Enterobacteriaceae là gì? Các công bố khoa học về Enterobacteriaceae

Trong công trình này, chúng tôi đã thiết kế và phát triển hai công cụ Web dễ sử dụng cho phép tính toán trong môi trường máy tính phát hiện và xác định đặc điểm của chuỗi gen toàn bộ bộ gen (WGS) và dữ liệu chuỗi toàn bộ plasmid từ các thành viên của họ Enterobacteriaceae . Các công cụ này sẽ giúp cho việc định kiểu khuẩn dựa trên bản nháp của bộ gen của các loài đa kháng thuốc thuộc họ Enterobacteriaceae bằng cách phát hiện nhanh chóng các loại plasmid đã biết. Các chuỗi replicon từ 559 plasmid đã được giải mã toàn bộ liên quan đến họ Enterobacteriaceae trong cơ sở dữ liệu nucleotide của NCBI đã được thu thập để tạo cơ sở dữ liệu đồng thuận tích hợp vào công cụ Web gọi là PlasmidFinder, có thể được dùng để phân tích trình tự replicon từ dữ liệu trình tự plasmid thô, nhóm contig, hoặc được lắp ráp hoàn chỉnh và đóng gói. Cơ sở dữ liệu PlasmidFinder hiện bao gồm 116 chuỗi replicon phù hợp với ít nhất 80% độ tương đồng nucleotide với tất cả các chuỗi replicon được xác định trong 559 plasmid đã được giải mã toàn bộ. Đối với phân tích Đa Vị trí Trình tự Plasmid (pMLST), một cơ sở dữ liệu được cập nhật hàng tuần đã được tạo ra từ www.pubmlst.org và được tích hợp vào một công cụ Web gọi là pMLST. Cả hai cơ sở dữ liệu đã được đánh giá bằng cách sử dụng các bộ gen nháp từ một bộ sưu tập của các chủng Salmonella enterica serovar Typhimurium. PlasmidFinder đã xác định tổng cộng 103 replicon và từ không đến năm replicon trong mỗi bộ gen nháp của S . Typhimurium đã được thử nghiệm. Công cụ web pMLST đã có thể xác định phân nhóm dữ liệu trình tự gen của plasmid, tiết lộ cả các loại trình tự plasmid đã biết (STs) và các alen mới cũng như các biến thể ST. Kết luận, thử nghiệm của hai công cụ Web này sử dụng cả trình tự plasmid lắp ráp hoàn chỉnh và các bộ gen nháp tạo ra từ WGS cho thấy khả năng phát hiện một loạt các loại plasmid thường liên quan đến kháng kháng sinh trong các tác nhân gây bệnh vi khuẩn có ý nghĩa lâm sàng.

Escherichia coli kiểu trình tự 131 (ST131) và Klebsiella pneumoniae ST258 đã xuất hiện từ những năm 2000 như là những tác nhân gây bệnh quan trọng ở người, chúng đã lây lan rộng rãi trên toàn cầu và là nguyên nhân dẫn đến sự gia tăng nhanh chóng của kháng kháng sinh giữa các dòng E. coli và K. pneumoniae tương ứng. E. coli ST131 gây ra các nhiễm trùng ngoài ruột và thường có khả năng kháng lại fluoroquinolon, và liên quan đến việc sản xuất β-lactamase phổ rộng, đặc biệt là CTX-M-15. K. pneumoniae ST258 gây ra các nhiễm trùng đường tiết niệu và hô hấp và liên quan đến carbapenemase, thường nhất là KPC-2 và KPC-3. Dòng phổ biến nhất trong ST131 được gọi là fimH30 vì nó chứa loại biến thể H30 của gen bám dính fimbria loại 1, và các nghiên cứu phân tử gần đây đã chứng minh rằng dòng này xuất hiện vào đầu những năm 2000 và sau đó đã nhanh chóng mở rộng các phân dòng con H30-R và H30-Rx. K. pneumoniae ST258 bao gồm 2 dòng riêng biệt, cụ thể là nhánh I và nhánh II. Hơn nữa, có vẻ như ST258 là một giống lai được tạo ra bởi một sự kiện tái tổ hợp lớn giữa ST11 và ST442. Các plasmid dịch tễ với bla _CTX-M và bla _KPC thuộc nhóm không tương thích F đã đóng góp đáng kể vào sự thành công của những giống này. E. coli ST131 và K. pneumoniae ST258 là những ví dụ tiêu biểu của các dòng kháng đa thuốc có nguy cơ cao quốc tế.

Vào năm 1972, chỉ có 11 chi và 26 loài thuộc họ Enterobacteriaceae. Ngày nay, có 22 chi, 69 loài, và 29 nhóm sinh học hoặc Nhóm Đường Ruột. Bài báo này là một tổng quan về tất cả các sinh vật mới. Nó bao gồm một loạt các biểu đồ phân biệt để hỗ trợ trong việc xác định và một biểu đồ lớn với các phản ứng của 98 sinh vật khác nhau cho 47 xét nghiệm thường được sử dụng trong xác định. Một phiên bản đơn giản hóa của biểu đồ này đưa ra các loài phổ biến nhất và các xét nghiệm thường được sử dụng để xác định. Các nguồn của các sinh vật mới được liệt kê, và vai trò của chúng trong bệnh lý con người được bàn luận. Mười bốn nhóm mới của Enterobacteriaceae được mô tả lần đầu tiên. Các nhóm mới này có tính chất sinh hóa khác biệt so với các loài, nhóm sinh học, và Nhóm Đường Ruột được mô tả trước đây của Enterobacteriaceae. Các nhóm mới bao gồm biogroup 1 của Citrobacter amalonaticus, nhóm 47 của Klebsiella (dương tính với indole, dương tính với ornithine), biogroup 1 của Serratia marcescens, và các Nhóm Đường Ruột chưa được phân loại 17, 45, 57, 58, 59, 60, 63, 64, 68, và 69.