AutoDock4 và AutoDockTools4: Định vị tự động với tính linh hoạt chọn lọc của thụ thể

Chúng tôi mô tả việc kiểm tra và phát hành AutoDock4 cùng với giao diện đồ họa người dùng đi kèm AutoDockTools. AutoDock4 tích hợp tính linh hoạt có giới hạn ở thụ thể. Nhiều thử nghiệm được báo cáo ở đây, bao gồm một thí nghiệm tái định vị với 188 phức hợp ligand-protein đa dạng và một thí nghiệm trao đổi định vị sử dụng chuỗi bên linh hoạt trong 87 phức hợp protease HIV. Chúng tôi cũng báo cáo tính hữu dụng của nó trong việc phân tích các ligand gắn kết covalent, sử dụng cả phương pháp định vị dựa trên lưới và một sửa đổi của kỹ thuật chuỗi bên linh hoạt. © 2009 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem, 2009