Phát hiện và định kiểu plasmid bằng cách sử dụng công cụ PlasmidFinder và Đánh giá Đa Vị trí Plasmid

Antimicrobial Agents and Chemotherapy - Tập 58 Số 7 - Trang 3895-3903 - 2014
Alessandra Carattoli1, Ea Zankari2, Aurora García-Fernández1, Mette Voldby Larsen3, Ole Lund3, Laura Villa1, Frank M. Aarestrup2, Henrik Hasman2
1Department of Infectious, Parasitic and Immuno-mediated Diseases, Istituto Superiore di Sanità, Rome, Italy
2Danish Technical University, National Food Institute, Division for Epidemiology and Microbial Genomics, Lyngby, Denmark
3Danish Technical University, Center for Biological Sequence Analysis, Department of Systems Biology, Lyngby, Denmark

Tóm tắt

TÓM TẮT Trong công trình này, chúng tôi đã thiết kế và phát triển hai công cụ Web dễ sử dụng cho phép tính toán trong môi trường máy tính phát hiện và xác định đặc điểm của chuỗi gen toàn bộ bộ gen (WGS) và dữ liệu chuỗi toàn bộ plasmid từ các thành viên của họ Enterobacteriaceae . Các công cụ này sẽ giúp cho việc định kiểu khuẩn dựa trên bản nháp của bộ gen của các loài đa kháng thuốc thuộc họ Enterobacteriaceae bằng cách phát hiện nhanh chóng các loại plasmid đã biết. Các chuỗi replicon từ 559 plasmid đã được giải mã toàn bộ liên quan đến họ Enterobacteriaceae trong cơ sở dữ liệu nucleotide của NCBI đã được thu thập để tạo cơ sở dữ liệu đồng thuận tích hợp vào công cụ Web gọi là PlasmidFinder, có thể được dùng để phân tích trình tự replicon từ dữ liệu trình tự plasmid thô, nhóm contig, hoặc được lắp ráp hoàn chỉnh và đóng gói. Cơ sở dữ liệu PlasmidFinder hiện bao gồm 116 chuỗi replicon phù hợp với ít nhất 80% độ tương đồng nucleotide với tất cả các chuỗi replicon được xác định trong 559 plasmid đã được giải mã toàn bộ. Đối với phân tích Đa Vị trí Trình tự Plasmid (pMLST), một cơ sở dữ liệu được cập nhật hàng tuần đã được tạo ra từ www.pubmlst.org và được tích hợp vào một công cụ Web gọi là pMLST. Cả hai cơ sở dữ liệu đã được đánh giá bằng cách sử dụng các bộ gen nháp từ một bộ sưu tập của các chủng Salmonella enterica serovar Typhimurium. PlasmidFinder đã xác định tổng cộng 103 replicon và từ không đến năm replicon trong mỗi bộ gen nháp của S . Typhimurium đã được thử nghiệm. Công cụ web pMLST đã có thể xác định phân nhóm dữ liệu trình tự gen của plasmid, tiết lộ cả các loại trình tự plasmid đã biết (STs) và các alen mới cũng như các biến thể ST. Kết luận, thử nghiệm của hai công cụ Web này sử dụng cả trình tự plasmid lắp ráp hoàn chỉnh và các bộ gen nháp tạo ra từ WGS cho thấy khả năng phát hiện một loạt các loại plasmid thường liên quan đến kháng kháng sinh trong các tác nhân gây bệnh vi khuẩn có ý nghĩa lâm sàng.

Từ khóa

#phát hiện plasmid #PlasmidFinder #Enterobacteriaceae #Đa Vị trí Trình tự Plasmid (pMLST) #kháng kháng sinh #dữ liệu toàn bộ bộ gen (WGS) #chuỗi plasmid

Tài liệu tham khảo

10.1128/mr.52.3.375-395.1988

10.1016/j.mimet.2005.03.018

10.1038/234222a0

10.1093/jac/dkq347

10.1093/jac/dks114

10.1093/jac/dkn470

10.1093/jac/dkq101

10.1093/jac/dks357

10.1016/j.plasmid.2012.03.001

10.1371/journal.pone.0040438

10.1186/1471-2105-11-595

10.1093/jac/dkn131

10.1093/jac/dkr225

10.1128/AAC.00645-08

10.1093/jac/dks261

10.1128/JCM.06094-11

10.1128/AAC.01297-12

10.1093/jac/dkt235

10.1128/AAC.05308-11

10.1093/jac/dks387

10.1128/AAC.00688-09

10.1371/journal.pone.0034752

10.1093/jac/dkq269

10.1128/AAC.05116-11

10.1093/jac/dks496

10.3201/eid1704.101009

10.1093/nar/28.10.2177

10.1016/j.plasmid.2004.06.006

10.1128/AAC.00165-11

10.1128/AAC.48.9.3332-3337.2004

10.1093/nar/gkq1189

10.1111/j.1574-6968.2011.02432.x

DANMAP. 2012. DANMAP 2011—use of antimicrobial agents and occurrence of antimicrobial resistance in bacteria from food animals foods and humans in Denmark. 2012. http://www.danmap.org/Downloads/∼/media/Projekt%20sites/Danmap/DANMAP%20reports/Danmap_2011.ashx.

10.1016/j.micinf.2005.12.027

10.1128/iai.48.1.175-182.1985

Thông tin
Thông tin xuất bản

Antimicrobial Agents and Chemotherapy

Tập 58 Số 7

3895-3903

Thông tin tác giả