Bioinformatics (Oxford, England)
SCOPUS (1985-2023)
1367-4811
Cơ quản chủ quản: N/A
Lĩnh vực:
Các bài báo tiêu biểu
featureCounts: một chương trình hiệu quả đa năng để phân bổ các đoạn chuỗi vào các đặc điểm gen Dịch bởi AI Tóm tắt
Động lực: Các công nghệ giải trình tự thế hệ tiếp theo tạo ra hàng triệu đoạn chuỗi ngắn, thường được định sẵn vào một bộ gen tham chiếu. Trong nhiều ứng dụng, thông tin chính cần thiết để phân tích hạ nguồn là số lượng đoạn chuỗi ánh xạ tới mỗi đặc điểm gen, ví dụ như mỗi exon hoặc mỗi gen. Quá trình đếm các đoạn chuỗi được gọi là tóm tắt đo... ... hiện toàn bộ
Tập 30 Số 7 - Trang 923-930 - 2014
Geneious Basic: An integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence dataAbstract
Summary: The two main functions of bioinformatics are the organization and analysis of biological data using computational resources. Geneious Basic has been designed to be an easy-to-use and flexible desktop software application framework for the organization and analysis of biological data, with a focus on molecular sequences and related d... ... hiện toàn bộ
Tập 28 Số 12 - Trang 1647-1649 - 2012
fastp: một công cụ tiền xử lý FASTQ siêu nhanh đa năng Dịch bởi AI Tóm tắt
Động lực
Kiểm soát chất lượng và tiền xử lý các tệp FASTQ là rất cần thiết để cung cấp dữ liệu sạch cho các phân tích tiếp theo. Truyền thống, một công cụ khác nhau được sử dụng cho mỗi thao tác, chẳng hạn như kiểm soát chất lượng, cắt adapter và lọc chất lượng. Những côn... ... hiện toàn bộ
Tập 34 Số 17 - Trang i884-i890 - 2018
GenAlEx 6.5: phân tích gen trong Excel. Phần mềm di truyền quần thể cho giảng dạy và nghiên cứu - một bản cập nhật Dịch bởi AI Tóm tắt
Tóm tắt: GenAlEx: Phân tích di truyền trong Excel là một gói phần mềm đa nền tảng cho các phân tích di truyền quần thể chạy trong Microsoft Excel. GenAlEx cung cấp phân tích các loci gen diploid đồng trội, haploid và nhị phân cùng với các chuỗi DNA. Cả phân tích dựa trên tần suất (F-statistics, độ đa dạng dị hợp tử, HWE, phân loại quần thể, m... ... hiện toàn bộ
Tập 28 Số 19 - Trang 2537-2539 - 2012
APE: Phân tích Phylogenetics và Tiến hóa bằng ngôn ngữ R Dịch bởi AI Tóm tắt
Tóm lược: Phân tích Phylogenetics và Tiến hóa (APE) là một gói phần mềm được viết bằng ngôn ngữ R, phục vụ cho việc nghiên cứu tiến hóa phân tử và phylogenetics. APE cung cấp cả các hàm tiện ích để đọc và ghi dữ liệu, cũng như thao tác với các cây phát sinh chủng loài, và cũng nhiều phương pháp nâng cao cho phân tích phylogenetics và tiến hóa... ... hiện toàn bộ
Tập 20 Số 2 - Trang 289-290 - 2004
BUSCO: Đánh giá tính hoàn chỉnh của việc lắp ráp gen và chú thích bằng các ortholog đơn bản sao Dịch bởi AI Tóm tắt
Động lực: Genomics đã cách mạng hóa nghiên cứu sinh học, nhưng việc đánh giá chất lượng của các chuỗi lắp ráp kết quả thì phức tạp và chủ yếu bị giới hạn trong các biện pháp kỹ thuật như N50.
Kết quả: Chúng tôi đề xuất một biện pháp để đánh giá định lượng tính hoàn chỉnh của việc lắp ráp và chú thích gen dựa tr... ... hiện toàn bộ
Tập 31 Số 19 - Trang 3210-3212 - 2015
Blast2GO: công cụ đa năng cho chú thích, trực quan hóa và phân tích trong nghiên cứu gen chức năng Dịch bởi AI Tóm tắt Tóm tắt: Chúng tôi trình bày Blast2GO (B2G), một công cụ nghiên cứu được thiết kế với mục đích chính là cho phép khai thác dữ liệu dựa trên Gene Ontology (GO) trên dữ liệu chuỗi mà chưa có chú thích GO. B2G kết hợp trong một ứng dụng chú thích GO dựa trên tìm kiếm có độ tương đồng với phân tích thống kê và trực quan hóa nổi bật trên các đồ thị có hướng acycl... ... hiện toàn bộ
Tập 21 Số 18 - Trang 3674-3676 - 2005
Minimap2: căn chỉnh cặp cho các chuỗi nucleotide Dịch bởi AI Tóm tắt
Động lực
Các tiến bộ gần đây trong công nghệ giải trình tự hứa hẹn cung cấp các đoạn siêu dài khoảng 100 kb trung bình, các đoạn mRNA hoặc cDNA đầy đủ chiều dài với thông lượng cao và các đoạn gen có độ dài trên 100 Mb. Các chương trình căn chỉnh hiện có không thể hoặc kh... ... hiện toàn bộ
Tập 34 Số 18 - Trang 3094-3100 - 2018
Jalview Phiên bản 2—một công cụ chỉnh sửa và phân tích bố trí chuỗi đa dạng Dịch bởi AI Tóm tắt
Tóm tắt: Jalview Phiên bản 2 là một hệ thống cho việc chỉnh sửa, phân tích và chú thích bố trí chuỗi đa dạng một cách tương tác và WYSIWYG. Các tính năng cốt lõi bao gồm chỉnh sửa dựa trên bàn phím và chuột, nhiều chế độ xem và tổng quan về bố trí, cũng như hiển thị cấu trúc liên kết với Jmol. Jalview 2 có sẵn dưới hai hình thức: một applet J... ... hiện toàn bộ
Tập 25 Số 9 - Trang 1189-1191 - 2009
QUAST: Công cụ đánh giá chất lượng cho các bộ gen Dịch bởi AI Tóm tắt
Tóm tắt: Những hạn chế của các kỹ thuật giải trình tự gen đã dẫn đến hàng chục thuật toán lắp ráp, nhưng không có thuật toán nào là hoàn hảo. Một số phương pháp so sánh các bộ lắp ráp đã được phát triển, nhưng chưa có phương pháp nào được công nhận là tiêu chuẩn. Hơn nữa, hầu hết các phương pháp hiện có để so sánh các bộ lắp ráp chỉ có thể áp... ... hiện toàn bộ
Tập 29 Số 8 - Trang 1072-1075 - 2013