Journal of Clinical Microbiology
Công bố khoa học tiêu biểu
* Dữ liệu chỉ mang tính chất tham khảo
Sắp xếp:
Comparative Performance of SARS-CoV-2 Detection Assays Using Seven Different Primer-Probe Sets and One Assay Kit Nearly 400,000 people worldwide are known to have been infected with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) beginning in December 2019. The virus has now spread to over 168 countries including the United States, where the first cluster of cases was observed in the Seattle metropolitan area in Washington. Given the rapid increase in the number of cases in many localities, the availability of accurate, high-throughput SARS-CoV-2 testing is vital to efforts to manage the current public health crisis.
Journal of Clinical Microbiology - Tập 58 Số 6 - 2020
Chỉ số định lượng khả năng phân biệt của các hệ thống phân loại: ứng dụng chỉ số đa dạng Simpson Một chỉ số định lượng về khả năng phân biệt của các phương pháp phân loại được miêu tả, dựa trên khả năng hai chủng không liên quan nào đó được xác định là cùng loại. Chỉ số này có thể được sử dụng để so sánh các phương pháp phân loại và chọn ra hệ thống có khả năng phân biệt tốt nhất.
Journal of Clinical Microbiology - Tập 26 Số 11 - Trang 2465-2466 - 1988
#phân loại #khả năng phân biệt #chỉ số Simpson #sự đa dạng #chỉ số định lượng #chủng không liên quan #hệ thống phân loại
Biến thể về độ nhạy với fluconazole và kiểu nhân điện di trong các mẫu Candida albicans từ bệnh nhân AIDS mắc nấm miệng Phân loại phụ DNA bằng phương pháp điện di gel trường xung và kiểm tra tính nhạy cảm in vitro đã được sử dụng để nghiên cứu sự biến đổi chủng loại và độ kháng fluconazole trong các mẫu Candida albicans từ bệnh nhân bị AIDS đang điều trị azole (fluconazole và clotrimazole) cho bệnh nấm miệng. Tổng cộng có 29 bệnh nhân mắc 71 đợt nấm miệng. Nhìn chung, 121 mẫu C. albicans được thu thập trong quá trình điều trị từng nhiễm trùng đã sẵn sàng cho việc phân tích sâu hơn. Phân loại phụ DNA tiết lộ tổng cộng 61 loại phụ DNA khác nhau. Kiểm tra tính nhạy cảm in vitro của 121 mẫu bằng cách sử dụng các phương pháp tiêu chuẩn được đề xuất của Ủy ban Tiêu chuẩn Phòng thí nghiệm Lâm sàng Quốc gia cho thấy MIC của fluconazole dao động từ < hoặc = 0,125 đến > 64 microgram/ml. MIC cho 50% mẫu thử nghiệm là 0,25 microgram/ml, và MIC cho 90% mẫu thử nghiệm là 8,0 microgram/ml. MICs > hoặc = 64 microgram/ml chỉ có ở 7,4% mẫu thử nghiệm. Phần lớn (62%) bệnh nhân mắc nấm miệng và đang dùng azole bị nhiễm hoặc có nhiều hơn một loại phụ DNA, và việc xuất hiện hoặc chọn lọc những chủng có loại phụ DNA kháng cao hơn trong quá trình điều trị fluconazole không phải là hiếm. Ngoại trừ một trường hợp duy nhất, điều này dường như không có ảnh hưởng xấu đến kết quả lâm sàng. Ngược lại, đối với bệnh nhân AIDS và nấm miệng bị nhiễm một loại phụ DNA duy nhất của C. albicans, sự gia tăng MIC fluconazole cho chủng nhiễm bệnh chỉ là hiếm gặp trong suốt quá trình điều trị.
Journal of Clinical Microbiology - Tập 32 Số 1 - Trang 59-64 - 1994
#Candida albicans #AIDS #nấm miệng #fluconazole #điện di gel trường xung #tính nhạy cảm in vitro #độ kháng #genotyping
Phát hiện và phân loại nhanh virus dengue từ mẫu bệnh phẩm lâm sàng bằng phản ứng chuỗi polymerase sao chép ngược Chúng tôi báo cáo về việc phát triển và ứng dụng của một phương pháp kiểm tra nhanh để phát hiện và phân loại virus dengue. Các mồi oligonucleotide đồng thuận đã được thiết kế để gắn kết với bất kỳ trong bốn loại virus dengue nào và khuếch đại một sản phẩm 511-bp trong một phản ứng chuỗi polymerase sao chép ngược (PCR). Đầu tiên, chúng tôi đã tạo ra một bản sao cDNA của một phần của bộ gen virus trong một phản ứng sao chép ngược với sự hiện diện của mồi D2 và sau đó thực hiện một PCR tiêu chuẩn (35 chu kỳ biến tính nhiệt, gắn kết và kéo dài mồi) với sự bổ sung của mồi D1. Sản phẩm DNA sợi kép kết quả từ RT-PCR đã được phân loại bằng hai phương pháp: lai chấm của sản phẩm 511-bp đã được khuếch đại với các đầu dò đặc thù loại virus dengue hoặc một đợt PCR khuếch đại thứ hai (PCR lồng) với các mồi đặc thù theo loại, tạo ra sản phẩm DNA có kích thước duy nhất chẩn đoán được cho từng kiểu huyết thanh của virus dengue. Dữ liệu tích lũy đã cho thấy rằng virus dengue có thể được phát hiện và phân loại chính xác từ các mẫu huyết thanh người đang trong giai đoạn viremia.
Journal of Clinical Microbiology - Tập 30 Số 3 - Trang 545-551 - 1992
#phát hiện nhanh #dengue #PCR #sao chép ngược #phân loại virus #huyết thanh người #viremia
Molecular Epidemiology of the Integron-Located VEB-1 Extended-Spectrum β-Lactamase in Nosocomial Enterobacterial Isolates in Bangkok, Thailand ABSTRACT Over a 2½-month period in 1999, 37 ceftazidime-resistant nonrepetitive enterobacterial isolates were collected from 37 patients in a Bangkok hospital, Thailand. Eighty-one percent of these strains expressed a clavulanic acid-inhibited extended-cephalosporin resistance profile. An identical extended-spectrum β-lactamase (ESBL), VEB-1, was found in 16 unrelated enterobacterial isolates (Escherichia coli ,n = 10;Enterobacter cloacae ,n = 2;Enterobacter sakazakii ,n = 1; andKlebsiella pneumoniae ,n = 3) and in two clonally relatedE. cloacae isolates. Thebla VEB-1 gene was located on mostly self-conjugative plasmids (ca. 24 to 200 kb) that conferred additional non-β-lactam antibiotic resistance patterns. Additionally, thebla VEB-1 gene cassette was part of class 1 integrons varying in size and structure. Thebla VEB-1 -containing integrons were mostly associated withbla OXA-10 -like andarr-2 -like gene cassettes, the latter conferring resistance to rifampin. These data indicated the spread ofbla VEB-1 in Bangkok due to frequent transfer of different plasmids and class 1 integrons and rarely to clonally related strains. Plasmid- and integron-mediated resistance to rifampin was also found in enterobacterial isolates.
Journal of Clinical Microbiology - Tập 39 Số 1 - Trang 175-182 - 2001
Diversity among Community Isolates of Methicillin-Resistant <i>Staphylococcus aureus</i> in Australia ABSTRACT
Community methicillin-resistant
Staphylococcus aureus
(CMRSA) strains are being isolated with increasing frequency around the world. In Western Australia CMRSA are endemic in geographically remote communities and have been found to belong to five different contour-clamped homogeneous electric field (CHEF) electrophoretic patterns. Representatives of each of these CHEF patterns have been compared to CMRSA representative of CHEF patterns from other Australian states and New Zealand. With one exception, all of the isolates were nonmultiresistant and were not resistant to many antimicrobial agents other than the β-lactams. With one exception, which is not believed to be a CMRSA, all of the isolates harbored a β-lactamase plasmid. Erythromycin resistance was associated with a 2-kb plasmid. One of the β-lactamase plasmids was found to be able to acquire additional resistance determinants to become a multiple resistance plasmid. There were 10 multilocus sequence types belonging to eight distantly related clonal complexes of
S. aureus
. One new sequence type was found. Although most of the CMRSA harbored the type IVa SCC
mec
, a type IV structural variant was found and two new SCC
mec
types were identified. Protein A gene (
spa
) typing revealed two new
spa
types and, with two exceptions, corresponded to multilocus sequence typing. In contrast to other reports on CMRSA, most of the CMRSA strains studied here did not contain the Panton-Valentine leukocidin genes. The results also demonstrate that nonmultiresistant hospital strains such as UK EMRSA-15 may be able to circulate in the community and could be mistaken for CMRSA based on their resistance profiles.
Journal of Clinical Microbiology - Tập 42 Số 7 - Trang 3185-3190 - 2004
Harmonization of Pulsed-Field Gel Electrophoresis Protocols for Epidemiological Typing of Strains of Methicillin-Resistant <i>Staphylococcus aureus</i> : a Single Approach Developed by Consensus in 10 European Laboratories and Its Application for Tracing the Spread of Related Strains ABSTRACT
Pulsed-fieldgel electrophoresis (PFGE) is the most common genotypic method used in reference and clinical laboratories for typing methicillin-resistant
Staphylococcus aureus
(MRSA). Many different protocols have been developed in laboratories that have extensive experience with the technique and have established national databases. However, the comparabilities of the different European PFGE protocols for MRSA and of the various national MRSA clones themselves had not been addressed until now. This multinational European Union (EU) project has established for the first time a European database of representative epidemic MRSA (EMRSA) strains and has compared them by using a new “harmonized” PFGE protocol developed by a consensus approach that has demonstrated sufficient reproducibility to allow the successful comparison of pulsed-field gels between laboratories and the tracking of strains around the EU. In-house protocols from 10 laboratories in eight European countries were compared by each center with a “gold standard” or initial harmonized protocol in which many of the parameters had been standardized. The group found that it was not important to standardize some elements of the protocol, such as the type of agarose, DNA block preparation, and plug digestion. Other elements were shown to be critical, namely, a standard gel volume and concentration of agarose, the DNA concentration in the plug, the ionic strength and volume of running buffer used, the running temperature, the voltage, and the switching times of electrophoresis. A new harmonized protocol was agreed on, further modified in a pilot study in two laboratories, and finally tested by all others. Seven laboratories' gels were found to be of sufficiently good quality to allow comparison of the strains by using a computer software program, while two gels could not be analyzed because of inadequate destaining and DNA overloading. Good-quality gels and inclusion of an internal quality control strain are essential before attempting intercenter PFGE comparisons. A number of clonally related strains have been shown to be present in multiple countries throughout Europe. The well-known Iberian clone has been demonstrated in Belgium, Finland, France, Germany, and Spain (and from the wider HARMONY collection in Portugal, Slovenia, and Sweden). Strains from the United Kingdom (EMRSA-15 and -16) have been identified in several othercountries, and other clonally related strains have also been identified. This highlights the need for closer international collaboration to monitor the spread of current epidemic strains as well as the emergence of new ones.
Journal of Clinical Microbiology - Tập 41 Số 4 - Trang 1574-1585 - 2003
Molecular Epidemiology of an Outbreak Caused by Methicillin-Resistant <i>Staphylococcus aureus</i> in a Health Care Ward and Associated Nursing Home ABSTRACT
Our point-prevalence survey followed an outbreak of methicillin-resistant
Staphylococcus aureus
(MRSA) in a long-term care facility and identified five MRSA strains, of which two possessed an outbreak genotype not encountered previously and three had another profile. All of them possessed SCC
mec
type V. Six methicillin-sensitive
S. aureus
strains were genotypically related to the epidemic strains.
Journal of Clinical Microbiology - Tập 43 Số 12 - Trang 6161-6163 - 2005
A Novel Multiplex Real-Time PCR Assay for Rapid Typing of Major Staphylococcal Cassette Chromosome <i>mec</i> Elements ABSTRACT
We describe a novel procedure for rapid typing of the staphylococcal cassette chromosome
mec
element, a molecular marker allowing discrimination between community- and hospital-acquired methicillin-resistant
Staphylococcus aureus
(MRSA) strains. Oligonucleotides targeting the recombinase genes were type specific and used to type a collection of 399 MRSA isolates recovered during patient screening at admission. This novel assay constitutes a valuable tool for evaluating the molecular epidemiology of MRSA and adjusting infection control strategies against MRSA.
Journal of Clinical Microbiology - Tập 42 Số 7 - Trang 3309-3312 - 2004
Tổng số: 552
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 10