Cấu trúc và động lực học của sự liên kết ligand với protein: Escherichia coli dihydrofolate reductase-trimethoprim, một hệ thống thuốc-receptor
Tóm tắt
Một nghiên cứu về sự liên kết của chất kháng khuẩn trimethoprim với
Cuối cùng, động lực học của sự liên kết ligand đã được phân tích cho các tọa độ tối thiểu hóa nguyên tử toàn phần. Năng lượng ứng suất phát sinh trong ligand, sự mất mát Entropy tương ứng do sự dịch chuyển trong tần số hài hòa, và vai trò của các dư lượng cụ thể trong việc liên kết ligand đã được xem xét. Các phân tử nước, ngay cả những phân tử không tiếp xúc trực tiếp với ligand, được phát hiện có năng lượng tương tác đáng kể với ligand. Do đó, việc bao gồm ít nhất một lớp nước có thể rất quan trọng cho việc mô phỏng chính xác các phức hợp enzyme.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Blakley R. L., 1969, The Biochemistry of Folic Acid and Related Pteridines
Friedkin M., 1973, Thymidylate synthetase, Adv. Enzymol., 38, 235
Burchall J., 1965, Inhibitors binding analysis of dihydrofolate reductases from various species, Mol. Pharmacol., 1, 126
Baker B. R., 1970, Medicinal Chemistry, 196
Huennekens F. M., 1976, Dihydrofolate reductase, Methods Cancer Res., 13, 199
Mathews D. A., 1985, Refined crystal structures of Escherichia coli and chicken liver dihydrofolate reducatase containing bound trimethoprim, J. Biol. Chem., 260, 381, 10.1016/S0021-9258(18)89743-5
Matthews D. A., 1978, Dihydrofolate reductase from Lactobacillus casei: X‐ray structure of the enzyme methotrexate NADPH complex, J. Biol. Chem., 253, 6946, 10.1016/S0021-9258(17)38012-2
Mathews D. A., 1979, Dihydrofolate reductase from Lactobacillus casei: stereochemistry of NADPH binding, J. Biol. Chem., 254, 4144, 10.1016/S0021-9258(18)50708-0
Volz K. W., 1982, Crystal structure of avian dihydrofolate reductase containing phenyltriazine and NADPH, J. Biol. Chem., 257, 2528, 10.1016/S0021-9258(18)34956-1
Bolin J. T., 1982, Crystal structure of E. coli and L casei dihydrofolate reductase refined at 1.7 Å resolution. I. General features and binding of methotrexate, J. Biol. Chem., 257, 13650, 10.1016/S0021-9258(18)33497-5
Filman D. J., 1982, Crystal structure of E. coli and L. casei dihydrofolate reductase refined at 1.7 Å resolution for catalysis, J. Biol. Chem., 257, 13663, 10.1016/S0021-9258(18)33498-7
Hagler A. T. Theoretical simulation of conformation energetic and dynamics of peptides in conformation in biology & drug design. “The Peptides in conformation in biology & drug design. The Peptides.” Vol. 7. Hruby V. J. Meienhofer J. eds.1985:213–299.
Dauber‐Osguthorpe P. Osguthorpe D. J. Wolff J. Hagler A. T. Derivation of a valence force field for peptides and proteins. in preparation.
Hill T. L. An Introduction to Statistical Thermodynamics. Reading MA: Addison‐Wesley 1960.
Schlegel H. B., 1981, Models for the binding of methotrexate to Escherichia coli dihydrofolate reductase. Direct effect of carboxylate of ASP 27 Upon UV spectrum of methotrexate, Mol Pharmacol., 20, 154
Dauber‐Osguthorpe P. Roberts V. A. Osguthorpe D. J. Wolff J. Hagler A. T. Unpublished results.