Carbohydrate là gì? Các công bố khoa học về Carbohydrate

Bài báo này xem xét các giả định liên quan đến việc tính toán tỷ lệ oxy hóa carbohydrate và chất béo từ các phép đo tiêu thụ O2, sản xuất CO2 và bài tiết nitơ qua nước tiểu. Kết quả sai lệch được chứng minh là có được khi xuất hiện các quá trình trao đổi chất như lipogenesis và gluconeogenesis. Tuy nhiên, các tỷ lệ dường như được tính toán dưới các điều kiện này có thể được hiểu là tỷ lệ "sử dụng" ròng. Do đó, tỷ lệ dường như của oxy hóa carbohydrate là tổng của các tỷ lệ sử dụng cho oxy hóa và cho lipogenesis trừ đi tỷ lệ mà carbohydrate được hình thành từ axit amin. Tỷ lệ dường như của oxy hóa chất béo là sự chênh lệch giữa các tỷ lệ oxy hóa và tổng hợp từ carbohydrate, do đó các tỷ lệ dường như âm được phát hiện ở bệnh nhân truyền glucose thực sự đại diện cho tỷ lệ tổng hợp ròng một cách định lượng. Các quá trình khác như tổng hợp các thể cetone hoặc lactate với tỷ lệ lớn hơn tỷ lệ sử dụng của chúng cũng có thể làm rối loạn các phép tính, nhưng quy mô của hiệu ứng có thể được ước lượng từ các phép đo phù hợp. Các phương pháp điều chỉnh sự trao đổi khí quan sát được trong các trường hợp này được đưa ra.

A new derivation of the GLYCAM06 force field, which removes its previous specificity for carbohydrates, and its dependency on the AMBER force field and parameters, is presented. All pertinent force field terms have been explicitly specified and so no default or generic parameters are employed. The new GLYCAM is no longer limited to any particular class of biomolecules, but is extendible to all molecular classes in the spirit of a small‐molecule force field. The torsion terms in the present work were all derived from quantum mechanical data from a collection of minimal molecular fragments and related small molecules. For carbohydrates, there is now a single parameter set applicable to both α‐ and β‐anomers and to all monosaccharide ring sizes and conformations. We demonstrate that deriving dihedral parameters by fitting to QM data for internal rotational energy curves for representative small molecules generally leads to correct rotamer populations in molecular dynamics simulations, and that this approach removes the need for phase corrections in the dihedral terms. However, we note that there are cases where this approach is inadequate. Reported here are the basic components of the new force field as well as an illustration of its extension to carbohydrates. In addition to reproducing the gas‐phase properties of an array of small test molecules, condensed‐phase simulations employing GLYCAM06 are shown to reproduce rotamer populations for key small molecules and representative biopolymer building blocks in explicit water, as well as crystalline lattice properties, such as unit cell dimensions, and vibrational frequencies. © 2007 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem, 2008