Đê cọc rỗng là gì? Các công bố khoa học về Đê cọc rỗng

Việc đặc trưng đầy đủ vi khuẩn kháng methicillin Staphylococcus aureus (MRSA) không chỉ yêu cầu xác định nền gen vi khuẩn mà còn cả cấu trúc của yếu tố phức tạp và dị hợp tử mec mà các vi khuẩn này mang, yếu tố này liên quan đến gen xác định tính kháng thuốc mecA. Chúng tôi báo cáo về sự phát triển, xác thực và ứng dụng của một chiến lược PCR đa mảnh cho phép đặc trưng sơ bộ nhanh chóng các loại yếu tố mec dựa trên các đặc điểm cấu trúc đã được chứng minh là điển hình của các yếu tố mec mang bởi nhiều chủng MRSA. Chiến lược này đã được xác thực bằng cách sử dụng một bộ sưu tập đại diện của các chủng MRSA đại dịch, trong đó đầy đủ cấu trúc của các yếu tố mec liên quan đã được xác định trước đó bằng cách lai ghép và sàng lọc PCR cũng như bằng phương pháp giải trình tự DNA. Phương pháp này đã được kiểm tra cùng với phương pháp phân loại theo nhiều locus và các phương pháp phân loại khác để đặc trưng hóa 18 mẫu đại diện cho các chủng MRSA thu thập được trong một đợt bùng phát tại bệnh viện ở Barcelona, Tây Ban Nha. PCR đa mảnh đã được chứng minh là nhanh chóng, đáng tin cậy, và có khả năng trong một thử nghiệm xác định năm loại cấu trúc của yếu tố mec giữa các chủng này, ba biến thể chính và hai biến thể phụ, mỗi loại đều đã được phát hiện trong các nghiên cứu kháng MRSA trước đây. Kỹ thuật này có thể là một bổ sung hữu ích cho kho vũ khí các công cụ phân loại phân tử dùng cho việc đặc trưng các loại clonal MRSA và nhận diện nhanh chóng các biến thể cấu trúc của yếu tố mec.

Kỹ thuật điện di gel gradient biến tính (DGGE) của các đoạn DNA được tạo ra bằng phản ứng chuỗi polymerase (PCR) với mồi chuyên biệt cho DNA ribosomal 16S được sử dụng để phát hiện vi khuẩn axit lactic (LAB) thuộc các chi Lactobacillus, Pediococcus, Leuconostoc , và Weissella trong phân người. Phân tích mẫu phân từ bốn đối tượng cho thấy hồ sơ cá nhân của các đoạn DNA không chỉ xuất phát từ các loài đã được mô tả là cư dân ruột mà còn từ các vi khuẩn đặc trưng liên quan đến thực phẩm như Lactobacillus sakei, Lactobacillus curvatus, Leuconostoc mesenteroides , và Pediococcus pentosaceus . So sánh kết quả PCR-DGGE với kết quả nuôi cấy cho thấy các loài liên quan đến thực phẩm không thể được nuôi cấy từ các mẫu phân bằng cách cấy ra môi trường Rogosa. Mặt khác, tất cả các loài vi khuẩn LAB cấy từ phân đều được phát hiện trong hồ sơ DGGE. Chúng tôi cũng phát hiện thấy sự thay đổi trong các loại vi khuẩn LAB xuất hiện trong phân người trong quá trình tiêu thụ sản phẩm sữa chứa dòng probiotic Lactobacillus rhamnosus DR20. Phân tích mẫu phân từ hai đối tượng được lấy trước, trong, và sau khi sử dụng probiotic cho thấy L. rhamnosus có thể phát hiện được bằng PCR-DGGE trong giai đoạn thử nghiệm trong phân của cả hai đối tượng, trong khi nó chỉ có thể phát hiện được bằng nuôi cấy ở một đối tượng duy nhất.

Trong nghiên cứu này, chúng tôi mô tả một phương pháp thử nghiệm multiplex PCR để phát hiện chín gene kháng kháng sinh có liên quan lâm sàng củaStaphylococcus aureus. Các điều kiện đã được tối ưu hóa để khuếch đại các đoạn củamecA (mã hóa khả năng kháng methicillin),aacA-aphD (kháng aminoglycoside),tetK,tetM (kháng tetracycline),erm (A),erm (C) (kháng macrolide-lincosamide-streptogramin B),vat (A),vat (B), vàvat (C) (kháng streptogramin A) đồng thời trong một lần khuếch đại PCR. Một cặp mồi bổ sung để khuếch đại một đoạn của 16S rDNA của vi khuẩn tụ cầu đã được đưa vào như một đối chứng dương tính. Phương pháp multiplex PCR đã được đánh giá trên 30 chủng khác nhau củaS. aureus, và các kết quả PCR tương quan với dữ liệu kháng kháng sinh kiểu hình thu được từ phương pháp pha loãng vi sinh trong môi trường. Phương pháp multiplex PCR cung cấp một phương pháp nhận diện nhanh chóng, đơn giản và chính xác về các mẫu kháng kháng sinh và có thể được sử dụng trong chẩn đoán lâm sàng cũng như để giám sát sự lây lan của các yếu tố xác định kháng kháng sinh trong các nghiên cứu dịch tễ học.

Vi khuẩn gây bệnh và virus ruột có thể được đưa vào môi trường thông qua việc xả thải của con người. Cần thiết phải có các phương pháp phát hiện và định lượng nhanh chóng virus ở người và vi khuẩn chỉ thị phân trong nước để ngăn ngừa sự tiếp xúc của con người với các tác nhân gây bệnh qua nước uống và các hoạt động giải trí. Bài báo này mô tả sự phát triển của hai phương pháp PCR thời gian thực để phát hiện và định lượng adenovirus ở người và Enterococci trong nước môi trường. Để định lượng Enterococci theo thời gian thực, một bộ mồi và một đầu dò nhắm vào gen rRNA 23S đã được sử dụng. Đường chuẩn được tạo ra dựa trên DNA gen của Enterococcus faecalis có tính tuyến tính qua một dãy pha loãng 7-log. Các pha loãng tuần tự của các dung dịch E. faecalis đã cho ra giới hạn phát hiện tối thiểu (LLD) là 5 CFU/phản ứng. Để phát triển PCR thời gian thực cho adenovirus, các mồi suy biến và một đầu dò Taqman nhắm vào vùng 163 bp của gen hexon adenovirus đã được thiết kế để khuếch đại đặc hiệu 14 kiểu huyết thanh khác nhau của adenovirus ở người, bao gồm kiểu huyết thanh 40 và 41 của adenovirus ruột. Đường chuẩn được tạo ra là tuyến tính qua một dãy pha loãng 5-log, và LLD là 100 PFU/phản ứng khi sử dụng các pha loãng tuần tự của các hạt adenovirus tinh khiết kiểu huyết thanh 40. Cả hai phương pháp đều đã được tối ưu hóa để áp dụng cho các mẫu môi trường. Phương pháp PCR thời gian thực cho thấy độ nhạy cao hơn trong việc phát hiện adenovirus trong các mẫu nước thải so với phương pháp đếm đốm virus và trong việc phát hiện Enterococci trong nước ven biển so với phương pháp nuôi cấy vi khuẩn. Tuy nhiên, PCR thời gian thực cho Enterococcus đã đánh giá quá cao số lượng vi khuẩn trong nước thải có clo so với phương pháp nuôi cấy vi khuẩn. Tổng thể, khả năng phát hiện nhanh chóng và định lượng Enterococci và adenovirus trong các mẫu môi trường khác nhau thông qua PCR thời gian thực đại diện cho một bước tiến đáng kể và một tiềm năng lớn cho các ứng dụng môi trường.

Gần đây, chúng tôi đã chứng minh rằng các đại thực bào dẫn xuất từ bạch cầu đơn nhân (MDM) của con người, được xử lý với chloroquine hoặc amoni clorua, đã làm tăng đáng kể hoạt động kháng nấm chống lại mầm bệnh liên quan đến AIDS là Cryptococcus neoformans. Cả hai chất này đều nâng cao độ pH của lysosome, cho thấy rằng hoạt động kháng nấm tăng lên là một chức năng của việc làm kiềm hóa phagolysosome. Hơn nữa, có một mối tương quan nghịch giữa sự tăng trưởng của C. neoformans trong môi trường không có tế bào và pH. Dữ liệu này cho thấy rằng C. neoformans đã thích nghi tốt để tồn tại trong các ngăn axit. Để kiểm tra giả thuyết này, chúng tôi đã thực hiện các nghiên cứu nhằm xác định pH của phagosome MDM và neutrophil ở người chứa C. neoformans. Nấm đã được dán nhãn với các dẫn xuất isothiocyanate của hai chất dò pH nhạy cảm: fluorescein và 2′,7′-difluorofluorescein (Oregon Green). Các chất dò này có pK_a là 6.4 và 4.7, tương ứng, cho phép phát hiện pH nhạy bén trên một dải rộng. pH của phagosome trung bình khoảng 5 sau khi hấp thụ nấm sống hoặc nấm bị tiêu hủy do nhiệt và duy trì tương đối ổn định theo thời gian, điều này cho thấy C. neoformans không chủ động điều chỉnh pH của phagosome của nó. Việc bổ sung 10 và 100 μM chloroquine dẫn đến sự tăng pH của phagosome từ mức cơ bản 5,1 lên đến 6,5 và 7,3, tương ứng. Cuối cùng, qua miễn dịch huỳnh quang, sự đồng định vị của C. neoformans và protein màng lysosome của MDM LAMP-1 đã được chứng minh, điều này thiết lập rằng sự hợp nhất của các phagosome chứa C. neoformans với các ngăn lysosome diễn ra. Như vậy, không giống như nhiều mầm bệnh nội bào khác, C. neoformans không né tránh sự hợp nhất với ngăn lysosome của đại thực bào mà cư ngụ và sống sót trong phagolysosome axit.

Các nghiên cứu trước đây sử dụng phương pháp miễn dịch huỳnh quang (IF) đã chỉ ra rằng <i>Streptococcus mutans</i> có thể ưu tiên bám vào các phân vị cụ thể trong mảng bám kẽ răng. Nghiên cứu này nhằm mở rộng những quan sát này tới các loại Streptococcus mutans khác và Lactobacilli trong mảng bám biên nướu. Hai trăm bảy mươi mẫu mảng bám kẽ răng được lấy từ 90 răng (3 mẫu từ mỗi răng) ở 64 trẻ em; ba phân vị biên nướu liên quan đến khu vực tiếp xúc: xa khỏi (A), bên cạnh (S) và dưới (B) khu vực tiếp xúc. Các mẫu được xử lý bằng IF gián tiếp sử dụng kháng huyết thanh đa giá hiệu suất cao chống lại <i>S. mutans</i> 'c', anti-<i>S. sobrinus</i> 'd', anti-<i>L. casei</i> và anti-<i>L. acidophilus</i>. Một mối liên kết tích cực tổng thể được tìm thấy giữa <i>S. mutans</i> 'c' và <i>S. sobrinus</i> 'd' (p < 0.001). Sự khác biệt có ý nghĩa (p < 0.1) được tìm thấy giữa tỷ lệ phần trăm tại mỗi phân vị cho <i>S. mutans</i> 'c': A = 39%, S = 51% và B = 70%, và cho <i>S. sobrinus</i> 'd' là 21, 33 và 49%. Streptococci mutans (MS) có xu hướng bám vào phân vị dưới khu vực tiếp xúc (B = 81%) so với phân vị A và S (48 và 62%, tương ứng). <i>S. mutans</i> 'c' và <i>S. sobrinus</i> 'd' được phát hiện cùng nhau tại các phân vị A = 12%, S = 22%, và B = 38%, với tỷ lệ phần trăm tại các vị trí B cao hơn các vị trí A (B > A, p < 0.01 và B > S, p < 0.05). Các loại <i>Lactobacillus</i> spp. hiếm khi bị cô lập, và thường được tìm thấy cùng với MS. Có mối quan hệ tích cực giữa sự hiện diện của Lactobacilli hoặc MS và sâu răng (chỉ tổn thương trắng), mặc dù các loài này thường có thể bị cô lập từ các vị trí không sâu răng. Sự hiện diện của cả <i>S. mutans</i> 'c' và <i>S. sobrinus</i> 'd' có mối tương quan mạnh mẽ với các tổn thương sâu răng sớm. Ngoài ra, nghiên cứu này còn xác nhận sự biến đổi của vi sinh vật tại các phân vị khác nhau trong mảng bám răng kẽ răng.

Các mẫu nuôi cấy sơ cấp từ vật liệu lâm sàng đã được sàng lọc để tìm kiếm sự hiện diện của các khuẩn lạc nghi ngờ là Streptococcus agalactiae (nhóm B Lancefield). Sáu mươi ba mẫu nuôi cấy như vậy và 108 mẫu khác của liên cầu khuẩn tan huyết beta (nhóm A, C và G), được thu thập trong 3 tháng đầu của cuộc điều tra, đã được nghiên cứu thông qua phân nhóm Lancefield, thủy phân sodium hippurate và bài kiểm tra CAMP tiêu chuẩn. Tất cả liên cầu khuẩn đều được cấy vuông góc với đường cấy của Staphylococcus sản xuất độc tố beta trên đĩa thạch máu cừu và ủ khí tài trong hũ nến và kỵ khí ở 37 C. Các đĩa được kiểm tra sau 5-6 giờ và 18 giờ ủ. Sự sinh hemolysis với hình "mũi tên" đặc trưng chỉ ra một phản ứng CAMP dương tính. Tất cả liên cầu nhóm B đều cho phản ứng CAMP dương tính trong hũ nến hoặc kỵ khí, thường trong vòng 5-6 giờ, và khí tài sau 18 giờ ủ. Tất cả liên cầu nhóm A chỉ cho phản ứng dương tính trong điều kiện kỵ khí. Các nhóm C và G là âm tính dưới mọi điều kiện khí quyển. Phản ứng CAMP là một phương pháp nhanh chóng và đáng tin cậy cho việc nhận dạng sơ bộ nhóm liên cầu B khi sử dụng hũ nến trong quá trình ủ.