Springer Science and Business Media LLC
SCOPUS (2009-2023)SCIE-ISI
1756-8935
Cơ quản chủ quản: BMC , BioMed Central Ltd.
Các bài báo tiêu biểu
Các biến thể histone là các isoform protein không đồng phân có vai trò quan trọng trong việc đa dạng hóa cấu trúc nhiễm sắc. Số lượng biến thể đã biết đã tăng lên đáng kể trong những năm gần đây, nhưng sự thiếu hụt quy tắc đặt tên cho chúng đã dẫn đến nhiều phong cách đặt tên khác nhau, nhiều từ đồng nghĩa và các từ đồng âm gây nhầm lẫn, làm mờ nhạt mối quan hệ giữa các biến thể và làm phức tạp việc tìm kiếm trong cơ sở dữ liệu. Chúng tôi đề xuất một hệ thống đặt tên thống nhất cho các biến thể của cả năm loại histone, sử dụng các quy tắc đặt tên nhất quán nhưng linh hoạt để tạo ra các tên gọi có thông tin và dễ tìm kiếm. Hệ thống đặt tên này dựa trên sự sử dụng lịch sử và kết hợp các mối quan hệ phát sinh chủng loại, điều này là những dự đoán mạnh mẽ về cấu trúc và chức năng. Một đặc điểm chính là việc sử dụng dấu câu một cách nhất quán để đại diện cho sự phân rã phát sinh chủng loại, làm rõ ràng mối quan hệ giữa các kiểu biến thể mà trước đây chưa được rõ ràng. Chúng tôi khuyến nghị rằng theo mặc định, các biến thể histone mới được đặt tên với hậu tố số đại diện cho paralog của loài cụ thể mà không có ý nghĩa phát sinh chủng loại, trong khi các hậu tố chữ được dành riêng cho những nhánh biến thể có cấu trúc khác biệt. Để rõ ràng và dễ tìm kiếm, chúng tôi khuyến khích việc sử dụng các mô tả tách biệt khỏi tên biến thể dựa trên phát sinh chủng loại để chỉ ra các thuộc tính phát triển và những thuộc tính khác của các biến thể có thể độc lập với cấu trúc.
Các yếu tố DNA điều hòa như các yếu tố kích thích, ức chế và chạy ngăn cách được nhúng trong bộ gen của động vật bậc cao, và chúng kiểm soát sự biểu hiện gen trong quá trình phát triển. Mặc dù chúng thực hiện các vai trò khác nhau, nhưng chúng chia sẻ các đặc tính cụ thể. Trong bài viết này, chúng tôi thảo luận một số ví dụ và đề xuất một mô hình tiết kiệm cho chức năng của chúng. Tất cả đều là các đơn vị phiên mã liên kết các nhà phối hợp mục tiêu gần hoặc xa với các điểm nóng phiên mã (hay còn gọi là 'nhà máy').
Sự nhận diện các biến đổi histone bởi các miền protein chuyên biệt là một bước quan trọng trong việc điều hòa các quá trình liên quan đến DNA như phiên mã gen. Cơ sở cấu trúc của các tương tác này thường được nghiên cứu thông qua các mô hình peptide histone, bỏ qua bối cảnh nucleosome. Ở đây, chúng tôi cung cấp cơ sở cấu trúc và nhiệt động học cho sự nhận diện các nucleosome H3K36-methylated (H3K36me) bởi miền PSIP1-PWWP, dựa trên phân tích đột biến sâu rộng, phương pháp cộng hưởng từ hạt nhân (NMR) tiên tiến và các cách tiếp cận tính toán.
Miền PSIP1-PWWP liên kết với peptide H3K36me3 và DNA với độ ái lực thấp, thông qua các bề mặt liên kết riêng biệt, bên cạnh nhau. Sự liên kết của PWWP với các nucleosome H3K36me được tăng cường khoảng 10,000 lần so với một peptide đã methyl hóa. Dựa trên phân tích đột biến và dữ liệu NMR, chúng tôi xây dựng một cấu trúc của phức hợp cho thấy miền PWWP được liên kết với các nucleosome H3K36me thông qua các tương tác đồng thời với cả đuôi histone đã methyl hóa và DNA nucleosome.
Các gen nhóm polycomb (PcG) mã hóa cho các phức hợp đa protein chromatin có trách nhiệm duy trì trạng thái im lặng của các chương trình phiên mã trong quá trình biệt hóa và ở các mô trưởng thành. Mặc dù có một lượng lớn thông tin về chức năng của PcG trong quá trình phát triển và duy trì bản sắc tế bào, nhưng vẫn ít thông tin được biết đến về động học của các phức hợp PcG và vai trò của chúng trong quá trình biệt hóa cuối cùng.
Chúng tôi cho thấy rằng hai phức hợp polycomb ức chế (PRC)2 khác nhau có sự đóng góp vào quá trình biệt hóa tế bào cơ vân: phức hợp PRC2-Ezh2, phức hợp này gắn với trình tự khởi động
Tiếp xúc với khói thuốc lá (CS) là một mối đe dọa lớn đối với sức khỏe con người trên toàn cầu. Đã có những nghiên cứu chỉ ra rằng việc hút thuốc làm tăng nguy cơ mắc các bệnh hô hấp, bệnh tim mạch và nhiều loại ung thư khác nhau, bao gồm ung thư phổi, gan và ruột. Viêm mà khói thuốc lá kích hoạt được coi là yếu tố trung tâm trong nhiều bệnh lý thông qua cơ chế kích thích sự giải phóng các cytokine viêm. Trong quá trình này, các biến đổi di truyền được biết đến với vai trò quan trọng trong tính đặc hiệu và thời gian của quá trình phiên mã gen.
Các biến đổi di truyền bao gồm ba loại sửa đổi chính: sửa đổi DNA thông qua quá trình methyl hóa; nhiều sửa đổi sau phiên mã của histone, cụ thể là methyl hóa, acetyl hóa, phosphoryl hóa và ubiquitin hóa; và các trình tự RNA không mã hóa. Những sửa đổi này kết hợp lại để điều chỉnh quá trình phiên mã gen một cách di truyền. Các enzyme điều chỉnh những sửa đổi di truyền này có thể được kích hoạt bởi việc hút thuốc, điều này hơn nữa làm trung gian cho sự biểu hiện của nhiều gen viêm. Trong bài đánh giá này, chúng tôi tóm tắt kiến thức hiện tại về các biến đổi di truyền do khói thuốc lá kích hoạt và đánh giá cách mà những biến đổi này có thể ảnh hưởng đến các phản ứng viêm do thuốc lá gây ra.
Việc nhận thức các cơ chế phân tử của những thay đổi di truyền trong tình trạng viêm bất thường được kỳ vọng sẽ đóng góp vào việc hiểu rõ hơn về bệnh sinh của các bệnh liên quan đến khói thuốc lá, từ đó có thể xác định được các liệu pháp di truyền mới trong tương lai gần.