Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology

Công bố khoa học tiêu biểu

* Dữ liệu chỉ mang tính chất tham khảo

Sắp xếp:  
Đo chỉ số khúc xạ trong các tế bào sống bằng kính hiển vi pha-độ lớn định lượng và kính hiển vi huỳnh quang Dịch bởi AI
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology - Tập 65A Số 1 - Trang 88-92 - 2005
Claire L. Curl, Catherine J. Bellair, Trudi Harris, B. E. Allman, P. Harris, Alastair G. Stewart, Ann Roberts, K. Nugent, Lea M.D. Delbridge
Tóm tắtNền tảng

Chỉ số khúc xạ (RI) của vật liệu tế bào cung cấp thông tin sinh lý học cơ bản về thành phần và cấu trúc tổ chức của tế bào. Những nỗ lực mô tả tính chất khúc xạ của tế bào đã bị cản trở đáng kể bởi những khó khăn thực nghiệm trong việc đo chỉ số khúc xạ của tế bào sống. Trong báo cáo này, chúng tôi mô tả một thủ tục ứng dụng kính hiển vi pha định lượng kết hợp với kính hiển vi huỳnh quang để đo chỉ số khúc xạ của một mẫu tế bào cơ nuôi cấy.

Phương pháp

Chiến lược thí nghiệm bao gồm việc tính toán độ dày của tế bào bằng cách sử dụng quy trình cắt lớp quang học huỳnh quang, xây dựng bản đồ pha của cùng một tế bào bằng kính hiển vi pha định lượng, và lựa chọn các vùng tế bào quan tâm để giải quyết chỉ số khúc xạ tế bào.

Kết quả

Giá trị độ dày trung bình của tế bào và giá trị pha cho sáu vùng tế bào (năm vùng tế bào chất và một vùng nhân) đã được xác định. Giá trị chỉ số khúc xạ trung bình tính toán cho các vùng tế bào chất và nhân là 1.360 ± 0.004. Sự không chắc chắn trong giá trị chỉ số khúc xạ cuối cùng đại diện cho sai số đo lường kỹ thuật.

Kết luận

Phương pháp mà chúng tôi mô tả để đo chỉ số khúc xạ của tế bào sống với mẫu tế bào nguyên mẫu này có ứng dụng rộng rãi trong nghiên cứu sự phát triển và phản ứng chức năng của tế bào. Giá trị chỉ số khúc xạ mà chúng tôi báo cáo có thể được sử dụng trong phân tích quang học cấu trúc và hình thái tế bào nuôi cấy. © 2005 Wiley‐Liss, Inc.

Xác định quần thể tế bào nhanh chóng trong dữ liệu phân tích dòng chảy Dịch bởi AI
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology - Tập 79A Số 1 - Trang 6-13 - 2011
Nima Aghaeepour, Radina Nikolic, Holger H. Hoos, Ryan R. Brinkman
Giới thiệu

Chúng tôi đã phát triển flowMeans, một phương pháp hiệu quả về thời gian và chính xác để tự động xác định các quần thể tế bào trong dữ liệu phân tích dòng chảy (FCM) dựa trên phân cụm K-means. Khác với K-means truyền thống, flowMeans có thể xác định các quần thể tế bào lõm bằng cách mô hình hóa một quần thể duy nhất với nhiều cụm. flowMeans sử dụng một thuật toán phát hiện điểm thay đổi để xác định số lượng tiểu quần thể, cho phép phương pháp này được sử dụng trong các quy trình phân tích dữ liệu FCM với quy mô lớn. Cách tiếp cận của chúng tôi cho kết quả so với phân tích thủ công của các chuyên gia con người và các thuật toán phân loại tự động tiên tiến hiện tại. flowMeans được cung cấp miễn phí dưới dạng gói mã nguồn mở R thông qua Bioconductor. © 2010 Hiệp hội Quốc tế Phát triển Phân tích tế bào.

#phân tích dòng chảy #K-means #quần thể tế bào #thuật toán tự động #mã nguồn mở
Biểu đồ tế bào đơn với phương pháp phân tích khối lượng thích ứng cho việc đo lường chu kỳ tế bào Dịch bởi AI
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology - Tập 81A Số 7 - Trang 552-566 - 2012
Gregory K. Behbehani, Sean C. Bendall, Matthew R. Clutter, Wendy J. Fantl, Garry P. Nolan
Tóm tắt

Cytometry khối lượng là một công nghệ mới được giới thiệu, sử dụng kháng thể gắn đồng vị của nguyên tố chuyển tiếp để phát hiện protein trên cơ sở từng tế bào. Bằng cách vượt qua các hạn chế của sự chồng chéo quang phổ phát xạ liên quan đến các fluorochrome sử dụng trong cytometry dòng truyền thống, cytometry khối lượng hiện cho phép đo tới 40 thông số trên mỗi tế bào. Gần đây, một phân tích cytometry khối lượng toàn diện đã được mô tả cho chương trình phân biệt huyết học trong tủy xương của người từ một người hiến máu khỏe mạnh. Nghiên cứu hiện tại mô tả các phương pháp để phân đoạn các giai đoạn chu kỳ tế bào bằng cách sử dụng 5-iodo-2-deoxyuridine (IdU) để đánh dấu các tế bào trong giai đoạn S, đồng thời với các kháng thể chống lại cyclin B1, cyclin A và histone H3 phosphoryl hóa (S28) đặc trưng cho các giai đoạn chu kỳ tế bào khác. Các quy trình đã được phát triển trong đó một kháng thể chống lại protein retinoblastoma phosphoryl hóa (Rb) tại các serine 807 và 811 được sử dụng để tách biệt các tế bào ở các giai đoạn G0 và G1 của chu kỳ tế bào. Phương pháp cytometry khối lượng này đã cho ra các phân bố chu kỳ tế bào của cả quần thể tế bào bình thường và tế bào ung thư mà tương đương với những gì thu được từ các kỹ thuật cytometry huỳnh quang truyền thống. Chúng tôi đã áp dụng điều này để vẽ bản đồ các giai đoạn chu kỳ tế bào của các tế bào trải rộng qua hệ thống huyết học trong tủy xương người khỏe mạnh như một sự chuẩn bị cho các nghiên cứu sau này với ung thư và các rối loạn khác của dòng này. © 2012 Hiệp hội Quốc tế vì sự Tiến bộ của Cytometry

Phát hiện hạt nano TiO2 trong tế bào bằng phương pháp phân tích tế bào chảy Dịch bởi AI
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology - Tập 77A Số 7 - Trang 677-685 - 2010
Robert M. Zucker, Edward J. Massaro, Kristen M. Sanders, Laura L. Degn, William K. Boyes
Tóm tắt

Việc đánh giá các mối nguy tiềm ẩn của vật liệu nano do con người tạo ra đã bị cản trở bởi khả năng quan sát và đo lường hạn chế các hạt nano trong tế bào. Trong nghiên cứu này, các nồng độ khác nhau của hạt nano TiO2 đã được hòa trộn trong môi trường nuôi cấy tế bào. Suspensions sau đó được siêu âm và phân tích bằng phương pháp tán xạ ánh sáng động và vi kính. Các tế bào biểu mô sắc tố võng mạc (ARPE‐19) được nuôi cấy từ người đã được ủ với các hạt nano TiO2 tại các nồng độ 0, 0.1, 0.3, 1, 3, 10 và 30 μg/ml trong 24 giờ. Các phản ứng của tế bào đối với các hạt nano đã được đánh giá bằng phương pháp phân tích tế bào chảy và vi kính trường tối. Máy phân tích tế bào chảy FACSCalibur™ đã được sử dụng để đo các thay đổi trong tán xạ ánh sáng sau khi ủ với hạt nano. Cả tán xạ bên và tán xạ phía trước đều thay đổi đáng kể phản ánh sự hiện diện của TiO2. Từ 0.1 đến 30 μg/ml TiO2, tán xạ bên tăng liên tục trong khi tán xạ phía trước giảm, có thể do sự phản xạ ánh sáng mạnh bởi các hạt TiO2. Dựa trên các tham số hình thái và xét nghiệm khả năng sống sót calcein‐AM/iodide propidium, các nồng độ TiO2 dưới 30 μg/ml TiO2 gây độc tế bào tối thiểu. Phân tích kính hiển vi được thực hiện trên cùng các tế bào bằng kính hiển vi Nikon E‐800 có nguồn sáng xenon và các vật kính trường tối đặc biệt. Tại các nồng độ thấp nhất của TiO2 (0.1–0.3 μg/ml), máy phân tích tế bào chảy có thể phát hiện ít nhất 5–10 hạt nano trong mỗi tế bào do sự tán xạ ánh sáng mạnh từ TiO2. Các vòng hạt nano tập trung được quan sát quanh các nhân ở gần lưới nội mô tại các nồng độ cao hơn. Các dữ liệu này cho thấy rằng sự hấp thụ các hạt nano bên trong tế bào có thể được theo dõi bằng phương pháp phân tích tế bào chảy và xác nhận bằng vi kính trường tối. Cách tiếp cận này có thể giúp đáp ứng một nhu cầu quan trọng của cộng đồng khoa học trong việc đánh giá mối quan hệ giữa liều lượng hạt nano và độc tính tế bào. Những thí nghiệm như vậy có thể được thực hiện nhanh chóng và dễ dàng hơn bằng cách sử dụng máy phân tích tế bào chảy để đo lường cả sự hấp thụ hạt nano và sức khỏe tế bào. Được xuất bản năm 2010 bởi Wiley‐Liss, Inc.

#hạt nano TiO<sub>2</sub>; phân tích tế bào chảy; độc tính tế bào; vi kính trường tối; hạt nano; tế bào ARPE‐19
Từ “naive thật sự” đến “T tế bào lão hóa kiệt sức”: Khi các dấu ấn dự đoán chức năng Dịch bởi AI
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology - Tập 85 Số 1 - Trang 25-35 - 2014
Anis Larbi, Tamàs Fülöp
Nghiên cứu sinh học T tế bào đã được tăng tốc nhờ những tiến bộ đáng kể ở cấp độ công nghệ, đặc biệt là thông qua sự phát triển không ngừng của cytometric dòng chảy. Phương pháp tiếp cận truyền thống để quan sát T tế bào là phân loại chúng thành T giúp đỡ hoặc T tiêu diệt quá đơn giản và không cho phép các nhà nghiên cứu xác định rõ các cơ chế miễn dịch hoặc những thay đổi trong các quá trình sinh lý tác động đến kết quả lâm sàng. Sự phức tạp của các dưới quần thể T tế bào, như chúng ta hiểu ngày nay, kết hợp với sự đa dạng miễn dịch và chức năng của các phân nhóm này tạo ra những khó khăn đáng kể cho việc nghiên cứu sinh học T tế bào. Trong bài viết này, chúng tôi xem xét việc sử dụng các dấu ấn cổ điển trong việc phân định các dưới quần thể T tế bào, từ các tế bào T “naive thật sự” (các tế bào mới rời bỏ tuyến ức không có lịch sử phát triển) đến các tế bào T “lão hóa kiệt sức” (các tế bào phát triển kém thể hiện các bất thường chức năng nghiêm trọng) mà các kiểu hình khác nhau của những quần thể này phản ánh chức năng khác nhau của chúng. Ngoài ra, vì các nhiễm trùng dai dẳng và sự lão hóa theo thời gian đã được chứng minh là có liên quan đến những thay đổi đáng kể trong sự phân bố và chức năng của T tế bào ở người, chúng tôi cũng thảo luận về những thay đổi liên quan đến độ tuổi và do virus cytomegalovirus gây ra trong sự biểu hiện của các dấu ấn phân nhóm chính.
Kiểm soát trong phân tích dòng tế bào, thiết lập thiết bị và xác định tính dương tính Dịch bởi AI
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology - Tập 69A Số 9 - Trang 1037-1042 - 2006
Holden T. Maecker, Joseph Trotter
Tóm tắt

Một mục tiêu thường gặp trong phân tích dòng tế bào là phân loại tế bào thành dương tính hoặc âm tính với một đánh dấu cụ thể, hoặc xác định tỷ lệ chính xác giữa tế bào dương tính và âm tính. Điều này đòi hỏi thiết lập máy móc tốt và có thể tái tạo, cũng như việc sử dụng cẩn thận các đối chứng để phân tích và diễn giải dữ liệu. Loại đối chứng nào nên bao gồm trong các loại thí nghiệm dòng tế bào khác nhau là một vấn đề đang được tranh luận và thảo luận. Trong hướng dẫn này, chúng tôi phân loại các đối chứng thành các danh mục khác nhau, mô tả các tùy chọn trong mỗi danh mục, và thảo luận về lợi ích của từng tùy chọn. © 2006 Hiệp hội Quốc tế về Cytology Phân tích

Hình ảnh quang phổ: Nguyên tắc và ứng dụng Dịch bởi AI
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology - Tập 69A Số 8 - Trang 735-747 - 2006
Yuval Garini, Ian Young, George McNamara
Tóm tắtĐặt bối cảnh:

Hình ảnh quang phổ mở rộng khả năng của các nghiên cứu sinh học và lâm sàng để nghiên cứu đồng thời nhiều đặc điểm như bào quan và protein cả về chất lượng và số lượng. Hình ảnh quang phổ kết hợp hai phương pháp khoa học nổi tiếng, đó là quang phổ và hình ảnh, để cung cấp một công cụ mới có lợi thế. Nhu cầu đo quang phổ tại mỗi điểm của hình ảnh yêu cầu kết hợp quang học phân tán với các thiết bị hình ảnh thông thường hơn, và cũng giới thiệu những hạn chế.

Phương pháp và Kết quả:

Các nguyên tắc của hình ảnh quang phổ và một vài ứng dụng tiêu biểu được mô tả. Phân tích hình ảnh quang phổ là cần thiết vì cấu trúc dữ liệu phức tạp không thể được phân tích trực quan. Một vài thuật toán được thảo luận với nhấn mạnh vào việc sử dụng cho các chế độ thí nghiệm khác nhau (huỳnh quang và trường sáng). Cuối cùng, hình ảnh quang phổ, giống như bất kỳ phương pháp nào, cần được đánh giá dựa trên những lợi thế của nó đối với các ứng dụng cụ thể, một số trong đó được mô tả.

#Hình ảnh quang phổ #quang phổ học #ứng dụng khoa học #phân tích dữ liệu.
Chuẩn hóa dữ liệu xét nghiệm khối lượng bằng các tiêu chuẩn hạt Dịch bởi AI
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology - Tập 83A Số 5 - Trang 483-494 - 2013
Rachel Finck, Erin F. Simonds, Astraea Jager, Smita Krishnaswamy, Zohar Sachs, Wendy J. Fantl, Dana Pe’er, Garry P. Nolan, Sean C. Bendall
Tóm tắt

Xét nghiệm khối lượng sử dụng phổ khối lượng nguyên tử kết hợp với các nguyên tố báo cáo tinh khiết đồng vị để đo hiện nay tới 40 tham số trên mỗi tế bào duy nhất. Giống như bất kỳ công nghệ định lượng nào, có một nhu cầu cơ bản về các quy trình đảm bảo chất lượng và chuẩn hóa. Trong trường hợp xét nghiệm khối lượng, biến động tín hiệu theo thời gian do sự thay đổi trong hiệu suất của thiết bị kết hợp với khoảng thời gian giữa các lần bảo trì định kỳ cần phải được tính đến và sau đó chuẩn hóa. Ở đây, các mẫu đã được trộn với các hạt polystyrene nhúng kim loại lanthanide, cho phép theo dõi hiệu suất của thiết bị xét nghiệm khối lượng trong nhiều ngày thu thập dữ liệu. Quy trình được mô tả ở đây bao gồm việc đo đồng thời các hạt và tế bào trên máy xét nghiệm khối lượng, chiết xuất chữ ký dựa trên hạt, và áp dụng một thuật toán cho phép điều chỉnh cả biến động tín hiệu ngắn hạn và dài hạn. Biến động trong cường độ của các hạt còn lại sau khi chuẩn hóa cũng có thể được sử dụng để xác định chất lượng dữ liệu. Việc áp dụng thuật toán cho một phân tích theo chiều dọc kéo dài một tháng của một mẫu máu ngoại biên người đã giảm biên độ dao động tín hiệu trung vị từ 4,9 lần xuống còn 1,3 lần. © 2013 Hiệp hội Quốc tế về Phát triển Xét nghiệm tế bào

Hiện tượng và chức năng của các phân nhóm lymphocyte T ở người: Sự đồng thuận và vấn đề Dịch bởi AI
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology - Tập 73A Số 11 - Trang 975-983 - 2008
Victor Appay, René A. W. van Lier, Federica Sallusto, Mario Roederer
Tóm tắt

Trong những năm gần đây, đã có sự nỗ lực to lớn trong việc khắc họa chi tiết về kiểu hình và chức năng của các phân nhóm tế bào T khác nhau ở người, cũng như các con đường phân hóa và vai trò của chúng trong các phản ứng miễn dịch. Tuy nhiên, các nghiên cứu này dường như đã tạo ra nhiều câu hỏi hơn là những câu trả lời rõ ràng. Để làm rõ các vấn đề liên quan đến chức năng và sự phân hóa của các phân nhóm tế bào T, một phiên hội thảo tại hội nghị MASIR 2008 đã được dành riêng cho chủ đề này. Nhiều điểm đồng thuận và bất đồng đã được làm nổi bật trong công trình được trình bày trong phiên này. Chúng tôi ở đây cung cấp một bản trình bày về những điểm này, bao gồm sự đa dạng tương đối của các phân nhóm tế bào T trong các nhiễm trùng do các tác nhân gây bệnh khác nhau, mối quan hệ giữa các đặc điểm kiểu hình và chức năng của tế bào T, và các con đường phân hóa của tế bào T. Cuối cùng, chúng tôi thảo luận về những vấn đề vẫn còn hạn chế sự đồng thuận chung. Xuất bản năm 2008, Wiley-Liss, Inc.

Kỹ thuật nhuộm phospho-protein nội bào cho dòng tế bào: Giám sát các sự kiện tín hiệu tế bào đơn lẻ Dịch bởi AI
Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology - Tập 55A Số 2 - Trang 61-70 - 2003
Peter O. Krutzik, Garry P. Nolan
Tóm tắtBối cảnh

Những tiến bộ gần đây trong kỹ thuật nhuộm nội bào, công nghệ đo tế bào, thuốc nhuộm huỳnh quang, và sản xuất kháng thể đã mở rộng số lượng kháng nguyên nội bào có thể phân tích bằng phương pháp đo dòng tế bào. Việc đo lường phosphoryl hoá protein với kháng thể đặc hiệu phospho đã mang lại cái nhìn sâu sắc về các chuỗi tín hiệu kinase. Tuy nhiên, những kỹ thuật hiện có về nhuộm phospho-epitope có thể khác nhau nhiều, khiến việc hiểu rõ sự khác biệt giữa các kết quả ứng dụng các kỹ thuật này và phát triển các phương pháp ứng dụng bền vững, có thể tái lập là cần thiết.

Phương pháp

Mười kỹ thuật cố định tế bào và làm cho tế bào thẩm thấu khác nhau đã được kiểm tra về khả năng cung cấp nhuộm đặc hiệu phospho. Các tổ hợp formaldehyde, methanol, ethanol, acetone, Triton X-100, và saponin được sử dụng như các chất cố định và thẩm thấu. Các kháng thể đặc hiệu phospho được gắn thuốc nhuộm Alexa Fluor để cung cấp phân tích đa sắc màu của các sự kiện tín hiệu khác nhau đồng thời trong từng tế bào.

Kết quả

Cố định tế bào với 1,5% formaldehyde sau đó làm thẩm thấu trong methanol đã cho kết quả tối ưu cho nhuộm pERK, pp38, pJNK, pStat1, pStat5, và pStat6. Thay đổi thời gian cố định formaldehyde và thẩm thấu methanol làm ảnh hưởng đến đo lường sự kích hoạt phosphoryl hoá. Phân tích đo dòng tế bào đặc hiệu phospho có sự tương quan tốt với phương pháp Western blotting, cung cấp sự xác thực nền tảng chéo cho kỹ thuật này.

Kết luận

Việc đo sự kiện phosphoryl hoá bằng phương pháp đo dòng tế bào cung cấp một cách nhanh chóng và hiệu quả để đo chuỗi kinase trong từng tế bào. Sự ổn định của phospho-epitope trong methanol cho phép lưu trữ lâu dài các mẫu trước khi phân tích. Nhiều chuỗi tín hiệu có thể được giám sát đồng thời thông qua việc sử dụng các nhãn thuốc nhuộm huỳnh quang khác nhau để xác định sự đặc hiệu của các ligand hoặc chất ức chế. Áp dụng các kỹ thuật được tối ưu hóa cho các loại tế bào không đồng nhất như máu ngoại vi hoặc tế bào lách chuột có thể cho phép phân tích tín hiệu đồng thời trong các tập hợp tế bào miễn dịch. Cytometry Part A 55A:61–70, 2003. © 2003 Wiley-Liss, Inc.

#Phospho-protein #đo dòng tế bào #nhuộm nội bào #tín hiệu kinase #Western blotting #kháng thể đặc hiệu phospho
Tổng số: 26   
  • 1
  • 2
  • 3