Bioinformatics (Oxford, England)
SCOPUS (1985-2025)
1367-4811
Cơ quản chủ quản: N/A
Các bài báo tiêu biểu
featureCounts: một chương trình hiệu quả đa năng để phân bổ các đoạn chuỗi vào các đặc điểm gen Dịch bởi AI
Tập 30 Số 7 - Trang 923-930 - 2014
Tóm tắt Động lực: Các công nghệ giải trình tự thế hệ tiếp theo tạo ra hàng triệu
đoạn chuỗi ngắn, thường được định sẵn vào một bộ gen tham chiếu. Trong nhiều ứng
dụng, thông tin chính cần thiết để phân tích hạ nguồn là số lượng đoạn chuỗi ánh
xạ tới mỗi đặc điểm gen, ví dụ như mỗi exon hoặc mỗi gen. Quá trình đếm các đoạn
chuỗi được gọi là tóm tắt đoạn chuỗi. Tóm tắt đoạn chuỗi là cần thiết cho nh...
Geneious Basic: An integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data
Tập 28 Số 12 - Trang 1647-1649 - 2012
Abstract Summary: The two main functions of bioinformatics are the organization
and analysis of biological data using computational resources. Geneious Basic
has been designed to be an easy-to-use and flexible desktop software application
framework for the organization and analysis of biological data, with a focus on
molecular sequences and related data types. It integrates numerous
industry-stand...
fastp: một công cụ tiền xử lý FASTQ siêu nhanh đa năng Dịch bởi AI
Tập 34 Số 17 - Trang i884-i890 - 2018
Tóm tắt Động lực Kiểm soát chất lượng và tiền xử lý các tệp FASTQ là rất cần
thiết để cung cấp dữ liệu sạch cho các phân tích tiếp theo. Truyền thống, một
công cụ khác nhau được sử dụng cho mỗi thao tác, chẳng hạn như kiểm soát chất
lượng, cắt adapter và lọc chất lượng. Những công cụ này thường không đủ nhanh vì
hầu hết được phát triển bằng các ngôn ngữ lập trình cấp cao (ví dụ: Python và
Java) và...
GenAlEx 6.5: phân tích gen trong Excel. Phần mềm di truyền quần thể cho giảng dạy và nghiên cứu - một bản cập nhật Dịch bởi AI
Tập 28 Số 19 - Trang 2537-2539 - 2012
Tóm tắt Tóm tắt: GenAlEx: Phân tích di truyền trong Excel là một gói phần mềm đa
nền tảng cho các phân tích di truyền quần thể chạy trong Microsoft Excel.
GenAlEx cung cấp phân tích các loci gen diploid đồng trội, haploid và nhị phân
cùng với các chuỗi DNA. Cả phân tích dựa trên tần suất (F-statistics, độ đa dạng
dị hợp tử, HWE, phân loại quần thể, mối quan hệ) và phân tích dựa trên khoảng
cách (A...
APE: Phân tích Phylogenetics và Tiến hóa bằng ngôn ngữ R Dịch bởi AI
Tập 20 Số 2 - Trang 289-290 - 2004
Tóm tắt Tóm lược: Phân tích Phylogenetics và Tiến hóa (APE) là một gói phần mềm
được viết bằng ngôn ngữ R, phục vụ cho việc nghiên cứu tiến hóa phân tử và
phylogenetics. APE cung cấp cả các hàm tiện ích để đọc và ghi dữ liệu, cũng như
thao tác với các cây phát sinh chủng loài, và cũng nhiều phương pháp nâng cao
cho phân tích phylogenetics và tiến hóa (ví dụ: các phương pháp di truyền so
sánh và dâ...
BUSCO: Đánh giá tính hoàn chỉnh của việc lắp ráp gen và chú thích bằng các ortholog đơn bản sao Dịch bởi AI
Tập 31 Số 19 - Trang 3210-3212 - 2015
Tóm tắt Động lực: Genomics đã cách mạng hóa nghiên cứu sinh học, nhưng việc đánh
giá chất lượng của các chuỗi lắp ráp kết quả thì phức tạp và chủ yếu bị giới hạn
trong các biện pháp kỹ thuật như N50. Kết quả: Chúng tôi đề xuất một biện pháp
để đánh giá định lượng tính hoàn chỉnh của việc lắp ráp và chú thích gen dựa
trên những kỳ vọng có thông tin từ tiến hóa về nội dung gen. Chúng tôi đã triển
kh...
Blast2GO: công cụ đa năng cho chú thích, trực quan hóa và phân tích trong nghiên cứu gen chức năng Dịch bởi AI
Tập 21 Số 18 - Trang 3674-3676 - 2005
Tóm tắtTóm tắt: Chúng tôi trình bày Blast2GO (B2G), một công cụ nghiên cứu được
thiết kế với mục đích chính là cho phép khai thác dữ liệu dựa trên Gene Ontology
(GO) trên dữ liệu chuỗi mà chưa có chú thích GO. B2G kết hợp trong một ứng dụng
chú thích GO dựa trên tìm kiếm có độ tương đồng với phân tích thống kê và trực
quan hóa nổi bật trên các đồ thị có hướng acyclic. Công cụ này cung cấp một nền
...
Minimap2: căn chỉnh cặp cho các chuỗi nucleotide Dịch bởi AI
Tập 34 Số 18 - Trang 3094-3100 - 2018
Tóm tắt Động lực Các tiến bộ gần đây trong công nghệ giải trình tự hứa hẹn cung
cấp các đoạn siêu dài khoảng 100 kb trung bình, các đoạn mRNA hoặc cDNA đầy đủ
chiều dài với thông lượng cao và các đoạn gen có độ dài trên 100 Mb. Các chương
trình căn chỉnh hiện có không thể hoặc không hiệu quả để xử lý dữ liệu như vậy ở
quy mô lớn, điều này đặt ra yêu cầu phát triển các thuật toán căn chỉnh mới. Kết...
Jalview Phiên bản 2—một công cụ chỉnh sửa và phân tích bố trí chuỗi đa dạng Dịch bởi AI
Tập 25 Số 9 - Trang 1189-1191 - 2009
Tóm tắt Tóm tắt: Jalview Phiên bản 2 là một hệ thống cho việc chỉnh sửa, phân
tích và chú thích bố trí chuỗi đa dạng một cách tương tác và WYSIWYG. Các tính
năng cốt lõi bao gồm chỉnh sửa dựa trên bàn phím và chuột, nhiều chế độ xem và
tổng quan về bố trí, cũng như hiển thị cấu trúc liên kết với Jmol. Jalview 2 có
sẵn dưới hai hình thức: một applet Java nhẹ cho việc sử dụng trong các ứng dụng
web,...
QUAST: Công cụ đánh giá chất lượng cho các bộ gen Dịch bởi AI
Tập 29 Số 8 - Trang 1072-1075 - 2013
Tóm tắt Tóm tắt: Những hạn chế của các kỹ thuật giải trình tự gen đã dẫn đến
hàng chục thuật toán lắp ráp, nhưng không có thuật toán nào là hoàn hảo. Một số
phương pháp so sánh các bộ lắp ráp đã được phát triển, nhưng chưa có phương pháp
nào được công nhận là tiêu chuẩn. Hơn nữa, hầu hết các phương pháp hiện có để so
sánh các bộ lắp ráp chỉ có thể áp dụng cho các bộ lắp ráp mới của các gen đã
hoàn...