Bioinformatics
SCOPUS (1999-2022)SCIE-ISI
1367-4803
1460-2059
Anh Quốc
Cơ quản chủ quản: OXFORD UNIV PRESS , Oxford University Press
Lĩnh vực:
Computer Science ApplicationsMolecular BiologyStatistics and ProbabilityBiochemistryComputational Theory and MathematicsComputational Mathematics
Phân tích ảnh hưởng
Các bài báo tiêu biểu
The Sequence Alignment/Map format and SAMtools
Tập 25 Số 16 - Trang 2078-2079 - 2009
Abstract Summary: The Sequence Alignment/Map (SAM) format is a generic alignment
format for storing read alignments against reference sequences, supporting short
and long reads (up to 128 Mbp) produced by different sequencing platforms. It is
flexible in style, compact in size, efficient in random access and is the format
in which alignments from the 1000 Genomes Project are released. SAMtools
imp...
Trimmomatic: một công cụ cắt linh hoạt cho dữ liệu chuỗi Illumina Dịch bởi AI
Tập 30 Số 15 - Trang 2114-2120 - 2014
Tóm tắt Động lực: Mặc dù đã có nhiều công cụ xử lý dữ liệu đọc từ giải trình tự
thế hệ mới (NGS), chúng tôi vẫn không tìm thấy công cụ nào hoặc sự kết hợp của
các công cụ đáp ứng yêu cầu của chúng tôi về tính linh hoạt, khả năng xử lý
chính xác dữ liệu cặp đầu và hiệu suất cao. Chúng tôi đã phát triển Trimmomatic
như một công cụ xử lý dữ liệu đầu vào linh hoạt và hiệu quả hơn, có khả năng xử
lý ch...
Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform
Tập 25 Số 14 - Trang 1754-1760 - 2009
Abstract Motivation: The enormous amount of short reads generated by the new DNA
sequencing technologies call for the development of fast and accurate read
alignment programs. A first generation of hash table-based methods has been
developed, including MAQ, which is accurate, feature rich and fast enough to
align short reads from a single individual. However, MAQ does not support gapped
alignment ...
STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
Tập 29 Số 1 - Trang 15-21 - 2013
Abstract Motivation: Accurate alignment of high-throughput RNA-seq data is a
challenging and yet unsolved problem because of the non-contiguous transcript
structure, relatively short read lengths and constantly increasing throughput of
the sequencing technologies. Currently available RNA-seq aligners suffer from
high mapping error rates, low mapping speed, read length limitation and mapping
biases...
edgeR: một gói Bioconductor cho phân tích biểu hiện khác biệt của dữ liệu biểu hiện gen số Dịch bởi AI
Tập 26 Số 1 - Trang 139-140 - 2010
Tóm tắt Tóm tắt: Dự kiến các công nghệ biểu hiện gen số (DGE) mới nổi sẽ vượt
qua công nghệ chip vi thể trong tương lai gần cho nhiều ứng dụng trong gen học
chức năng. Một trong những nhiệm vụ phân tích dữ liệu cơ bản, đặc biệt cho các
nghiên cứu biểu hiện gen, liên quan đến việc xác định liệu có bằng chứng cho
thấy sự khác biệt ở số lượng của một bản sao hoặc exon giữa các điều kiện thí
nghiệm ha...
RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies
Tập 30 Số 9 - Trang 1312-1313 - 2014
Abstract Motivation: Phylogenies are increasingly used in all fields of medical
and biological research. Moreover, because of the next-generation sequencing
revolution, datasets used for conducting phylogenetic analyses grow at an
unprecedented pace. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) is a
popular program for phylogenetic analyses of large datasets under maximum
likelihood. Since the...
MrBayes 3: Suy luận phát sinh loài Bayesian dưới các mô hình hỗn hợp Dịch bởi AI
Tập 19 Số 12 - Trang 1572-1574 - 2003
Tóm tắt Tóm lược: MrBayes 3 thực hiện phân tích phát sinh loài Bayesian kết hợp
thông tin từ các phần dữ liệu hoặc các phân tập khác nhau tiến hóa dưới các mô
hình tiến hóa ngẫu nhiên khác nhau. Điều này cho phép người dùng phân tích các
tập dữ liệu không đồng nhất bao gồm các loại dữ liệu khác nhau—ví dụ: hình thái,
nucleotide và protein—và khám phá nhiều loại mô hình cấu trúc kết hợp tham số
duy...
#phân tích phát sinh loài Bayesian #mô hình hỗn hợp #dữ liệu không đồng nhất #song song hóa #phát sinh loài
Clustal W and Clustal X version 2.0
Tập 23 Số 21 - Trang 2947-2948 - 2007
Abstract Summary: The Clustal W and Clustal X multiple sequence alignment
programs have been completely rewritten in C++. This will facilitate the further
development of the alignment algorithms in the future and has allowed proper
porting of the programs to the latest versions of Linux, Macintosh and Windows
operating systems. Availability: The programs can be run on-line from the EBI
web server:...
BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features
Tập 26 Số 6 - Trang 841-842 - 2010
Abstract Motivation: Testing for correlations between different sets of genomic
features is a fundamental task in genomics research. However, searching for
overlaps between features with existing web-based methods is complicated by the
massive datasets that are routinely produced with current sequencing
technologies. Fast and flexible tools are therefore required to ask complex
questions of these ...
MRBAYES: Xác suất Bayes Suy luận cây tiến hóa Dịch bởi AI
Tập 17 Số 8 - Trang 754-755 - 2001
Tóm tắt Tóm tắt: Chương trình MRBAYES thực hiện suy luận Bayes của phả hệ bằng
cách sử dụng một biến thể của thuật toán Monte Carlo chuỗi Markov. Khả dụng:
MRBAYES, bao gồm mã nguồn, tài liệu, các tệp dữ liệu mẫu và một tệp thực thi, có
sẵn tại http://brahms.biology.rochester.edu/software.html. Liên hệ:
[email protected]
#Bayesian inference #phylogeny #Markov chain Monte Carlo #MRBAYES #software availability