Modeling and SimulationBiochemistry, Genetics and Molecular Biology (miscellaneous)ImmunologyApplied MathematicsAgricultural and Biological Sciences (miscellaneous)Ecology, Evolution, Behavior and Systematics
Éric Bapteste, Maureen A. O’Malley, Robert G. Beiko, Marc Ereshefsky, J. Peter Gogarten, L. R. Franklin-Hall, François‐Joseph Lapointe, John Dupré, Tal Dagan, Yan Boucher, William Martin
Yuri I. Wolf, Cécile Viboud, Edward C. Holmes, Eugene V. Koonin, David J. Lipman
Tóm tắt Đặt vấn đề Sự tiến hóa giữa các đợt đại dịch của protein hemagglutinin
(HA) virus cúm A thường được coi là một hình mẫu cho sự thay đổi tiến hóa nhanh
chóng dưới áp lực chọn lọc tích cực, trong đó các thay thế acid amin được cố
định nhờ tác động của chúng lên tính kháng nguyên, giúp virus né tránh sự giám
sát của hệ miễn dịch. Kết quả Chúng tôi đã thực hiện phân tích phát sinh chủng
loại c... hiện toàn bộ
Marina V. Omelchenko, Michael Y. Galperin, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin
Tóm tắtThông tin nềnCác protein không liên hệ về mặt tiến hóa nhưng xúc tác các
phản ứng sinh hóa giống nhau thường được gọi là các enzyme tương tự - trái ngược
với các enzyme đồng nguồn gốc. Sự tồn tại của nhiều isoform enzyme thay thế,
không đồng nguồn gốc, gây ra một vấn đề tiến hóa thú vị; đồng thời cũng làm phức
tạp việc tái tạo lại các con đường chuyển hóa dựa trên genom ở nhiều loài sinh
vậ... hiện toàn bộ
Tóm tắt Thông tin nền Cơ chế truyền tín hiệu giữa miền thụ thể và miền hiệu ứng
trong các protein tín hiệu đa miền chưa được hiểu rõ. Kết quả Sử dụng các phương
pháp phân tích chuỗi nhạy cảm, chúng tôi đã xác định được một đoạn xoắn helix
bảo tồn dài khoảng 40 amino acid trong nhiều loại protein tín hiệu, bao gồm
nhiều kinase histidine cảm biến như Sln1p và cyclase guanylyl thụ thể như thụ
thể pep... hiện toàn bộ
Artem S. Novozhilov, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin
Tóm tắt Đôi nét về vấn đề Bảng mã di truyền tiêu chuẩn có cấu trúc rõ rệt không
ngẫu nhiên, với các axit amin tương tự thường được mã hóa bởi các chuỗi codon
khác nhau chỉ bằng một sự thay thế nucleotide, thường ở vị trí thứ ba hoặc thứ
nhất của codon. Đã có nhiều tranh luận cho rằng cấu trúc này của mã là kết quả
của việc tối ưu hóa chọn lọc cho khả năng chống lại các lỗi dịch sao cho việc
đọc nh... hiện toàn bộ
#mã di truyền #tối ưu hóa #lỗi dịch #mã ngẫu nhiên #tiến hóa
Larry J. Wilhelm, H. James Tripp, Scott A. Givan, Daniel P. Smith, Stephen J. Giovannoni
Tóm tắt Nền tảng Một trong những mục tiêu của siêu gen học là tái cấu trúc thông
tin về các sinh vật không thể nuôi cấy cụ thể từ các trình tự DNA môi trường
phân mảnh. Chúng tôi đã sử dụng bộ gen của một chủng vi khuẩn
alpha-proteobacteria biển SAR11 ('Candidatus Pelagibacter ubique'; chủng
HTCC1062), thu được từ bờ biển Oregon lạnh và năng suất cao, làm trình tự truy
vấn để nghiên cứu sự biến đổ... hiện toàn bộ
#SAR11 #siêu gen học #vi khuẩn phù sa biển #phân tích gen #biến đổi gen.
Tóm tắt Bối cảnh Ba mạng lưới giao tiếp liên tế bào có thể liên quan đến sự tiết
cytokine; một mạng lưới hạn chế trong các tế bào của hệ miễn dịch (tế bào miễn
dịch), một mạng lưới hạn chế trong các tế bào parenchymal của các cơ quan và mô
(tế bào cơ thể), và một mạng lưới liên quan đến các tương tác giữa tế bào miễn
dịch và tế bào cơ thể (giao diện miễn dịch-cơ thể). Những kết nối cytokine này
xá... hiện toàn bộ