Jalview Phiên bản 2—một công cụ chỉnh sửa và phân tích bố trí chuỗi đa dạng

Bioinformatics (Oxford, England) - Tập 25 Số 9 - Trang 1189-1191 - 2009
Andrew Waterhouse1, James B Procter1, David Martin1, Michèle Clamp1, Geoffrey J. Barton1
11 School of Life Sciences Research, College of Life Sciences, University of Dundee, Dow Street, Dundee DD1 5EH, UK and 2Broad Institute, 7 Cambridge Center, Cambridge, MA 02142, USA

Tóm tắt

Tóm tắt

Tóm tắt: Jalview Phiên bản 2 là một hệ thống cho việc chỉnh sửa, phân tích và chú thích bố trí chuỗi đa dạng một cách tương tác và WYSIWYG. Các tính năng cốt lõi bao gồm chỉnh sửa dựa trên bàn phím và chuột, nhiều chế độ xem và tổng quan về bố trí, cũng như hiển thị cấu trúc liên kết với Jmol. Jalview 2 có sẵn dưới hai hình thức: một applet Java nhẹ cho việc sử dụng trong các ứng dụng web, và một ứng dụng desktop mạnh mẽ sử dụng dịch vụ web cho việc căn chỉnh chuỗi, dự đoán cấu trúc thứ cấp, và truy xuất các bố trí, chuỗi, chú thích và cấu trúc từ các cơ sở dữ liệu công cộng cùng bất kỳ máy chủ chuỗi hoặc chú thích nào tuân thủ DAS 1.53.

Sự có mặt: Ứng dụng Jalview 2 Desktop và applet JalviewLite được phát hành miễn phí dưới giấy phép GPL, và có thể được tải xuống từ www.jalview.org

Liên hệ: [email protected]

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Barton, 1993, ALSCRIPT: a tool to format multiple sequence alignments, Protein Eng., 6, 37, 10.1093/protein/6.1.37

Blackshields, 2006, Analysis and comparison of benchmarks for multiple sequence alignment, In Silico Biol., 6, 321

Boeckmann, 2003, The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003, Nucleic Acids Res., 31, 365, 10.1093/nar/gkg095

Clamp, 2004, The Jalview Java alignment editor, Bioinformatics, 20, 426, 10.1093/bioinformatics/btg430

Clark, 1992, MALIGNED: a multiple sequence alignment editor, Comput. Appl. Biosci., 8, 535

Cole, 2008, The Jpred 3 secondary structure prediction server, Nucleic Acids Res., 36, W197, 10.1093/nar/gkn238

De Rijk, 1993, DCSE, an interactive tool for sequence alignment and secondary structure research, Comput. Appl. Biosci., 9, 735

De Rijk, 2003, RnaViz 2: an improved representation of RNA secondary structure, Bioinformatics, 19, 299, 10.1093/bioinformatics/19.2.299

Dowell, 2001, The distributed annotation system, BMC Bioinformatics, 2, 7, 10.1186/1471-2105-2-7

Edgar, 2004, MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput, Nucleic Acids Res., 32, 1792, 10.1093/nar/gkh340

Etzold, 1996, SRS: information retrieval system for molecular biology data banks, Methods Enzymol., 266, 114, 10.1016/S0076-6879(96)66010-8

Finn, 2008, The Pfam protein families database, Nucleic Acids Res., 36, D281, 10.1093/nar/gkm960

Galtier, 1996, SEAVIEW and PHYLO_WIN: two graphic tools for sequence alignment and molecular phylogeny, Comput. Appl. Biosci., 12, 543

Ilyin, 2003, ModView, visualization of multiple protein sequences and structures, Bioinformatics, 19, 165, 10.1093/bioinformatics/19.1.165

Johnson, 2003, Protein family annotation in a multiple alignment viewer, Bioinformatics, 19, 544, 10.1093/bioinformatics/btg021

Katoh, 2005, MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment, Nucleic Acids Res., 33, 511, 10.1093/nar/gki198

Notredame, 2007, Recent evolutions of multiple sequence alignment algorithms, PLoS Comput. Biol., 3, e123, 10.1371/journal.pcbi.0030123

Overton, 2008, TarO: a target optimisation system for structural biology, Nucleic Acids Res., 36, W190, 10.1093/nar/gkn141

Pagni, 2007, MyHits: improvements to an interactive resource for analyzing protein sequences, Nucleic Acids Res., 35, W433, 10.1093/nar/gkm352

Parry-Smith, 1998, CINEMA—a novel colour interactive editor for multiple alignments, Gene, 221, GC57, 10.1016/S0378-1119(97)00650-1

Pettifer, 2004, UTOPIA-user-friendly tools for operating informatics applications, Comp. Funct. Genomics, 5, 56, 10.1002/cfg.359

Pillai, 2005, SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute, Nucleic Acids Res., 33, W25, 10.1093/nar/gki491

Prlic, 2007, Integrating sequence and structural biology with DAS, BMC Bioinformatics, 8, 333, 10.1186/1471-2105-8-333

Raghava, 2003, OXBench: a benchmark for evaluation of protein multiple sequence alignment accuracy, BMC Bioinformatics, 4, 47, 10.1186/1471-2105-4-47

Stockwell, 1987, HOMED: a homologous sequence editor, Comput. Appl. Biosci., 3, 37

Thompson, 1994, CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice, Nucleic Acids Res., 22, 4673, 10.1093/nar/22.22.4673

Thompson, 1997, The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools, Nucleic Acids Res., 25, 4876, 10.1093/nar/25.24.4876

Thompson, 2006, MACSIMS: multiple alignment of complete sequences information management system, BMC Bioinformatics, 7, 318, 10.1186/1471-2105-7-318