Cổng thông tin cBio Genomics về ung thư: Nền tảng mở cho khám phá dữ liệu genomics ung thư đa chiều

Cancer Discovery - Tập 2 Số 5 - Trang 401-404 - 2012
Ethan Cerami1, Jianjiong Gao1, Uğur Doğrusöz1, Benjamin Groß1, S. Onur Sumer1, Bülent Arman Aksoy1, Anders J. Skanderup1, Caitlin J. Byrne1, Michael Heuer, Erik Larsson1, Yevgeniy Antipin1, Boris Reva1, Arthur P. Goldberg1, Chris Sander1, Nikolaus Schultz1
1Authors' Affiliations: 1Computational Biology Center, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, 2Tri-Institutional Training Program in Computational Biology and Medicine, New York, New York; and 3Computer Engineering Department, Bilkent University, Ankara, Turkey

Tóm tắt

Tóm tắt

Cổng thông tin cBio Genomics về ung thư (http://cbioportal.org) là một nguồn tài nguyên truy cập mở để khám phá tương tác các bộ dữ liệu genomics ung thư đa chiều, hiện đang cung cấp truy cập tới dữ liệu từ hơn 5.000 mẫu khối u thuộc 20 nghiên cứu về ung thư. Cổng thông tin cBio Genomics về ung thư giảm đáng kể rào cản giữa dữ liệu genomics phức tạp và các nhà nghiên cứu ung thư, những người muốn tiếp cận nhanh chóng, trực quan và chất lượng cao với các hồ sơ phân tử và thuộc tính lâm sàng từ các dự án genomics ung thư quy mô lớn và giúp các nhà nghiên cứu chuyển đổi các bộ dữ liệu phong phú này thành các hiểu biết sinh học và ứng dụng lâm sàng. Cancer Discov; 2(5); 401–4. ©2012 AACR.

Từ khóa

#Genomics ung thư #cổng thông tin cBio #dữ liệu đa chiều #nghiên cứu ung thư #bộ dữ liệu genomics #phân tử và thuộc tính lâm sàng

Tài liệu tham khảo

Hudson, 2010, International network of cancer genome projects, Nature, 464, 993, 10.1038/nature08987

Cancer Genome Atlas Research Network, 2008, Nature, 455, 1061, 10.1038/nature07385

Cancer Genome Atlas Research Network, 2011, Nature, 474, 609, 10.1038/nature10166

Taylor, 2010, Integrative genomic profiling of human prostate cancer, Cancer Cell, 18, 11, 10.1016/j.ccr.2010.05.026

Barretina, 2010, Subtype-specific genomic alterations define new targets for soft-tissue sarcoma therapy, Nat Genet, 42, 715, 10.1038/ng.619

Reva, 2011, Predicting the functional impact of protein mutations: application to cancer genomics, Nucleic Acids Res, 39, e118, 10.1093/nar/gkr407

Robinson, 2011, Integrative genomics viewer, Nat Biotechnol, 29, 24, 10.1038/nbt.1754

Cerami, 2011, Pathway Commons, a web resource for biological pathway data, Nucleic Acids Res, 39, D685, 10.1093/nar/gkq1039

Turner, 2004, Hallmarks of ‘BRCAness’ in sporadic cancers, Nat Rev Cancer, 4, 814, 10.1038/nrc1457

Punta, 2012, The Pfam protein families database, Nucleic Acids Res, 40, D290, 10.1093/nar/gkr1065

Ferla, 2007, Founder mutations in BRCA1 and BRCA2 genes, Ann Oncol, 18, vi93, 10.1093/annonc/mdm234

Sheehan, 2005, Use of reverse phase protein microarrays and reference standard development for molecular network analysis of metastatic ovarian carcinoma, Mol Cell Proteomics, 4, 346, 10.1074/mcp.T500003-MCP200

Zhang, 2011, International Cancer Genome Consortium Data Portal—a one-stop shop for cancer genomics data, bar026

Sanborn, 2011, The UCSC Cancer Genomics Browser: update 2011, Nucleic Acids Res, 39, D951, 10.1093/nar/gkq1113

Gundem, 2010, IntOGen: integration and data mining of multidimensional oncogenomic data, Nat Methods, 7, 92, 10.1038/nmeth0210-92

Thông tin
Thông tin xuất bản

Cancer Discovery

Tập 2 Số 5

401-404

Thông tin tác giả