The effects of truncating long‐range forces on protein dynamicsProteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 6 Số 1 - Trang 32-45 - 1989
Richard J. Loncharich, Bernard R. Brooks
AbstractThis paper considers the effects of truncating long‐range forces on protein dynamics. Six methods of truncation that we investigate as a function of cutoff criterion of the long‐range potentials are (1) a shifted potential; (2) a switching function; (3) simple atom–atom truncation based on distance; (4) simple atom–atom truncation based on a list which is u...... hiện toàn bộ
Conserved residue clustering and protein structure predictionProteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 52 Số 2 - Trang 225-235 - 2003
Ora Schueler‐Furman, David Baker
AbstractProtein residues that are critical for structure and function are expected to be conserved throughout evolution. Here, we investigate the extent to which these conserved residues are clustered in three‐dimensional protein structures. In 92% of the proteins in a data set of 79 proteins, the most conserved positions in multiple sequence alignments are signifi...... hiện toàn bộ
Xếp chồng một cơ sở dữ liệu các lõi protein Dịch bởi AI Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 23 Số 3 - Trang 356-369 - 1995
Thomas Madej, Jean‐François Gibrat, Stephen H. Bryant
Tóm tắtChúng tôi trình bày một phân tích về 10 dự đoán mù được chuẩn bị cho một hội nghị gần đây, “Đánh giá cơ bản các kỹ thuật dự đoán cấu trúc protein.”1 Các chuỗi của những protein này không có sự tương đồng dễ phát hiện với bất kỳ protein nào trong cơ sở dữ liệu cấu trúc khi đó còn tồn tại, nhưng chúng tôi đã cố gắng sử dụng phương pháp xếp...... hiện toàn bộ
Đánh giá mô hình đồng hình của Protease HIV Dịch bởi AI Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 7 Số 2 - Trang 172-184 - 1990
Irene T. Weber
Tóm tắtMô hình protease của virus gây suy giảm miễn dịch ở người (HIV-1) dựa trên cấu trúc tinh thể của protease virus Rous sarcoma (RSV) đã được so sánh với cấu trúc tinh thể gần đây được xác định của protease HIV-1 tổng hợp hóa học. Sự khác biệt tổng thể giữa mô hình và cấu trúc tinh thể là 1,4 Å độ lệch bình phương (rms) cho 86 nguyên tử Cα được chồng lên nhau. ...... hiện toàn bộ
A topology‐constrained distance network algorithm for protein structure determination from NOESY dataProteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 62 Số 3 - Trang 587-603 - 2006
Yuanpeng J. Huang, Roberto Tejero, Robert Powers, G.T. Montelione
AbstractThis article formulates the multidimensional nuclear Overhauser effect spectroscopy (NOESY) interpretation problem using graph theory and presents a novel, bottom‐up, topology‐constrained distance network analysis algorithm for NOESY cross peak interpretation using assigned resonances. AutoStructure is a software suite that implements this topology‐constrai...... hiện toàn bộ