Nhận diện sai sót trong các cấu trúc ba chiều của protein

Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 17 Số 4 - Trang 355-362 - 1993
Manfred J. Sippl1
1Center for Applied Molecular Engineering, Institute for Chemistry and Biochemistry, University of Salzburg, A‐5020 Salzburg, Austria

Tóm tắt

Tóm tắtMột vấn đề lớn trong việc xác định cấu trúc ba chiều của protein liên quan đến chất lượng của các mô hình cấu trúc thu được từ việc diễn giải dữ liệu thực nghiệm. Những phát triển mới trong tinh thể học tia X và phổ hạt nhân từ tính đã thúc đẩy quá trình xác định cấu trúc và cộng đồng sinh học đang phải đối mặt với một số lượng ngày càng tăng của các dạng protein được xác định thực nghiệm. Tuy nhiên, trong quá khứ gần đây, một số cấu trúc protein được xác định thực nghiệm đã được chứng minh là chứa những sai sót lớn, cho thấy rằng trong một số trường hợp, việc diễn giải dữ liệu thực nghiệm là khó khăn và có thể dẫn đến các mô hình không chính xác. Những vấn đề như vậy có thể được tránh khi sử dụng các phương pháp tính toán bổ sung cho các xác định cấu trúc thực nghiệm. Một yêu cầu tiên quyết của các công cụ tính toán như vậy là chúng độc lập với các thông số thu được từ một thí nghiệm cụ thể. Ngoài ra, các kỹ thuật như vậy có khả năng hỗ trợ và tăng tốc các xác định cấu trúc thực nghiệm. Ở đây, chúng tôi trình bày các kỹ thuật dựa trên các trường có kiến thức, có thể được sử dụng để đánh giá chất lượng của các dạng protein. Các phương pháp này có thể được sử dụng để xác định các cấu trúc gập sai cũng như các phần khuyết điểm của các mô hình cấu trúc. Các kỹ thuật này thậm chí có thể áp dụng trong trường hợp chỉ có vết Cα của một dạng protein có sẵn. Các khả năng của kỹ thuật được chứng minh bằng cách sử dụng các dạng protein đúng và sai. © 1993 Wiley‐Liss, Inc.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1038/343687a0

10.1016/0300-9084(90)90153-8

10.1038/356083a0

10.1016/S0022-2836(77)80200-3

10.1016/S0022-2836(05)80269-4

10.1016/S0022-2836(05)80068-3

10.1002/prot.340130308

10.1002/pro.5560010509

10.1016/0022-2836(92)90556-Y

10.1007/BF02337562

Sippl M. J. Jaritz M.Predicitive power of mean force pair potentials.J. Mol. Biol.1993 submitted.

10.1016/S0022-2836(83)80065-5

10.1111/j.1432-1033.1991.tb16382.x

Kelly J. A., 1985, 2.8 Å structure of penicillin‐sensitive D‐alanyl carboxypeptidase‐transpeptidase from Streptomyces R61 and complexes with β‐lactams, J. Biol. Chem., 260, 6449, 10.1016/S0021-9258(18)88993-1

10.1073/pnas.82.5.1406

10.1016/0022-2836(92)90873-I

10.1016/0022-2836(84)90049-4

Thông tin
Thông tin xuất bản

Proteins: Structure, Function and Bioinformatics

Tập 17 Số 4

355-362

Thông tin tác giả