Proteins: Structure, Function and Bioinformatics

Công bố khoa học tiêu biểu

* Dữ liệu chỉ mang tính chất tham khảo

Sắp xếp:  
An all‐atom structure‐based potential for proteins: Bridging minimal models with all‐atom empirical forcefields
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 75 Số 2 - Trang 430-441 - 2009
Paul C. Whitford, Jeffrey K. Noel, Shachi Gosavi, Alexander Schug, Karissa Y. Sanbonmatsu, José N. Onuchic
AbstractProtein dynamics take place on many time and length scales. Coarse‐grained structure‐based$ {\bf (G{\overline o})} $ hiện toàn bộ
Crystal structure of BinB: A receptor binding component of the binary toxin from Lysinibacillus sphaericus
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 82 Số 10 - Trang 2703-2712 - 2014
Kanokporn Srisucharitpanit, Min Yao, Boonhiang Promdonkoy, Sarin Chimnaronk, Isao Tanaka, Panadda Boonserm
The effects of truncating long‐range forces on protein dynamics
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 6 Số 1 - Trang 32-45 - 1989
Richard J. Loncharich, Bernard R. Brooks
AbstractThis paper considers the effects of truncating long‐range forces on protein dynamics. Six methods of truncation that we investigate as a function of cutoff criterion of the long‐range potentials are (1) a shifted potential; (2) a switching function; (3) simple atom–atom truncation based on distance; (4) simple atom–atom truncation based on a list which is u...... hiện toàn bộ
Conserved residue clustering and protein structure prediction
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 52 Số 2 - Trang 225-235 - 2003
Ora Schueler‐Furman, David Baker
AbstractProtein residues that are critical for structure and function are expected to be conserved throughout evolution. Here, we investigate the extent to which these conserved residues are clustered in three‐dimensional protein structures. In 92% of the proteins in a data set of 79 proteins, the most conserved positions in multiple sequence alignments are signifi...... hiện toàn bộ
Xếp chồng một cơ sở dữ liệu các lõi protein Dịch bởi AI
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 23 Số 3 - Trang 356-369 - 1995
Thomas Madej, Jean‐François Gibrat, Stephen H. Bryant
Tóm tắtChúng tôi trình bày một phân tích về 10 dự đoán mù được chuẩn bị cho một hội nghị gần đây, “Đánh giá cơ bản các kỹ thuật dự đoán cấu trúc protein.”1 Các chuỗi của những protein này không có sự tương đồng dễ phát hiện với bất kỳ protein nào trong cơ sở dữ liệu cấu trúc khi đó còn tồn tại, nhưng chúng tôi đã cố gắng sử dụng phương pháp xếp...... hiện toàn bộ
Đánh giá mô hình đồng hình của Protease HIV Dịch bởi AI
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 7 Số 2 - Trang 172-184 - 1990
Irene T. Weber
Tóm tắtMô hình protease của virus gây suy giảm miễn dịch ở người (HIV-1) dựa trên cấu trúc tinh thể của protease virus Rous sarcoma (RSV) đã được so sánh với cấu trúc tinh thể gần đây được xác định của protease HIV-1 tổng hợp hóa học. Sự khác biệt tổng thể giữa mô hình và cấu trúc tinh thể là 1,4 Å độ lệch bình phương (rms) cho 86 nguyên tử Cα được chồng lên nhau. ...... hiện toàn bộ
Mối tương quan yếu giữa khả năng dự đoán của các kiểu trình tự riêng lẻ và độ chính xác dự đoán tổng thể trong protein Dịch bởi AI
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 9 Số 1 - Trang 69-78 - 1991
Marianne Rooman, Shoshana J. Wodak
Tóm tắtCác mẫu về tính chất axit amin (cực, kỵ nước, v.v.) đặc trưng cho các mô hình cấu trúc bậc hai được rút ra từ một cơ sở dữ liệu chứa 75 cấu trúc protein, với mục tiêu vượt qua các hạn chế do kích thước cơ sở dữ liệu gây ra nhằm tăng điểm dự đoán cấu trúc. Nhiều liên kết trình tự-cấu trúc như vậy có sức mạnh dự đoán nội tại cao được tìm thấy, và đúng 78% tron...... hiện toàn bộ
Structural and functional analysis of a novel hormone‐sensitive lipase from a metagenome library
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 74 Số 4 - Trang 1036-1040 - 2009
Ki Hyun Nam, Minyoung Kim, Soo‐Jin Kim, Amit Priyadarshi, Suk‐Tae Kwon, Bon‐Sung Koo, Sang‐Hong Yoon, Kwang Yeon Hwang
A topology‐constrained distance network algorithm for protein structure determination from NOESY data
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 62 Số 3 - Trang 587-603 - 2006
Yuanpeng J. Huang, Roberto Tejero, Robert Powers, G.T. Montelione
AbstractThis article formulates the multidimensional nuclear Overhauser effect spectroscopy (NOESY) interpretation problem using graph theory and presents a novel, bottom‐up, topology‐constrained distance network analysis algorithm for NOESY cross peak interpretation using assigned resonances. AutoStructure is a software suite that implements this topology‐constrai...... hiện toàn bộ
Intrinsic secondary structure propensities of the amino acids, using statistical ϕ–ψ matrices: Comparison with experimental scales
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 20 Số 4 - Trang 301-311 - 1994
Víctor Muñoz, Luís Serrano
AbstractToday there are several different experimental scales for the intrinsic α‐helix as well as β‐strand, propensities of the 20 amino acids obtained from the thermodynamic analysis of various model systems. These scales do not compare well with those extracted from statistical analysis of three‐dimensional structure databases. Possible explanations for this cou...... hiện toàn bộ
Tổng số: 161   
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • 6
  • 10