Nature Microbiology

Các cộng đồng vi sinh vật đóng vai trò thiết yếu trong chức năng của hệ sinh thái. Một mục tiêu chính của các nghiên cứu metagenomic là phân tích các con đường chuyển hoá đặc hiệu của sinh vật và tái cấu trúc các mạng tương tác trong cộng đồng. Điều này yêu cầu phải gán chính xác các mảnh genome đã ghép nối vào các bộ gen. Các phương pháp phân loại hiện tại thường không thể tái cấu trúc một số lượng hợp lý các bộ gen và báo cáo nhiều nhóm (bins) có chất lượng và độ hoàn chỉnh thấp. Hơn nữa, hiệu suất của các thuật toán hiện có thay đổi giữa các mẫu và sinh cảnh khác nhau. Tại đây, chúng tôi giới thiệu một chiến lược hạn chế, tổng hợp và đánh giá, gọi là DAS Tool, kết hợp những ưu điểm của một tập hợp linh hoạt các thuật toán phân loại đã được thiết lập. DAS Tool áp dụng cho một cộng đồng được xây dựng đã tạo ra nhiều bins chính xác hơn bất kỳ phương pháp tự động nào. Thực tế, khi được áp dụng cho các mẫu môi trường và mẫu liên quan đến chủ thể với độ phức tạp khác nhau, DAS Tool đã khôi phục được nhiều bộ gen gần như hoàn chỉnh hơn đáng kể, bao gồm cả các nhánh chưa được báo cáo trước đó, so với bất kỳ phương pháp phân loại đơn lẻ nào. Năng lực tái cấu trúc nhiều bộ gen gần như hoàn chỉnh từ dữ liệu metagenomics sẽ thúc đẩy mạnh mẽ các phân tích tập trung vào bộ gen của các hệ sinh thái.