Bioinformatics
SCOPUS (1999-2022)SCIE-ISI
1367-4803
1460-2059
Anh Quốc
Cơ quản chủ quản: OXFORD UNIV PRESS , Oxford University Press
Lĩnh vực:
Computer Science ApplicationsMolecular BiologyStatistics and ProbabilityBiochemistryComputational Theory and MathematicsComputational Mathematics
Các bài báo tiêu biểu
The Sequence Alignment/Map format and SAMtoolsAbstract
Summary: The Sequence Alignment/Map (SAM) format is a generic alignment format for storing read alignments against reference sequences, supporting short and long reads (up to 128 Mbp) produced by different sequencing platforms. It is flexible in style, compact in size, efficient in random access and is the format in which alignments from the... ... hiện toàn bộ
Tập 25 Số 16 - Trang 2078-2079 - 2009
Trimmomatic: một công cụ cắt linh hoạt cho dữ liệu chuỗi Illumina Dịch bởi AI Tóm tắt
Động lực: Mặc dù đã có nhiều công cụ xử lý dữ liệu đọc từ giải trình tự thế hệ mới (NGS), chúng tôi vẫn không tìm thấy công cụ nào hoặc sự kết hợp của các công cụ đáp ứng yêu cầu của chúng tôi về tính linh hoạt, khả năng xử lý chính xác dữ liệu cặp đầu và hiệu suất cao. Chúng tôi đã phát triển Trimmomatic như một công cụ xử lý dữ liệu đầu vào... ... hiện toàn bộ
Tập 30 Số 15 - Trang 2114-2120 - 2014
Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transformAbstract
Motivation: The enormous amount of short reads generated by the new DNA sequencing technologies call for the development of fast and accurate read alignment programs. A first generation of hash table-based methods has been developed, including MAQ, which is accurate, feature rich and fast enough to align short reads from a single individual.... ... hiện toàn bộ
Tập 25 Số 14 - Trang 1754-1760 - 2009
STAR: ultrafast universal RNA-seq alignerAbstract
Motivation: Accurate alignment of high-throughput RNA-seq data is a challenging and yet unsolved problem because of the non-contiguous transcript structure, relatively short read lengths and constantly increasing throughput of the sequencing technologies. Currently available RNA-seq aligners suffer from high mapping error rates, low mapping ... ... hiện toàn bộ
Tập 29 Số 1 - Trang 15-21 - 2013
edgeR: một gói Bioconductor cho phân tích biểu hiện khác biệt của dữ liệu biểu hiện gen số Dịch bởi AI Tóm tắt
Tóm tắt: Dự kiến các công nghệ biểu hiện gen số (DGE) mới nổi sẽ vượt qua công nghệ chip vi thể trong tương lai gần cho nhiều ứng dụng trong gen học chức năng. Một trong những nhiệm vụ phân tích dữ liệu cơ bản, đặc biệt cho các nghiên cứu biểu hiện gen, liên quan đến việc xác định liệu có bằng chứng cho thấy sự khác biệt ở số lượng của một bả... ... hiện toàn bộ
Tập 26 Số 1 - Trang 139-140 - 2010
RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogeniesAbstract
Motivation: Phylogenies are increasingly used in all fields of medical and biological research. Moreover, because of the next-generation sequencing revolution, datasets used for conducting phylogenetic analyses grow at an unprecedented pace. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) is a popular program for phylogenetic analyses of la... ... hiện toàn bộ
Tập 30 Số 9 - Trang 1312-1313 - 2014
MrBayes 3: Suy luận phát sinh loài Bayesian dưới các mô hình hỗn hợp Dịch bởi AI Tóm tắt
Tóm lược: MrBayes 3 thực hiện phân tích phát sinh loài Bayesian kết hợp thông tin từ các phần dữ liệu hoặc các phân tập khác nhau tiến hóa dưới các mô hình tiến hóa ngẫu nhiên khác nhau. Điều này cho phép người dùng phân tích các tập dữ liệu không đồng nhất bao gồm các loại dữ liệu khác nhau—ví dụ: hình thái, nucleotide và protein—và khám phá... ... hiện toàn bộ
Tập 19 Số 12 - Trang 1572-1574 - 2003
#phân tích phát sinh loài Bayesian #mô hình hỗn hợp #dữ liệu không đồng nhất #song song hóa #phát sinh loài
Clustal W and Clustal X version 2.0Abstract
Summary: The Clustal W and Clustal X multiple sequence alignment programs have been completely rewritten in C++. This will facilitate the further development of the alignment algorithms in the future and has allowed proper porting of the programs to the latest versions of Linux, Macintosh and Windows operating systems.
...... hiện toàn bộ
Tập 23 Số 21 - Trang 2947-2948 - 2007
BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic featuresAbstract
Motivation: Testing for correlations between different sets of genomic features is a fundamental task in genomics research. However, searching for overlaps between features with existing web-based methods is complicated by the massive datasets that are routinely produced with current sequencing technologies. Fast and flexible tools are there... ... hiện toàn bộ
Tập 26 Số 6 - Trang 841-842 - 2010
MRBAYES: Xác suất Bayes Suy luận cây tiến hóa Dịch bởi AI Tóm tắt Tóm tắt: Chương trình MRBAYES thực hiện suy luận Bayes của phả hệ bằng cách sử dụng một biến thể của thuật toán Monte Carlo chuỗi Markov. Khả dụng: MRBAYES, bao gồm mã nguồn, tài liệu, các tệp dữ liệu mẫu và một tệp thực thi, có sẵn tại http://brahms.biology.rochester.edu/software.html.
Tập 17 Số 8 - Trang 754-755 - 2001
#Bayesian inference #phylogeny #Markov chain Monte Carlo #MRBAYES #software availability