AutoDock Vina: Nâng cao tốc độ và độ chính xác của quá trình docking với hàm chấm điểm mới, tối ưu hóa hiệu quả và đa luồng

Journal of Computational Chemistry - Tập 31 Số 2 - Trang 455-461 - 2010
Oleg Trott1, Arthur J. Olson1
1The Scripps Research Institute, Molecular Biology, La Jolla, CA

Tóm tắt

Tóm tắtAutoDock Vina, một chương trình mới dành cho việc docking phân tử và sàng lọc ảo, được giới thiệu trong bài viết này. AutoDock Vina có tốc độ xử lý nhanh hơn khoảng hai bậc so với phần mềm docking phân tử phát triển trước đây trong phòng thí nghiệm của chúng tôi (AutoDock 4), đồng thời cải thiện đáng kể độ chính xác trong dự đoán cách thức gắn kết, theo các thử nghiệm của chúng tôi trên tập hợp đào tạo đã sử dụng để phát triển AutoDock 4. Tốc độ xử lý còn được gia tăng nhờ sự song song hóa, sử dụng đa luồng trên các máy đa lõi. AutoDock Vina tự động tính toán các bản vẽ lưới và nhóm kết quả một cách rõ ràng cho người sử dụng. © 2009 Wiley Periodicals, Inc. Tạp chí Comput Chem 2010

Từ khóa

#AutoDock Vina #docking phân tử #sàng lọc ảo #tối ưu hóa #đa luồng #song song hóa #dự đoán cách thức gắn kết #bản đồ lưới.

Tài liệu tham khảo

10.1002/prot.21082

10.1021/ci700044s

10.1146/annurev.biophys.36.040306.132550

10.1016/S0006-3495(97)78756-3

10.1073/pnas.0610494104

10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B

Vanopdenbosch N., 1985, J Mol Graph, 3, 110

10.1023/A:1016357811882

10.1021/jm030580l

10.1021/jm048957q

10.1007/BF00124474

Holland J. H., 1975, Adaptation in Natural and Artificial Systems

Eberhart R., 1995, Proceedings of the Sixth International Symposium on Micro Machine and Human Science, 39, 10.1109/MHS.1995.494215

10.1109/ICNN.1995.488968

10.1126/science.220.4598.671

10.1057/jors.1981.159

10.1007/978-3-540-78295-7

10.1002/jcc.540150503

10.1007/b98874

Stroustrup B., 1994, The Design and Evolution of C++

Austern M. H., 1999, Generic Programming and the STL

Boost Organization 2008. Boost C++Libraries. Available at:http://www.boost.org/.

10.1002/jcc.21256

10.1002/jcc.20936

10.1023/B:JCAM.0000017496.76572.6f

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Computational Chemistry

Tập 31 Số 2

455-461

Thông tin tác giả