Blast2GO: công cụ đa năng cho chú thích, trực quan hóa và phân tích trong nghiên cứu gen chức năng
Tóm tắt
Tóm tắt: Chúng tôi trình bày Blast2GO (B2G), một công cụ nghiên cứu được thiết kế với mục đích chính là cho phép khai thác dữ liệu dựa trên Gene Ontology (GO) trên dữ liệu chuỗi mà chưa có chú thích GO. B2G kết hợp trong một ứng dụng chú thích GO dựa trên tìm kiếm có độ tương đồng với phân tích thống kê và trực quan hóa nổi bật trên các đồ thị có hướng acyclic. Công cụ này cung cấp một nền tảng phù hợp cho nghiên cứu gen chức năng ở các loài không phải mô hình. B2G là một ứng dụng máy tính để bàn trực quan và tương tác, cho phép theo dõi và hiểu toàn bộ quá trình chú thích và phân tích.
Tính khả dụng: Blast2GO có sẵn miễn phí qua Java Web Start tại http://www.blast2go.de
Tài liệu bổ sung: http://www.blast2go.de -> Đánh giá
Liên hệ: [email protected]; [email protected]
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Al-Shahrour, F., et al. 2004FatiGO: a web tool for finding significant associations of Gene Ontology terms with groups of genes. Bioinformatics20578–580
Altschul, S.F., et al. 1990Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol.215403–410
Ashburner, M., et al. 2000Gene Ontology: tool for the unification of biology. Nat. Genet.2525–29
Blüthgen, N., Brand, K., Cajavec, B., Swat, M., Herzel, H., Beule, D. 2004Biological Profiling of Gene Groups utilizing Gene Ontology – A Statistical Framework. arXiv:q-bio.GN/040703411
Doniger, S., et al. 2003MAPPFinder: using Gene Ontology and GenMAPP to create a global gene-expression profile from microarray data. Genome Biol.4R7
Groth, D., et al. 2004GOblet: a platform for Gene Ontology annotation of anonymous sequence data. Nucleic Acids Res.32313–317
Khan, S., et al. 2003GoFigure: automated Gene OntologyTM annotation. Bioinformatics192484–2485
Martin, D., et al. 2004GOtcha: a new method for prediction of protein function assessed by the annotation of seven genomes. BMC Bioinformatics5178