Proteins: Structure, Function and Bioinformatics

Công bố khoa học tiêu biểu

* Dữ liệu chỉ mang tính chất tham khảo

Sắp xếp:  
An all‐atom structure‐based potential for proteins: Bridging minimal models with all‐atom empirical forcefields
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 75 Số 2 - Trang 430-441 - 2009
Paul C. Whitford, Jeffrey K. Noel, Shachi Gosavi, Alexander Schug, Karissa Y. Sanbonmatsu, José N. Onuchic
AbstractProtein dynamics take place on many time and length scales. Coarse‐grained structure‐based$ {\bf (G{\overline o})} $ hiện toàn bộ
Computational approaches to study protein unfolding: Hen egg white lysozyme as a case study
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 21 Số 3 - Trang 196-213 - 1995
Philippe H. Hünenberger, Alan E. Mark, Wilfred F. van Gunsteren
AbstractFour methods are compared to drive the unfolding of a protein: (1) high temperature (T‐run), (2) high pressure (P‐run), (3) by imposing a gradual increase in the mean radius of the protein using a penalty function added to the physical interaction function (F‐run, radial force driven unfolding), and (4) by weak coupling of the difference between the tempera...... hiện toàn bộ
Structure and internal dynamics of the bovine pancreatic trypsin inhibitor in aqueous solution from long‐time molecular dynamics simulations
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 23 Số 1 - Trang 49-62 - 1995
Roger M. Brunne, Kurt D. Berndt, Peter Güntert, Kurt Wüthrich, Wilfred F. van Gunsteren
AbstractStructural and dynamic properties of bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) in aqueous solution are investigated using two molecular dynamics (MD) simulations: one of 1.4 ns length and one of 0.8 ns length in which atom‐atom distance bounds derived from NMR spectroscopy are included in the potential energy function to make the trajectory satisfy these e...... hiện toàn bộ
Crystal structure of BinB: A receptor binding component of the binary toxin from Lysinibacillus sphaericus
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 82 Số 10 - Trang 2703-2712 - 2014
Kanokporn Srisucharitpanit, Min Yao, Boonhiang Promdonkoy, Sarin Chimnaronk, Isao Tanaka, Panadda Boonserm
The effects of truncating long‐range forces on protein dynamics
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 6 Số 1 - Trang 32-45 - 1989
Richard J. Loncharich, Bernard R. Brooks
AbstractThis paper considers the effects of truncating long‐range forces on protein dynamics. Six methods of truncation that we investigate as a function of cutoff criterion of the long‐range potentials are (1) a shifted potential; (2) a switching function; (3) simple atom–atom truncation based on distance; (4) simple atom–atom truncation based on a list which is u...... hiện toàn bộ
Conserved residue clustering and protein structure prediction
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 52 Số 2 - Trang 225-235 - 2003
Ora Schueler‐Furman, David Baker
AbstractProtein residues that are critical for structure and function are expected to be conserved throughout evolution. Here, we investigate the extent to which these conserved residues are clustered in three‐dimensional protein structures. In 92% of the proteins in a data set of 79 proteins, the most conserved positions in multiple sequence alignments are signifi...... hiện toàn bộ
Xếp chồng một cơ sở dữ liệu các lõi protein Dịch bởi AI
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 23 Số 3 - Trang 356-369 - 1995
Thomas Madej, Jean‐François Gibrat, Stephen H. Bryant
Tóm tắtChúng tôi trình bày một phân tích về 10 dự đoán mù được chuẩn bị cho một hội nghị gần đây, “Đánh giá cơ bản các kỹ thuật dự đoán cấu trúc protein.”1 Các chuỗi của những protein này không có sự tương đồng dễ phát hiện với bất kỳ protein nào trong cơ sở dữ liệu cấu trúc khi đó còn tồn tại, nhưng chúng tôi đã cố gắng sử dụng phương pháp xếp...... hiện toàn bộ
Dự đoán và xác định nhanh các giá trị pKa cho các phức hợp protein–ligand Dịch bởi AI
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 73 Số 3 - Trang 765-783 - 2008
Delphine Bas, David M. Rogers, Jan H. Jensen
Tóm tắtPhương pháp PROPKA để dự đoán các giá trị pKa của các dư lượng có khả năng ion hóa trong protein đã được mở rộng để bao gồm ảnh hưởng của các ligand không phải protein đối với các giá trị pKa của protein cũng như dự đoán sự thay đổi của các giá trị pK...... hiện toàn bộ
Đánh giá mô hình đồng hình của Protease HIV Dịch bởi AI
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 7 Số 2 - Trang 172-184 - 1990
Irene T. Weber
Tóm tắtMô hình protease của virus gây suy giảm miễn dịch ở người (HIV-1) dựa trên cấu trúc tinh thể của protease virus Rous sarcoma (RSV) đã được so sánh với cấu trúc tinh thể gần đây được xác định của protease HIV-1 tổng hợp hóa học. Sự khác biệt tổng thể giữa mô hình và cấu trúc tinh thể là 1,4 Å độ lệch bình phương (rms) cho 86 nguyên tử Cα được chồng lên nhau. ...... hiện toàn bộ
HERA—Một chương trình vẽ sơ đồ cấu trúc thứ cấp của protein Dịch bởi AI
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 8 Số 3 - Trang 203-212 - 1990
E. Gail Hutchinson, Janet M. Thornton
Tóm tắtChương trình được mô tả ở đây cho phép tạo ra các sơ đồ liên kết hydro của cấu trúc protein và tùy chọn vẽ vòng xoắn cũng như lưới xoắn. Chương trình cũng có thể được sử dụng đơn giản để tính toán các kết nối của các sợi β và tự động trích xuất các mô hình cấu trúc đơn giản như kẹp tóc hay chìa khóa Hy Lạp. Chương trình giúp giảm thiểu đáng kể nỗ lực cần thi...... hiện toàn bộ
Tổng số: 161   
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • 6
  • 10