unidata.ucar.edu/packages/netcdf/.

Extensible Markup Language;http://www.xml.org/.

10.1109/4236.656066

Common Object Request Broker Architecture;http://www.corba.org/.

Banatao D. R., 2001, Pac Symp Biocomput, 6, 240

10.1002/pro.5560040404

10.1093/nar/gkh095

10.1107/S0907444902005851

10.1038/nsb1094-717

10.1096/fasebj.9.5.7896002

10.1289/ehp.919311

10.1038/nsb1001-868

10.1006/jmbi.2001.4633

10.1038/373167a0

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Computational Chemistry

Tập 25 Số 13

1605-1612

Thông tin tác giả