Springer Science and Business Media LLC
Công bố khoa học tiêu biểu
* Dữ liệu chỉ mang tính chất tham khảo
Sắp xếp:
Nghiên cứu các gen hen suyễn được sao chép cao như các gen ứng cử cho viêm mũi dị ứng Dịch bởi AI
Springer Science and Business Media LLC - Tập 14 - Trang 1-9 - 2013
Di truyền học hen suyễn đã được nghiên cứu rộng rãi và nhiều gen đã được liên kết với sự phát triển hoặc mức độ nghiêm trọng của căn bệnh này. Ngược lại, cơ sở di truyền của viêm mũi dị ứng (AR) chưa được đánh giá nhiều như vậy. Người ta đã biết rằng hen suyễn có liên quan chặt chẽ với AR, vì một tỷ lệ lớn cá nhân mắc hen suyễn cũng có triệu chứng của AR, và bệnh nhân mắc AR có nguy cơ phát triển hen suyễn cao gấp 5-6 lần. Do đó, mức độ liên quan của các gen ứng cử hen suyễn như các yếu tố dễ mắc cần được điều tra. Nghiên cứu hiện tại được thiết kế để điều tra xem các SNP trong các gen hen suyễn được sao chép cao có liên quan đến sự xuất hiện của AR hay không. Tổng cộng có 192 SNP từ 21 gen ứng cử hen suyễn đã được báo cáo có liên quan đến hen suyễn trong 6 nghiên cứu không có liên quan đã được genotyped trên một quần thể Thụy Điển với 246 bệnh nhân AR và 431 đối chứng. Các kiểu gen cho 429 SNP từ cùng một tập hợp gen cũng được trích xuất từ một tập dữ liệu toàn bộ bộ gen của người Hoa ở Singapore, bao gồm 456 trường hợp AR và 486 đối chứng. Tất cả các SNP sau đó đã được phân tích để xác định mối liên hệ với AR và ảnh hưởng của chúng đến sự nhạy cảm dị ứng với các tác nhân dị ứng thông thường. Một số lượng hạn chế các mối liên quan tiềm năng đã được quan sát thấy và mẫu P-value tổng thể phù hợp tốt với các kỳ vọng trong trường hợp không có hiệu ứng. Tuy nhiên, trong các thử nghiệm về hiệu ứng alen ở quần thể Trung Quốc, số lượng P-value có ý nghĩa vượt quá những kỳ vọng. Các dấu hiệu mạnh mẽ nhất được tìm thấy cho SNP trong NPSR1 và CTLA4. Trong các gen này, tổng cộng có chín SNP cho thấy P-value <0,001 với các Q-value tương ứng <0,05. Trong gen NPSR1, một số P-value thấp hơn mức điều chỉnh Bonferroni. Phân tích lại sau khi loại bỏ tất cả các bệnh nhân có triệu chứng hen suyễn đã loại trừ hen suyễn như một yếu tố gây nhiễu trong kết quả của chúng tôi. Các chỉ báo yếu hơn được tìm thấy cho IL13 và GSTP1 về việc nhạy cảm với phấn hoa bạch dương trong quần thể Thụy Điển. Biến đổi di truyền ở phần lớn các gen hen suyễn được sao chép cao không liên quan đến AR trong các quần thể của chúng tôi, cho thấy rằng hen suyễn và AR có thể có ít điểm chung hơn trước đây đã được dự đoán. Tuy nhiên, NPSR1 và CTLA4 có thể là các liên kết di truyền giữa AR và hen suyễn và các liên kết của các đa hình trong NPSR1 với AR chưa được báo cáo trước đây.
#hen suyễn #viêm mũi dị ứng #SNP #gen #di truyền học
Frank-ter Haar syndrome associated with sagittal craniosynostosis and raised intracranial pressure
Springer Science and Business Media LLC - Tập 13 - Trang 1-8 - 2012
Frank-ter Haar syndrome is a rare disorder associated with skeletal, cardiac, ocular and craniofacial features including hypertelorism and brachycephaly. The most common underlying genetic defect in Frank-ter Haar syndrome appears to be a mutation in the SH3PXD2B gene on chromosome 5q35.1. Craniosynostosis, or premature fusion of the calvarial sutures, has not previously been described in Frank-ter Haar syndrome. We present a family of three affected siblings born to consanguineous parents with clinical features in keeping with a diagnosis of Frank-ter Haar syndrome. All three siblings have a novel mutation caused by the deletion of exon 13 of the SH3PXD2B gene. Two of the three siblings also have non-scaphocephalic sagittal synostosis associated with raised intracranial pressure. The clinical features of craniosynostosis and raised intracranial pressure in this family with a confirmed diagnosis of Frank-ter Haar syndrome expand the clinical spectrum of the disease. The abnormal cranial proportions in a mouse model of the disease suggests that the association is not coincidental. The possibility of craniosynostosis should be considered in individuals with a suspected diagnosis of Frank-ter Haar syndrome.
Biến thể số lượng bản sao có mối tương quan cao với biểu hiện gen khác biệt: một nghiên cứu toàn diện về ung thư Dịch bởi AI Tóm tắt
Đặt vấn đề
Phương pháp
Kết quả
Springer Science and Business Media LLC - Tập 20 Số 1 - 2019
Ung thư là một bệnh lý đa dạng với nhiều biến thể di truyền. Các dòng chứng cứ đã chỉ ra rằng sự biến đổi số lượng bản sao (CNVs) của một số gen tham gia vào việc phát triển và tiến triển của nhiều loại ung thư thông qua sự thay đổi mức độ biểu hiện gen của từng loại ung thư hoặc nhiều loại ung thư khác nhau. Tuy nhiên, nó vẫn chưa rõ liệu mối tương quan này có phải là một hiện tượng chung giữa nhiều loại ung thư hay không.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã áp dụng một phương pháp sinh tin học tích hợp CNV và biểu hiện gen khác biệt một cách toán học trên 1025 dòng tế bào và 9159 mẫu bệnh nhân để phát hiện mối quan hệ tiềm năng của chúng.
Kết quả của chúng tôi cho thấy có một mối tương quan chặt chẽ giữa CNV và biểu hiện gen khác biệt và số lượng bản sao thể hiện một ảnh hưởng tuyến tính tích cực lên biểu hiện gen cho phần lớn các gen, cho thấy rằng sự biến đổi di truyền tạo ra một hiệu ứng trực tiếp lên mức độ phiên mã gen. Một tập dữ liệu độc lập khác được sử dụng để xác nhận lại mối quan hệ giữa số lượng bản sao và mức độ biểu hiện. Phân tích thêm cho thấy các gen có ảnh hưởng tuyến tính tích cực chung lên biểu hiện gen được nhóm trong những con đường liên quan đến bệnh tật nhất định, điều này gợi ý sự tham gia của CNV vào bệnh sinh của các bệnh lý.
#Biến thể số lượng bản sao #biểu hiện gen #ung thư #sinh tin học #di truyền học.
Association of autism with polymorphisms in the paired-like homeodomain transcription factor 1 (PITX1) on chromosome 5q31: a candidate gene analysis
Springer Science and Business Media LLC - Tập 8 - Trang 1-8 - 2007
Autism is a complex, heterogeneous, behaviorally-defined disorder characterized by disruptions of the nervous system and of other systems such as the pituitary-hypothalamic axis. In a previous genome wide screen, we reported linkage of autism with a 1.2 Megabase interval on chromosome 5q31. For the current study, we hypothesized that 3 of the genes in this region could be involved in the development of autism: 1) paired-like homeodomain transcription factor 1 (PITX1), which is a key regulator of hormones within the pituitary-hypothalamic axis, 2) neurogenin 1, a transcription factor involved in neurogenesis, and 3) histone family member Y (H2AFY), which is involved in X-chromosome inactivation in females and could explain the 4:1 male:female gender distortion present in autism. A total of 276 families from the Autism Genetic Resource Exchange (AGRE) repository composed of 1086 individuals including 530 affected children were included in the study. Single nucleotide polymorphisms tagging the three candidate genes were genotyped on the initial linkage sample of 116 families. A second step of analysis was performed using tightly linked SNPs covering the PITX1 gene. Association was evaluated using the FBAT software version 1.7.3 for single SNP analysis and the HBAT command from the same package for haplotype analysis respectively. Association between SNPs and autism was only detected for PITX1. Haplotype analysis within PITX1 showed evidence for overtransmission of the A-C haplotype of markers rs11959298 – rs6596189 (p = 0.0004). Individuals homozygous or heterozygous for the A-C haplotype risk allele were 2.54 and 1.59 fold more likely to be autistic than individuals who were not carrying the allele, respectively. Strong and consistent association was observed between a 2 SNPs within PITX1 and autism. Our data suggest that PITX1, a key regulator of hormones within the pituitary-hypothalamic axis, may be implicated in the etiology of autism.
Whole-exome sequencing identifies a novel mutation in spermine synthase gene (SMS) associated with Snyder-Robinson Syndrome
Springer Science and Business Media LLC - Tập 21 - Trang 1-7 - 2020
Loss of function mutations in the spermine synthase gene (SMS) have been reported to cause a rare X-linked intellectual disability known as Snyder-Robinson Syndrome (SRS). Besides intellectual disability, SRS is also characterized by reduced bone density, osteoporosis and facial dysmorphism. SRS phenotypes evolve with age from childhood to adulthood. Whole exome sequencing was performed to know the causative gene/pathogenic variant. Later we confirmed the pathogenic variant through Sanger sequencing. Furthermore, we also performed the mutational analysis through HOPE SERVER and SWISS-MODEL. Also, radiographs were also obtained for affected individual to confirm the disease features. In this article, we report the first Pakistani family consisting of three patients with SRS and a novel missense pathogenic variant in the SMS gene (c.905 C > T p.(Ser302Leu)). In addition to the typical phenotypes, one patient presented with early-onset seizures. Clinical features, genetic and in-silico analysis linked the affected patients of the family with Snyder-Robinson and suggest that this novel mutation affects the spermine synthase activity. A novel missense variant in the SMS, c.905C > T p. (Ser302Leu), causing Snyder- Robinson Syndrome (SRS) is reported in three members of Pakistani Family.
Susceptibility to type 1 diabetes conferred by the PTPN22C1858T polymorphism in the Spanish populationAbstract
Background
Methods
Results
Conclusion
Springer Science and Business Media LLC - Tập 8 Số 1 - 2007
The protein tyrosine phosphatase N22 gene (
A case-control was performed with 316 Spanish white T1D patients consecutively recruited and 554 healthy controls, all of them from the Madrid area. The
We replicated for the first time in a Spanish population the association of the 1858T allele with an increased risk for developing T1D [carriers of allele T vs. CC: OR (95%) = 1.73 (1.17–2.54); p = 0.004]. Furthermore, this allele showed a significant association in female patients with diabetes onset before age 16 years [carriers of allele T vs. CC: OR (95%) = 2.95 (1.45–6.01), female patients vs female controls p = 0.0009]. No other association in specific subgroups stratified for gender, HLA susceptibility or age at onset were observed.
Our results provide evidence that the
MS-MLPA analysis for FMR1 gene: evaluation in a routine diagnostic setting
Springer Science and Business Media LLC - - 2013
Genetics, sleep and memory: a recall-by-genotype study of ZNF804A variants and sleep neurophysiology
Springer Science and Business Media LLC - Tập 16 - Trang 1-8 - 2015
Schizophrenia is a complex, polygenic disorder for which over 100 genetic variants have been identified that correlate with diagnosis. However, the biological mechanisms underpinning the different symptom clusters remain undefined. The rs1344706 single nucleotide polymorphism within ZNF804A was among the first genetic variants found to be associated with schizophrenia. Previously, neuroimaging and cognitive studies have revealed several associations between rs1344706 and brain structure and function. The aim of this study is to use a recall-by-genotype (RBG) design to investigate the biological basis for the association of ZNF804A variants with schizophrenia. A RBG study, implemented in a population cohort, will be used to evaluate the impact of genetic variation at rs1344706 on sleep neurophysiology and procedural memory consolidation in healthy participants. Participants will be recruited from the Avon Longitudinal Study of Parents and Children (ALSPAC) on the basis of genotype at rs1344706 (n = 24). Each participant will be asked to take part in two nights of in-depth sleep monitoring (polysomnography) allowing collection of neurophysiological sleep data in a manner not amenable to large-scale study. Sleep questionnaires will be used to assess general sleep quality and subjective sleep experience after each in-house recording. A motor sequencing task (MST) will be performed before and after the second night of polysomnography. In order to gather additional data about habitual sleep behaviour participants will be asked to wear a wrist worn activity monitor (actiwatch) and complete a sleep diary for two weeks. This study will explore the biological function of ZNF804A genotype (rs1344706) in healthy volunteers by examining detailed features of sleep architecture and physiology in relation to motor learning. Using a RBG approach will enable us to collect precise and detailed phenotypic data whilst achieving an informative biological gradient. It would not be feasible to collect such data in the large sample sizes that would be required under a random sampling scheme. By dissecting the role of individual variants associated with schizophrenia in this way, we can begin to unravel the complex genetic mechanisms of psychiatric disorders and pave the way for future development of novel therapeutic approaches.
Chromosomal abnormalities in spontaneous abortion after assisted reproductive treatment
Springer Science and Business Media LLC - Tập 11 - Trang 1-6 - 2010
We evaluated cytogenetic results occurring with first trimester pregnancy loss, and assessed the type and frequency of chromosomal abnormalities after assisted reproductive treatment (ART) and compared them with a control group. We also compared the rate of chromosomal abnormalities according to infertility causes in ICSI group. A retrospective cohort analysis was made of all patients who were referred to the Genetics Laboratory of Fertility Center of CHA Gangnam Medical Center from 2005 to 2009 because of clinical abortion with a subsequent dilation and evacuation (D&E) performed, and patients were grouped by type of conception as follows: conventional IVF (in vitro fertilization) (n = 114), ICSI (intracytoplasmic sperm injection) (n = 140), and control (natural conception or intrauterine insemination [IUI]) (n = 128). Statistical analysis was performed using SPSS software. A total 406 specimens were referred to laboratory, ten abortuses were excluded, and in 14 cases, we did not get any spontaneous metaphase, chromosomal constitutions of 382 specimens were successfully obtained with conventional cytogenetic methods. Overall, 52.62% of the miscarriages were found to be cytogenetically abnormal among all patients, the frequency was 48.4% in the control group, 54.3% of miscarriages after ICSI and 55.3% after conventional IVF (p = 0.503). The most prevalent abnormalities were autosomal trisomy, however, nine (11.69%) sex chromosome aneuploidy were noted in the ICSI group vs. four (6.45%) and two (3.23%) cases in the conventional IVF group and control group. We compared chromosomal abnormalities of miscarriages after ICSI according to infertility factor. 55.71% underwent ICSI due to male factors, 44.29% due to non-male factors. ICSI group having male factors showed significantly higher risk of chromosomal abnormalities than ICSI group having non-male factors (65.8% vs. 34.2%, p = 0.009, odds ratio = 1.529, 95% CI = 1.092-2.141). There is no increased risk of chromosomal abnormalities due to ART was found with the exception of a greater number of sex chromosomal abnormalities in the ICSI group with male factor infertility. Therefore, these alterations could be correlated with the underlying parental risk of abnormalities and not with the ICSI procedure itself.
Association of vitamin D receptor polymorphisms with the risk of prostate cancer in the Han population of Southern China
Springer Science and Business Media LLC - - 2009
Molecular epidemiological studies have shown that gene polymorphisms of vitamin D receptor (VDR) are associated with prostate cancer risks. However, previous results from many molecular studies remain inconsistent. Blood samples were collected from 122 prostate cancer patients and 130 age-matched control subjects in the Han population of Southern China. The differences of VDR gene polymorphism between cancer cases and controls were determined by PCR-RFLP, examiming FokI (exon 2), BsmI, Tru9I, ApaI (intron 9), and TaqI (exon 9). Associations between the VDR gene polymorphism and prostate cancer risk were calculated in an unconditional logistic regression model. Linkage disequilibrium and haplotypes were analyzed with the SHEsis software. Of five polymorphisms, BsmI was shown to associate with prostate cancer, while FokI, Tru9I, ApaI, and TaqI did not show any significant association. After adjustment for age, the BsmI 'B' allele was associated with an almost 1/3-fold risk (OR = 0.35, 95%CI: 0.15-0.80) of the occurrence of prostate cancer, a 1/5-fold risk (OR = 0.20, 95%CI: 0.06-0.68) of poorly differentiated prostate cancer, and a 1/10-fold risk (OR = 0.10, 95%CI: 0.01-0.78) of aggressive prostate cancer compared with the 'b' allele, especially among older men (>71 years). In addition, haplotype analysis revealed that the 'F-b-U-A-T' was more frequent found in cases than in controls (3.4% vs 0.0%, P = 0.0035), while the frequency of haplotype 'F-B-U-a-T' was 0.8% in cases, significantly lower than in controls (3.9%, P = 0.019). Our experiments provide evidences that genetic polymorphisms in the VDR gene may be potential risk factors for prostate cancer in the Han population of southern China and the susceptibility to prostate cancer is associated with ethnicity and geographic location.
Tổng số: 1,577
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 10