Journal of Clinical Microbiology

Diarrheal disease is a complex syndrome that remains a leading cause of global childhood morbidity and mortality. The diagnosis of enteric pathogens in a timely and precise manner is important for making treatment decisions and informing public health policy, but accurate diagnosis is a major challenge in industrializing countries. Multiplex molecular diagnostic techniques may represent a significant improvement over classical approaches. We evaluated the Luminex xTAG gastrointestinal pathogen panel (GPP) assay for the detection of common enteric bacterial and viral pathogens in Vietnam. Microbiological culture and real-time PCR were used as gold standards. The tests were performed on 479 stool samples collected from people admitted to the hospital for diarrheal disease throughout Vietnam. Sensitivity and specificity were calculated for the xTAG GPP for the seven principal diarrheal etiologies. The sensitivity and specificity for the xTAG GPP were >88% for Shigella spp., Campylobacter spp., rotavirus, norovirus genotype 1/2 (GI/GII), and adenovirus compared to those of microbiological culture and/or real-time PCR. However, the specificity was low (∼60%) for Salmonella species. Additionally, a number of important pathogens that are not identified in routine hospital procedures in this setting, such as Cryptosporidium spp. and Clostridium difficile , were detected with the GPP. The use of the Luminex xTAG GPP for the detection of enteric pathogens in settings, like Vietnam, would dramatically improve the diagnostic accuracy and capacity of hospital laboratories, allowing for timely and appropriate therapy decisions and a wider understanding of the epidemiology of pathogens associated with severe diarrheal disease in low-resource settings.

Các mẫu dịch hút họng (NPA) và mẫu swab họng (NPS) được thu thập từ 32 trẻ sơ sinh đang nằm viện với chẩn đoán viêm phổi (được xác nhận bằng X-quang, 91%) hoặc viêm phế quản cấp đã được kiểm tra nhiễm virus hợp bào hô hấp (RSV) bằng nuôi cấy virus, kỹ thuật huỳnh quang miễn dịch gián tiếp (IFA), xét nghiệm miễn dịch enzyme liên kết (ELISA; Ortho Diagnostic Systems, Inc.), và phản ứng lai tại chỗ với probe genomic người để định lượng DNA tế bào. RSV được phân lập trong các nuôi cấy tế bào từ 72% (23 trong số 32) bệnh nhân bằng cách sử dụng mẫu NPA, so với 47% (15 trong số 32) bằng cách sử dụng mẫu NPS. Với thử nghiệm nuôi cấy mô là tiêu chuẩn tham chiếu, độ nhạy của ELISA trên mẫu NPA và NPS lần lượt là 69% (16 trong số 23) và 61% (14 trong số 23), với độ đặc hiệu và giá trị dự đoán dương tính từ cả hai loại mẫu là 100%. Độ nhạy của kỹ thuật IFA so với nuôi cấy tế bào trên các mẫu NPA và NPS là 61% (14 trong số 23) và 52% (12 trong số 23) với độ đặc hiệu là 89 và 78% và giá trị dự đoán dương tính là 96 và 92%, tương ứng. Mặc dù đã thu được nhiều tế bào hơn đáng kể (được thể hiện bằng việc phát hiện nhiều DNA tế bào hơn khi sử dụng mẫu NPA), virus đã được phát hiện bằng kỹ thuật IFA hoặc ELISA với tần suất tương tự trong các mẫu đối chứng. Tuy nhiên, virus được cách ly thường xuyên hơn từ mẫu NPA so với mẫu NPS bằng nuôi cấy tế bào, và các giá trị mật độ quang học của ELISA cùng với số lượng tế bào phát quang dương tính với RSV cao hơn đối với mẫu NPA. Việc thu thập mẫu dịch hút họng ít gây chấn thương cho bệnh nhân hơn, là một quy trình dễ thực hiện hơn cho bác sĩ và cung cấp một mẫu xét nghiệm tốt hơn cho chẩn đoán RSV so với kỹ thuật swab họng.

Các phương pháp nhuộm miễn dịch huỳnh quang để phát hiện kháng nguyên virus hợp bào hô hấp đã được so sánh. Trong số 50 mẫu ban đầu dương tính với virus hợp bào hô hấp qua phương pháp miễn dịch huỳnh quang trực tiếp và nuôi cấy, có 49 mẫu dương tính qua kiểm tra miễn dịch huỳnh quang trực tiếp lặp lại và 32 mẫu dương tính qua kiểm tra miễn dịch huỳnh quang gián tiếp. Các kết quả bổ sung thu được trên các mẫu ban đầu âm tính với virus hợp bào hô hấp qua miễn dịch huỳnh quang trực tiếp, nuôi cấy, hoặc cả hai cho thấy rằng nhuộm miễn dịch huỳnh quang trực tiếp để phát hiện kháng nguyên virus hợp bào hô hấp nhạy hơn so với nhuộm miễn dịch huỳnh quang gián tiếp.

Phương pháp xét nghiệm miễn dịch liên kết enzym (ELISA) dành cho các kháng nguyên virus hợp bào hô hấp đã được áp dụng để chẩn đoán nhanh các ca nhiễm cấp tính ở trẻ em và được so sánh với nuôi cấy virus và các xét nghiệm miễn dịch huỳnh quang. Xét nghiệm ELISA đã sử dụng các thuốc thử có sẵn trên thị trường và được thực hiện hàng ngày khi các mẫu được nhận vào phòng thí nghiệm. Độ nhạy và độ đặc hiệu của ELISA lần lượt là 82% và 95%, so với nuôi cấy. Đối với cùng các mẫu, độ nhạy và độ đặc hiệu của miễn dịch huỳnh quang lần lượt là 86% và 96%. Các dịch hút từ mũi họng đã được chứng minh là nguồn kháng nguyên virus tốt hơn so với các mẫu gạc mũi họng. Các mẫu dương tính với ELISA vẫn giữ được tính dương tính ngay cả khi không được bảo quản lạnh trong một tuần hoặc được gửi đến phòng thí nghiệm trong các containers nhựa. Virus hợp bào hô hấp ELISA, giống như nuôi cấy, trở nên âm tính khi bệnh tiến triển và không cho thấy ưu thế hơn so với nuôi cấy trong việc chẩn đoán khi bệnh tiến triển muộn.

Tại cơ sở khám chữa bệnh của chúng tôi, virus hợp bào hô hấp (RSV) được phân lập từ trẻ sơ sinh thường xuyên và sớm hơn từ dung dịch rửa mũi (84%; 4,2 ngày) so với từ mẫu bả họng (45%; 5,5 ngày) hoặc mẫu mũi họng (39%; 5,7 ngày). Kỹ thuật miễn dịch huỳnh quang trên các tế bào từ dung dịch rửa mũi đã xác định được 72% trẻ em có virus phân lập từ dung dịch rửa mũi trong vòng chưa đầy một ngày. Vì vậy, chúng tôi khuyến nghị kết hợp việc phân lập và miễn dịch huỳnh quang trên mẫu dung dịch rửa mũi để phát hiện tối ưu trẻ nhiễm RSV. Kỹ thuật miễn dịch huỳnh quang trên các tế bào đường hô hấp cũng hữu ích trong việc theo dõi sự hiện diện của kháng nguyên RSV trong dịch tiết trong quá trình điều trị kháng virut ribavirin. Khả năng lây nhiễm RSV được duy trì trong dung dịch đệm phosphate ở nhiệt độ phòng trong 6 giờ. Việc vận chuyển và cấy mẫu trong vòng chưa đầy 6 giờ cho thấy 50% trẻ em được lấy mẫu trong hai mùa RSV được phân lập RSV. Để phân lập RSV tối ưu, chúng tôi khuyến nghị cấy vi sinh vật trong các ống HEp-2 có tuổi không quá 4 ngày. Việc thay thế môi trường sau 3 ngày so với 7 ngày không làm tăng tỷ lệ hồi phục RSV và chỉ cung cấp sự giảm thiểu không đáng kể trong thời gian phát hiện bệnh lý tế bào.

Sự phát tán rộng rãi của các loài Acinetobacter kháng carbapenem đã tạo ra những thách thức điều trị đáng kể. Hiện tại, các xét nghiệm chẩn đoán phân tử nhanh (RMD) có khả năng xác định kiểu hình này chưa có sẵn trên thị trường. Hai nền tảng RMD, gồm PCR kết hợp với phân tích khối phổ ion hóa điện phun (PCR/ESI-MS) và đèn phát quang phân tử (MB), đã được đánh giá để phát hiện các gen liên quan đến tính kháng/cảm với carbapenem trong Acinetobacter spp. Một bộ sưu tập bao gồm 200 mẫu phân lập bệnh lý của các loài Acinetobacter đã được thử nghiệm. Các giá trị dự đoán cho tính nhạy cảm và kháng đã được ước lượng dựa trên tỷ lệ hiện hữu của tính nhạy cảm, và căn cứ vào sự vắng mặt hoặc sự hiện diện của các gen beta-lactamase ( bla ) NDM, VIM, IMP, KPC, và OXA carbapenemase (ví dụ, bla _OXA-23 , bla _OXA-24/40 , và bla _OXA-58 được tìm thấy trong nghiên cứu này) so với tiêu chuẩn tham chiếu của các xác định MIC. Theo cách diễn giải các giá trị MIC, 49% ( n = 98) các mẫu phân lập đã kháng lại carbapenem (được xác định bằng kháng hoặc kháng trung gian với imipenem). Tính nhạy cảm đối với imipenem (khoảng tin cậy 95% [CI]) đạt 82% (74%, 89%) và 92% (85%, 97%) cho PCR/ESI-MS và MB, tương ứng. Tính nhạy cảm đối với kháng imipenem (khoảng tin cậy 95% [CI]) đạt 95% (88%, 98%) và 88% (80%, 94%) cho PCR/ESI-MS và MB, tương ứng. PRIMERS III thiết lập rằng các RMD có thể phân biệt giữa kháng và nhạy cảm carbapenem trong Acinetobacter spp. Trong bối cảnh có tỷ lệ kháng đã biết, SPV và RPV có thể cung cấp thông tin cho các bác sĩ lâm sàng về lựa chọn tốt nhất cho liệu pháp kháng sinh thực nghiệm chống lại tác nhân kháng thuốc đa dạng này.

Chúng tôi báo cáo một trường hợp tử vong do viêm phúc mạc nấm bởi nấm mốc dạng men Hormonema dematioides ở một phụ nữ 45 tuổi. Bệnh nhân có tiền sử mắc bệnh đái tháo đường phụ thuộc insulin kéo dài 13 năm và đã thực hiện thẩm tách phúc mạc liên tục do suy thận mãn tính. H. dematioides đã được phân lập nhiều lần từ mẫu cấy dịch lọc thẩm tách được thu thập vào ngày 3, 9, 16 và 20 trong thời gian bệnh nhân nhập viện. Các báo cáo cấy thử nghiệm sơ bộ vào ngày thứ 7 cho thấy sự phát triển của một loại nấm dạng men, có khả năng là một loài Candida, đã khuyến cáo việc sử dụng fluconazole (FLU). FLU tiêm vào khoang phúc mạc và tĩnh mạch đã không loại bỏ được nấm mốc này, và bệnh nhân đã qua đời vào ngày 21 trong thời gian nhập viện. Chúng tôi sử dụng trường hợp này để trình bày báo cáo đầu tiên xuất hiện của viêm phúc mạc do H. dematioides, cung cấp cho các kỹ thuật viên xét nghiệm các tiêu chí để phân biệt vi sinh vật này với nấm mốc tương tự Aureobasidium pullulans và từ các loại nấm men khác nhau, cũng như để tổng quan về các taxon nấm đã biết gây viêm phúc mạc.

Một phương pháp nhằm tăng cường độ nhạy và độ đặc hiệu của xét nghiệm đông tụ trực tiếp (AG) trong chẩn đoán nhiễm Toxoplasma gondii được mô tả. Kết quả định tính trong xét nghiệm màu Sabin-Feldman (DT) và xét nghiệm AG có sự phù hợp tuyệt vời (98%). Sự khác biệt trong các titer giữa hai xét nghiệm này thường liên quan đến thời gian mà cá nhân bị nhiễm. Titer của xét nghiệm AG thường thấp hơn titer của xét nghiệm DT trong trường hợp nhiễm cấp tính (gần đây); titer của xét nghiệm AG thường cao hơn titer của xét nghiệm DT trong trường hợp nhiễm lâu dài hoặc mãn tính. Nếu kháng nguyên xét nghiệm AG được mô tả ở đây có thể được cung cấp, xét nghiệm AG sẽ là lý tưởng cho việc sử dụng như một xét nghiệm sàng lọc và sẽ cung cấp một phương tiện đơn giản và không tốn kém để giám sát các phụ nữ âm tính trong thai kỳ và phát hiện những lần chuyển đổi huyết thanh.

Acinetobacter baumannii là một trong những tác nhân gây bệnh chính liên quan đến các đợt bùng phát trong bệnh viện. Độ đa dạng clone của 729 chủng dịch bệnh được phân lập từ 19 bệnh viện Tây Ban Nha (chủ yếu từ các đơn vị chăm sóc tích cực) đã được phân tích trong thời gian 11 năm. Điện di trong gel pulsed-field (PFGE) đã xác định 58 loại PFGE, các loại này được tiến hành kiểm tra độ nhạy, phân tích chuỗi gen rpoB , và phân loại chuỗi đa vị trí (MLST). Tất cả các loại PFGE đều kháng đa thuốc; colistin là tác nhân duy nhất mà tất cả các tác nhân gây bệnh đều nhạy cảm. 58 loại PFGE được phân loại thành 16 clone dựa trên sự tương đồng gen của chúng (ngưỡng 80%). Các clone này được phân bố vào một cụm lớn (cụm D), ba cụm trung bình (cụm A, B và C), và ba cụm nhỏ (cụm E, F và G). Phân tích chuỗi gen rpoB và kết quả MLST phản ánh sự phân bố clone, nhất quán với các kết quả PFGE. Các loại chuỗi MLST (STs) (và phần trăm phân bố của chúng) như sau: ST-2 (47.5%), ST-3 (5.1%), ST-15 (1.7%), ST-32 (1.7%), ST-79 (13.6%), ST-80 (20.3%), và ST-81 (10.2%). ST-79, ST-80, và ST-81 và các allele cpn60-26 và recA29 được mô tả lần đầu tiên. Các clone quốc tế I, II và III lần lượt được đại diện bởi ST-81, ST-2, và ST-3. ST-79 và ST-80 có thể là các clone mới nổi. Công trình này xác nhận PFGE và MLST là những công cụ bổ sung trong các nghiên cứu trên lĩnh vực clonality. Ở đây PFGE đã có thể chứng minh mô hình đơn dòng của hầu hết các đợt bùng phát, sự lây truyền giữa và trong bệnh viện của vi khuẩn, và sự tồn tại phổ biến của chúng trong một số khoa. MLST cho phép theo dõi sự tiến hóa tạm thời và phân bố không gian của các clone Tây Ban Nha và cho phép thực hiện so sánh quốc tế.

Các báo cáo gần đây về một số chủng Staphylococcus aureus kháng methicillin (MRSA) với độ nhạy giảm với vancomycin đã trở thành mối quan tâm lớn ở Hàn Quốc do việc sử dụng rộng rãi vancomycin liên quan đến tỷ lệ mắc MRSA cao tại quốc gia này. Chúng tôi mô tả một bệnh nhân nam 45 tuổi bị áp xe vùng chậu kéo dài do MRSA. Mặc dù đã điều trị bằng vancomycin và teicoplanin trong một khoảng thời gian dài, bệnh nhân đã qua đời do nhiễm trùng huyết MRSA. Chủng MRSA trong cấy máu cho thấy độ nhạy giảm đối với vancomycin (MIC, 8 μg/ml). Đây là báo cáo đầu tiên về trường hợp S. aureus trung gian với vancomycin từ Hàn Quốc.