Springer Science and Business Media LLC

ACPYPE (hay AnteChamber PYthon Parser interfacE) là một script bọc quanh phần mềm ANTECHAMBER giúp đơn giản hóa việc tạo ra các topology và tham số phân tử nhỏ cho nhiều chương trình động lực phân tử như GROMACS, CHARMM và CNS. Nó được viết bằng ngôn ngữ lập trình Python và được phát triển như một công cụ để kết nối với các ứng dụng khác dựa trên Python như bộ phần mềm CCPN (cho phân tích dữ liệu NMR) và ARIA (cho tính toán cấu trúc từ dữ liệu NMR). ACPYPE là mã nguồn mở, theo giấy phép GNU GPL v3, và có sẵn như một ứng dụng độc lập tại http://www.ccpn.ac.uk/acpype và như một ứng dụng cổng web tại http://webapps.ccpn.ac.uk/acpype.

Chúng tôi đã xác minh các topology được tạo ra bởi ACPYPE theo ba cách: so sánh với các topology AMBER mặc định cho các axit amin tiêu chuẩn; tạo ra và xác minh topology cho một tập hợp lớn các ligand từ PDB; và tính lại cấu trúc cho 5 phức hợp protein-ligand từ PDB.

ACPYPE là một công cụ giúp đơn giản hóa việc tự động tạo ra topology và tham số trong các định dạng khác nhau cho các chương trình cơ học phân tử khác nhau, bao gồm tính toán điện tích phân phần, trong khi vẫn hướng đối tượng để dễ dàng tích hợp với các ứng dụng khác.

Các bệnh nhân ngày càng tìm kiếm thông tin trên Internet về các tình trạng y tế, bao gồm tin tức lâm sàng và các phương pháp điều trị. Trong những năm gần đây, một cộng đồng bệnh nhân trực tuyến đã ra đời bên cạnh thế giới mạng xã hội đang phát triển nhanh chóng, hay còn gọi là “Web 2.0.” Twitter cung cấp việc truyền tải tin tức, thông tin, trải nghiệm cá nhân và các chi tiết khác theo thời gian thực thông qua một hình thức mạng xã hội tương tác cao, và đã trở thành một công cụ trực tuyến quan trọng cho các bệnh nhân. Phương tiện này hiện được coi là đóng vai trò quan trọng trong cộng đồng xã hội hiện đại của các bệnh nhân ung thư trực tuyến, “có kết nối.”

Năm mươi một “tài khoản quyền lực” có ảnh hưởng cao thuộc về các bệnh nhân ung thư đã được trích xuất từ một bộ dữ liệu gồm 731 tài khoản Twitter có thuật ngữ ung thư trong hồ sơ của họ. Theo phương pháp đã được thiết lập trước đó, “tài khoản quyền lực” được định nghĩa là những tài khoản Twitter có 500 người theo dõi trở lên. Chúng tôi đã trích xuất dữ liệu về bệnh nhân ung thư (nữ) có nhiều người theo dõi nhất để nghiên cứu các mối quan hệ cụ thể giữa người dùng và những người theo dõi cô ấy, và nhận thấy rằng phần lớn các tweet được khảo sát tập trung vào lời chào, các cuộc thảo luận về điều trị, và những trường hợp hỗ trợ tâm lý khác. Những phát hiện này đã đi ngược lại giả thuyết của chúng tôi rằng các tweet của bệnh nhân ung thư sẽ xoay quanh việc truyền tải thông tin y tế và các chi tiết “tin tức” tương tự.

Hiện tại, tồn tại một mạng lưới đang phát triển nhanh chóng của các bệnh nhân ung thư tham gia vào việc trao đổi thông tin qua Twitter. Mạng lưới này có giá trị trong việc chia sẻ hỗ trợ tâm lý giữa cộng đồng bệnh nhân ung thư.