geomorph: một gói r cho việc thu thập và phân tích dữ liệu hình dạng hình học morfometric
Tóm tắt
Nhiều nghiên cứu sinh thái và tiến hóa tìm cách giải thích các mô hình biến thể hình dạng và sự đồng biến của chúng với các biến khác. Phân tích hình học mô phỏng (geometric morphometrics) thường được sử dụng cho mục đích này, trong đó một tập hợp các biến hình dạng được thu thập từ tọa độ landmark theo một sự chồng chéo Chúng tôi giới thiệu geomorph: một gói phần mềm để thực hiện phân tích hình thái hình học morphometric trong môi trường tính toán thống kê Geomorph cung cấp các quy trình cho tất cả các giai đoạn phân tích hình học morphometric dựa trên landmark ở hai và ba chiều. Đây là một gói mã nguồn mở để đọc, thao tác và số hóa dữ liệu landmark, tạo ra các biến hình dạng thông qua phân tích Một loạt các phương pháp thống kê liên quan đến việc kiểm tra các giả thuyết sinh thái và tiến hóa về biến thể hình dạng được cung cấp. Những phương pháp này bao gồm các phương pháp đa biến tiêu chuẩn như phân tích thành phần chính, và các cách tiếp cận cho hồi quy đa biến và so sánh nhóm. Các phương pháp cho các phân tích chuyên biệt hơn, chẳng hạn như đánh giá hình dạng allometry, so sánh các quỹ đạo hình dạng, xem xét sự tích hợp hình thái, và đánh giá tín hiệu phylogenetic, cũng được bao gồm. Nhiều chức năng được cung cấp để trực quan hóa các kết quả một cách đồ họa, bao gồm các quy trình để xem xét sự biến thiên trong không gian hình dạng, trực quan hóa các quỹ đạo allometric, so sánh các hình dạng cụ thể với nhau và cho việc vẽ các thay đổi phylogenetic trong morphospace. Cuối cùng, geomorph tham gia vào việc cung cấp các phân tích hình thái hình học morphometric nâng cao thông qua nền tảng tính toán thống kê
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Adams D.C.&Otárola‐Castillo E.(2012)geomorph: Software for geometric morphometric analyses. R package version 1.0.cran.r-project.org/web/packages/geomorph/index.html.
Adams D.C., 2013, A field comes of age: Geometric morphometrics in the 21st century, Hystrix
Bookstein F.L., 1991, Morphometric Tools for Landmark Data: Geometry and Biology
Claude J., 2008, Morphometrics with R
Dryden I.(2012)Shapes: Statistical shape analyses. R package version 1.1‐5.Cran.R-project.org/package=Geomorph3d.
Dryden I.L., 1998, Statistical Shape Analysis
Goodall C.R., 1991, Procrustes methods in the statistical analysis of shape (with discussion and rejoinder), Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 53, 285, 10.1111/j.2517-6161.1991.tb01825.x
R Development Core Team, 2012, R: A Language and Environment for Statistical Computing
Rohlf F.J., 2010, tpsRelw: Relative Warps Analysis
Zelditch M.L., 2004, Geometric Morphometrics for Biologists: A Primer