Chromoanagenesis: một phần của kịch bản vĩ mô tiến hóa Dịch bởi AI - 2020
Franck Pellestor, Vincent Gatinois
Tóm tắtTrong thập kỷ qua, những loại biến dạng nhiễm sắc thể mới, phức tạp và quy mô lớn dựa trên quá trình vỡ vụn và tái cấu trúc nhiễm sắc thể đã được phát hiện ở các tế bào ung thư cũng như ở những bệnh nhân mắc bệnh bẩm sinh và những cá nhân khỏe mạnh. Những hiện tượng không thể đoán trước này được gọi là chromothripsis, chromoanasynthesis và chromoplexy, và được nhóm lại dưới thuật ngữ chromoanagenesis. Là cơ chế cho những biến đổi nhanh chóng và sâu sắc của bộ gen ở dòng giống và giai đoạn phát triển sớm, những quá trình này có thể được xem như là những con đường đáng tin cậy cho sự tiến hóa của bộ gen và tiến trình hình thành loài. Việc phát hiện ra chúng xác nhận tầm quan trọng của những nghiên cứu xoay quanh bộ gen để hiểu rõ hơn về sự tiến hóa của sinh vật.
Bởi vì chúng chống lại mô hình tiếp nhận dần dần các đột biến driver hoặc tái sắp xếp, những hiện tượng này miễn cưỡng ủng hộ cho khái niệm về vĩ mô tiến hóa, đã được biết đến qua các mô hình “Quái vật hy vọng” và “Cân bằng ngắt quãng”. Trong bài tổng quan này, chúng tôi tóm tắt các cơ chế nền tảng cho các quá trình chromoanagenesis và cho thấy rằng nhiều trường hợp hình thành loài nhiễm sắc thể và sự thích nghi ngắn hạn có thể liên quan đến các cơ chế liên quan đến chromoanagenesis.
Trong khuôn khổ một phân tích hiện đại và tích hợp về các quá trình tiến hóa của eukaryote, có vẻ như điều quan trọng là xem xét những hiện tượng chromoanagenesis bất ngờ này.
Evidence that homozygous PTPRD gene microdeletion causes trigonocephaly, hearing loss, and intellectual disability Tập 8 - Trang 1-8 - 2015
Nancy Choucair, Cecile Mignon-Ravix, Pierre Cacciagli, Joelle Abou Ghoch, Ali Fawaz, André Mégarbané, Laurent Villard, Eliane Chouery
The premature fusion of metopic sutures results in the clinical phenotype of trigonocephaly. An association of this characteristic with the monosomy 9p syndrome is well established and the receptor-type protein tyrosine phosphatase gene (PTPRD), located in the 9p24.1p23 region and encoding a major component of the excitatory and inhibitory synaptic organization, is considered as a good candidate to be responsible for this form of craniosynostosis. Moreover PTPRD is known to recruit multiple postsynaptic partners such as IL1RAPL1 which gene alterations lead to non syndromic intellectual disability (ID). We describe a 30 month old boy with severe intellectual disability, trigonocephaly and dysmorphic facial features such as a midface hypoplasia, a flat nose, a depressed nasal bridge, hypertelorism, a long philtrum and a drooping mouth. Microarray chromosomal analysis revealed the presence of a homozygous deletion involving the PTPRD gene, located on chromosome 9p22.3. Reverse Transcription PCR (RT-PCR) amplifications all along the gene failed to amplify the patient's cDNA in fibroblasts, indicating the presence of two null PTPRD alleles. Synaptic PTPRD interacts with IL1RAPL1 which defects have been associated with intellectual disability (ID) and autism spectrum disorder. The absence of the PTPRD transcript leads to a decrease in the expression of IL1RAPL1. These results suggest the direct involvement of PTPRD in ID, which is consistent with the PTPRD -/- mice phenotype. Deletions of PTPRD have been previously suggested as a cause of trigonocephaly in patients with monosomy 9p and genome-wide association study suggested variations in PTPRD are associated with hearing loss. The deletion identified in the reported patient supports previous hypotheses on its function in ID and hearing loss. However, its involvement in the occurrence of metopic synostosis is still to be discussed as more investigation of patients with the 9p monosomy syndrome is required.
Định vị FISH của CML dương tính với BCR/ABL1 âm tính Philadelphia Dịch bởi AI Tập 1 Số 1 - 2008
Anna Virgili, Diana Brazma, Alistair Reid, Julie Howard-Reeves, Mikel Valgañón, Anastasios Chanalaris, Valeria Melo, David Marín, Jane F. Apperley, Colin Grace, E. Nacheva
Tóm tắt
Thông tin nền
Bệnh bạch cầu tủy mãn tính (CML) là một rối loạn tế bào gốc huyết học, gần như luôn luôn được xác định bởi sự hiện diện của nhiễm sắc thể Philadelphia (Ph), thường do translocation t(9;22)(q34;q11) hoặc các biến thể của nó. Ph dẫn đến sự hình thành của gen hợp nhất BCR/ABL1, là một tyrosine kinase được hoạt hóa liên tục. Khoảng 1% bệnh nhân CML có kiểu hình âm tính với Ph nhưng mang một gen hợp nhất BCR/ABL1 ngầm mà có thể được xác định bằng kỹ thuật lai huỳnh quang tại chỗ (FISH) tại vị trí nhiễm sắc thể 22q11, 9q34 hoặc một nhiễm sắc thể thứ ba. Ở đây, chúng tôi trình bày dữ liệu lập bản đồ FISH của các vùng lân cận BCR và ABL1 và các tái sắp xếp nhiễm sắc thể liên quan trong 9 bệnh nhân CML dương tính với BCR/ABL1 âm tính với Ph cộng với dòng tế bào CML-T1.
Kết quả
BCR/ABL1 được xác định tại vị trí 9q34 ở 3 bệnh nhân, 22q11 ở 5 bệnh nhân và CML-T1 tại 22p11 ở 1 bệnh nhân. Trong 3 trong số 6 trường hợp có sự hợp nhất tại 22q11, một cụm điểm đứt gãy xa đã được tìm thấy trong một vùng 280 Kb chứa gen RAPGEF1, trong khi một bệnh nhân khác và CML-T1 có điểm đứt gãy xa nằm trong một BAC clone đơn chứa gen RXRA 3'. Hai trường hợp có sự sao chép của Ph bị che giấu trong khi các mất đoạn gen ở các vùng lân cận đã được xác định trong 3 trường hợp. Những tái sắp xếp phức tạp hơn còn được tìm thấy ở 3 trường hợp khác.
Kết luận
Sự hình thành BCR/ABL1 là kết quả của một sự chèn trực tiếp (cơ chế một bước) ở 6 bệnh nhân và CML-T1, trong khi ở 3 bệnh nhân còn lại, gen hợp nhất bắt nguồn từ một chuỗi các tái sắp xếp (nhiều bước). Sự hiện diện của các biến thể khác nhau ở cả vùng 9q34 và 22q11 nhấn mạnh tính đa dạng di truyền của nhóm CML này. Các nghiên cứu trong tương lai nên được thực hiện để xác nhận sự hiện diện của các điểm nóng đứt gãy thực sự và đánh giá ý nghĩa của chúng trong CML dương tính với BCR/ABL1 âm tính với Ph.
Sàng lọc DNA tự do cho các thể tam nhiễm nhiễm sắc thể giới tính thông qua xét nghiệm trước sinh không xâm lấn trong huyết tương mẹ Dịch bởi AI - 2020
Yipeng Wang, Shanshan Li, Wei Wang, Yaping Dong, Meng Zhang, Xin Wang, Chenghong Yin
Tóm tắt
Đặt vấn đề
Xét nghiệm trước sinh không xâm lấn (NIPT) đã được xác nhận là bài kiểm tra sàng lọc chính xác nhất cho các thể tam nhiễm 21, 18 và 13. Tuy nhiên, các báo cáo về hiệu suất của NIPT trong các thể tam nhiễm nhiễm sắc thể giới tính (SCA) dựa trên dữ liệu lâm sàng thực tế vẫn còn hạn chế.
Phương pháp
Công nghệ giải trình tự gen song song quy mô lớn (MPS) đã được sử dụng để sàng lọc các thể SCA thai nhi như một phần của nghiên cứu nhằm xác định giá trị tiềm năng của NIPT trong việc phát hiện các thể SCA thai nhi trong riêng kỳ hai của thai kỳ. Nghiên cứu này đã bao gồm 12.243 trường hợp liên tiếp từ một trung tâm duy nhất.
Kết quả
Giá trị dự đoán dương tính (PPV) của NIPT trong nghiên cứu hiện tại là 57,6%, được chia thành và phân loại theo các SCA như sau: 21,4% cho hội chứng Turner (45,X), 75,0% cho hội chứng Triple X (47,XXX), 90,9% cho hội chứng Klinefelter (47,XXY), và 75,0% cho hội chứng XYY (47,XYY).
Kết luận
Xét nghiệm SCA dựa trên NIPT không thể được sử dụng như một phương pháp chẩn đoán, và việc thực hiện một xét nghiệm xác nhận xâm lấn trên các trường hợp dương tính với SCA dựa trên NIPT là vô cùng cần thiết.
