Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
SCOPUS (1986-2025)SCIE-ISI
1097-0134
0887-3585
Mỹ
Cơ quản chủ quản: Wiley-Liss Inc. , WILEY
Lĩnh vực:
BiochemistryStructural BiologyMolecular Biology
Các bài báo tiêu biểu
So sánh nhiều trường lực Amber và phát triển các tham số xương sống protein cải tiến Dịch bởi AI
Tập 65 Số 3 - Trang 712-725 - 2006
Tóm tắtTrường lực ff94 thường liên quan đến gói mô phỏng Amber là một trong
những bộ tham số được sử dụng phổ biến nhất cho mô phỏng sinh học phân tử. Sau
hơn một thập kỷ sử dụng và thử nghiệm rộng rãi, những hạn chế trong trường lực
này, chẳng hạn như sự ổn định quá mức của α-helix, đã được chúng tôi và các nhà
nghiên cứu khác báo cáo. Điều này dẫn đến một số nỗ lực cải thiện các tham số
này, tạo...
Gập protein và kết hợp: Những hiểu biết từ các đặc tính giao diện và nhiệt động học của hợp chất hydrocarbon Dịch bởi AI
Tập 11 Số 4 - Trang 281-296 - 1991
Tóm tắtChúng tôi chứng minh trong công trình này rằng độ căng bề mặt, năng lượng
chuyển giao giữa nước và dung môi hữu cơ, cùng với nhiệt động học của sự tan
chảy của các hiđrocacbon mạch thẳng cung cấp những hiểu biết cơ bản về các lực
phi cực thúc đẩy quá trình gập protein và các phản ứng liên kết protein. Đầu
tiên, chúng tôi phát triển một mô hình cho sự phụ thuộc của hiệu ứng kỵ nước vào
độ co...
Cải tiến thế năng xoắn của chuỗi bên cho lĩnh vực lực protein Amber ff99SB Dịch bởi AI
Tập 78 Số 8 - Trang 1950-1958 - 2010
Tóm tắtCác tiến bộ gần đây trong phần cứng và phần mềm đã cho phép những mô
phỏng động lực học phân tử (MD) ngày càng dài của các phân tử sinh học, làm lộ
ra những hạn chế nhất định về độ chính xác của các trường lực được sử dụng cho
những mô phỏng này và thúc đẩy nỗ lực cải thiện các trường lực này. Ví dụ, những
sửa đổi gần đây đối với các trường lực protein Amber và CHARMM đã cải thiện các
tiềm ...
Xác thực cấu trúc bằng hình học Cα: độ lệch ϕ,ψ và Cβ Dịch bởi AI
Tập 50 Số 3 - Trang 437-450 - 2003
Tóm tắtXác thực hình học xung quanh nguyên tử Cα được mô tả, với một phép đo Cβ
mới và biểu đồ Ramachandran cập nhật. Độ lệch của nguyên tử Cβ quan sát được so
với vị trí lý tưởng cung cấp một phép đo duy nhất bao hàm thông tin chính về xác
thực cấu trúc chứa trong biến dạng góc nối. Độ lệch Cβ nhạy cảm với sự không
tương thích giữa các chuỗi bên và khung chính do sự không vừa vặn của các cấu
hình...
Động lực học thiết yếu của protein Dịch bởi AI
Tập 17 Số 4 - Trang 412-425 - 1993
Tóm tắtPhân tích các mô phỏng động lực học phân tử mở rộng (MD) của lysozyme
trong môi trường chân không và trong dung dịch nước cho thấy có khả năng phân
tách không gian cấu hình thành hai không gian con: (1) một không gian “cần
thiết” chỉ chứa một vài bậc tự do trong đó có chuyển động không hồi tiếp xảy ra
và bao gồm hầu hết các dao động vị trí; và (2) không gian còn lại trong đó
chuyển động có ...
Gán cấu trúc thứ cấp protein dựa trên tri thức Dịch bởi AI
Tập 23 Số 4 - Trang 566-579 - 1995
Tóm tắtChúng tôi đã phát triển một thuật toán tự động STRIDE để gán cấu trúc thứ
cấp protein từ các tọa độ nguyên tử dựa trên việc sử dụng kết hợp năng lượng
liên kết hydro và thông tin góc xoay thân được suy ra từ thống kê. Các tham số
của quy trình nhận dạng mẫu đã được tối ưu hóa bằng cách sử dụng các chỉ định do
các nhà tinh thể học cung cấp như một tiêu chuẩn tham chiếu. So sánh với kỹ
thuật ...
Một phương pháp tiếp cận theo cấp bậc để dự đoán vòng xoắn protein toàn nguyên tử Dịch bởi AI
Tập 55 Số 2 - Trang 351-367 - 2004
Tóm tắtViệc áp dụng các trường lực toàn nguyên tử (và các mô hình dung môi rõ
ràng hoặc ngụy trang) vào các nhiệm vụ dự đoán mô hình đồng đẳng protein như dự
đoán chuỗi bên và vòng xoắn vẫn còn thách thức cả do chi phí tính toán năng
lượng từng cá nhân và do sự khó khăn trong việc lấy mẫu bề mặt năng lượng toàn
nguyên tử gồ ghề. Tại đây, chúng tôi giải quyết thách thức này cho vấn đề dự
đoán vòng ...
Nhận diện sai sót trong các cấu trúc ba chiều của protein Dịch bởi AI
Tập 17 Số 4 - Trang 355-362 - 1993
Tóm tắtMột vấn đề lớn trong việc xác định cấu trúc ba chiều của protein liên
quan đến chất lượng của các mô hình cấu trúc thu được từ việc diễn giải dữ liệu
thực nghiệm. Những phát triển mới trong tinh thể học tia X và phổ hạt nhân từ
tính đã thúc đẩy quá trình xác định cấu trúc và cộng đồng sinh học đang phải đối
mặt với một số lượng ngày càng tăng của các dạng protein được xác định thực
nghiệm. ...
Hàm điểm cho đánh giá tự động chất lượng mẫu cấu trúc protein Dịch bởi AI
Tập 57 Số 4 - Trang 702-710 - 2004
Tóm tắtChúng tôi đã phát triển một hàm điểm mới, gọi là điểm mô hình mẫu
(TM‐score), để đánh giá chất lượng của các mẫu cấu trúc protein và các mô hình
toàn đoạn được dự đoán bằng cách mở rộng các phương pháp đã sử dụng trong bài
kiểm tra khoảng cách toàn cầu (GDT)1 và MaxSub.2 Đầu tiên, một thang độ phụ
thuộc kích thước protein được khai thác để loại bỏ sự phụ thuộc kích thước
protein vốn có của ...
Cấu trúc và động lực học của sự liên kết ligand với protein: Escherichia coli dihydrofolate reductase-trimethoprim, một hệ thống thuốc-receptor Dịch bởi AI
Tập 4 Số 1 - Trang 31-47 - 1988
Tóm tắtMột nghiên cứu về sự liên kết của chất kháng khuẩn trimethoprim với
Escherichia coli dihydrofolate reductase đã được thực hiện bằng cách sử dụng các
kỹ thuật tối thiểu hóa năng lượng với cả hai trường lực vanh toàn phần và trường
lực nguyên tử thống nhất. Các tiêu chí hội tụ đảm bảo rằng không có thay đổi cấu
trúc hoặc năng lượng đáng kể nào xảy ra với việc tối thiểu hóa thêm. Các độ lệch
c...