Journal of Clinical Microbiology

Một chỉ số định lượng về khả năng phân biệt của các phương pháp phân loại được miêu tả, dựa trên khả năng hai chủng không liên quan nào đó được xác định là cùng loại. Chỉ số này có thể được sử dụng để so sánh các phương pháp phân loại và chọn ra hệ thống có khả năng phân biệt tốt nhất.

Một phương pháp phân loại gen nội qua nhiều điểm (MLST) đã được phát triển cho Staphylococcus aureus. Các trình tự của các đoạn gen nội nhà ở của bảy gen đã được lấy cho 155 phân lập S. aureus từ các bệnh nhân mắc các bệnh xâm lấn mắc phải cộng đồng và bệnh viện tại vùng Oxford, Vương quốc Anh. Năm mươi ba hồ sơ kiểu hình khác nhau đã được xác định, và 17 trong số này được đại diện bởi ít nhất hai phân lập. Phương pháp MLST có tính phân biệt cao và được xác nhận bằng cách chỉ ra rằng các cặp phân lập có hồ sơ kiểu hình giống nhau tạo ra các mẫu mảnh phân cách theo cách điện di trường xung nhịp rất tương tự. Các phân lập 22 có hồ sơ kiểu hình phổ biến nhất đều là các phân lập S. aureus kháng methicillin (MRSA) và có các hồ sơ kiểu hình giống hệt với một chủng tham khảo của dòng MRSA dịch bệnh 16 (EMRSA-16). Bốn phân lập MRSA có kiểu hình cũng giống như dòng MRSA dịch bệnh chính khác phổ biến trong các bệnh viện Anh (dòng EMRSA-15) cũng đã được xác định. Phần lớn các phân lập (81%) là các phân lập S. aureus không kháng methicillin (MSSA), và bảy dòng MSSA bao gồm năm hoặc nhiều hơn phân lập. Ba dòng MSSA bao gồm ít nhất năm phân lập từ các bệnh nhân mắc các bệnh xâm lấn mắc phải cộng đồng và có thể đại diện cho các dòng độc lực với khả năng gây bệnh tăng lên ở những cá nhân bình thường khỏe mạnh. Dòng MSSA phổ biến nhất (17 phân lập) có liên quan rất gần đến EMRSA-16, và sự thành công của dòng sau trong việc gây bệnh tại bệnh viện có thể do sự nổi lên từ một dòng MSSA độc lực đã là nguyên nhân chính của bệnh xâm lấn trong cả cộng đồng và bệnh viện. MLST cung cấp một phương pháp không mơ hồ để chỉ định các phân lập MRSA và MSSA vào các dòng đã biết hoặc chỉ định chúng như là các dòng mới qua Internet.

More than 700 bacterial species or phylotypes, of which over 50% have not been cultivated, have been detected in the oral cavity. Our purposes were (i) to utilize culture-independent molecular techniques to extend our knowledge on the breadth of bacterial diversity in the healthy human oral cavity, including not-yet-cultivated bacteria species, and (ii) to determine the site and subject specificity of bacterial colonization. Nine sites from five clinically healthy subjects were analyzed. Sites included tongue dorsum, lateral sides of tongue, buccal epithelium, hard palate, soft palate, supragingival plaque of tooth surfaces, subgingival plaque, maxillary anterior vestibule, and tonsils. 16S rRNA genes from sample DNA were amplified, cloned, and transformed into Escherichia coli . Sequences of 16S rRNA genes were used to determine species identity or closest relatives. In 2,589 clones, 141 predominant species were detected, of which over 60% have not been cultivated. Thirteen new phylotypes were identified. Species common to all sites belonged to the genera Gemella , Granulicatella , Streptococcus , and Veillonella . While some species were subject specific and detected in most sites, other species were site specific. Most sites possessed 20 to 30 different predominant species, and the number of predominant species from all nine sites per individual ranged from 34 to 72. Species typically associated with periodontitis and caries were not detected. There is a distinctive predominant bacterial flora of the healthy oral cavity that is highly diverse and site and subject specific. It is important to fully define the human microflora of the healthy oral cavity before we can understand the role of bacteria in oral disease.

Widespread use of DNA restriction fragment length polymorphism (RFLP) to differentiate strains of Mycobacterium tuberculosis to monitor the transmission of tuberculosis has been hampered by the need to culture this slow-growing organism and by the level of technical sophistication needed for RFLP typing. We have developed a simple method which allows simultaneous detection and typing of M. tuberculosis in clinical specimens and reduces the time between suspicion of the disease and typing from 1 or several months to 1 or 3 days. The method is based on polymorphism of the chromosomal DR locus, which contains a variable number of short direct repeats interspersed with nonrepetitive spacers. The method is referred to as spacer oligotyping or "spoligotyping" because it is based on strain-dependent hybridization patterns of in vitro-amplified DNA with multiple spacer oligonucleotides. Most of the clinical isolates tested showed unique hybridization patterns, whereas outbreak strains shared the same spoligotype. The types obtained from direct examination of clinical samples were identical to those obtained by using DNA from cultured M. tuberculosis. This novel preliminary study shows that the novel method may be a useful tool for rapid disclosure of linked outbreak cases in a community, in hospitals, or in other institutions and for monitoring of transmission of multidrug-resistant M. tuberculosis. Unexpectedly, spoligotyping was found to differentiate M. bovis from M. tuberculosis, a distinction which is often difficult to make by traditional methods.

DNA fingerprinting of Mycobacterium tuberculosis has been shown to be a powerful epidemiologic tool. We propose a standardized technique which exploits variability in both the number and genomic position of IS6110 to generate strain-specific patterns. General use of this technique will permit comparison of results between different laboratories. Such comparisons will facilitate investigations into the international transmission of tuberculosis and may identify specific strains with unique properties such as high infectivity, virulence, or drug resistance.

The adherence of coagulase-negative staphylococci to smooth surfaces was assayed by measuring the optical densities of stained bacterial films adherent to the floors of plastic tissue culture plates. The optical densities correlated with the weight of the adherent bacterial film (r = 0.906; P less than 0.01). The measurements also agreed with visual assessments of bacterial adherence to culture tubes, microtiter plates, and tissue culture plates. Selected clinical strains were passed through a mouse model for foreign body infections and a rat model for catheter-induced endocarditis. The adherence measurements of animal passed strains remained the same as those of the laboratory-maintained parent strain. Spectrophotometric classification of coagulase-negative staphylococci into nonadherent and adherent categories according to these measurements had a sensitivity, specificity, and accuracy of 90.6, 80.8, and 88.4%, respectively. We examined a previously described collection of 127 strains of coagulase-negative staphylococci isolated from an outbreak of intravascular catheter-associated sepsis; strains associated with sepsis were more adherent than blood culture contaminants and cutaneous strains (P less than 0.001). We also examined a collection of 84 strains isolated from pediatric patients with cerebrospinal fluid (CSF) shunts; once again, pathogenic strains were more adherent than were CSF contaminants (P less than 0.01). Finally, we measured the adherence of seven endocarditis strains. As opposed to strains associated with intravascular catheters and CSF shunts, endocarditis strains were less adherent than were saprophytic strains of coagulase-negative staphylococci. The optical densities of bacterial films adherent to plastic tissue culture plates serve as a quantitative model for the study of the adherence of coagulase-negative staphylococci to medical devices, a process which may be important in the pathogenesis of foreign body infections.

Chúng tôi báo cáo về việc phát triển và ứng dụng của một phương pháp kiểm tra nhanh để phát hiện và phân loại virus dengue. Các mồi oligonucleotide đồng thuận đã được thiết kế để gắn kết với bất kỳ trong bốn loại virus dengue nào và khuếch đại một sản phẩm 511-bp trong một phản ứng chuỗi polymerase sao chép ngược (PCR). Đầu tiên, chúng tôi đã tạo ra một bản sao cDNA của một phần của bộ gen virus trong một phản ứng sao chép ngược với sự hiện diện của mồi D2 và sau đó thực hiện một PCR tiêu chuẩn (35 chu kỳ biến tính nhiệt, gắn kết và kéo dài mồi) với sự bổ sung của mồi D1. Sản phẩm DNA sợi kép kết quả từ RT-PCR đã được phân loại bằng hai phương pháp: lai chấm của sản phẩm 511-bp đã được khuếch đại với các đầu dò đặc thù loại virus dengue hoặc một đợt PCR khuếch đại thứ hai (PCR lồng) với các mồi đặc thù theo loại, tạo ra sản phẩm DNA có kích thước duy nhất chẩn đoán được cho từng kiểu huyết thanh của virus dengue. Dữ liệu tích lũy đã cho thấy rằng virus dengue có thể được phát hiện và phân loại chính xác từ các mẫu huyết thanh người đang trong giai đoạn viremia.

Phân đoạn gen rotavirus mã hóa glycoprotein chính lớp vỏ capsid ngoài VP7 đã được khuếch đại trực tiếp từ mẫu phân bằng phản ứng chuỗi polymerase (PCR). RNA hai sợi được chiết xuất từ mẫu phân đã được sử dụng làm khuôn mẫu cho phiên mã ngược, sau đó tiếp diễn trong cùng một hỗn hợp phản ứng với sự khuếch đại, sử dụng polymerase Taq. Nhiều điều kiện khác nhau đã được kiểm tra để tối ưu hóa sản lượng gen được khuếch đại. Nồng độ MgCl2, dimethyl sulfoxide, và RNA khuôn mẫu là các yếu tố quan trọng. Việc lựa chọn cặp mồi cho phép khuếch đại toàn bộ phân đoạn hoặc các phần cụ thể. Bằng cách sử dụng các mồi đặc hiệu kiểu loại có nguồn gốc từ các vùng khác nhau trên gen, chúng tôi đã phát triển một phương pháp định kiểu PCR mà mỗi kiểu huyết thanh virus của người tạo ra một kích thước phân đoạn đặc trưng, dễ nhận biết trong gel agarose. Phương pháp định kiểu PCR đã được áp dụng cho 10 chủng chuẩn rotavirus, bao gồm tất cả 6 kiểu huyết thanh của người đã biết (kiểu huyết thanh 1, 2, 3, 4, 8 và 9), và cho 34 mẫu phân đã được định kiểu huyết thanh trước đó bằng phương pháp xét nghiệm miễn dịch enzyme với kháng thể đơn dòng. Có sự tương quan tuyệt đối giữa các phương pháp sinh học phân tử và huyết thanh học. Ngoài ra, 14 mẫu phân không thể phân định kiểu huyết thanh bằng xét nghiệm miễn dịch enzyme với kháng thể đơn dòng có thể được phân định kiểu bằng phương pháp PCR. Ngoài ứng dụng cho việc phát hiện và định kiểu rotavirus trực tiếp từ phân, phương pháp PCR cung cấp một phương tiện nhanh chóng và hiệu quả để thu được số lượng lớn cDNA thích hợp cho việc giải trình tự, nhân bản và các nghiên cứu di truyền khác, không cần thiết phải nuôi cấy tế bào và tinh sạch virus.