Sửa đổi danh pháp cho protein tinh thể trừ sâu của Bacillus thuringiensis

Microbiology and Molecular Biology Reviews - Tập 62 Số 3 - Trang 807-813 - 1998
N. Crickmore, Daniel R. Zeigler, Jerald S. Feitelson, E. Schnepf, Jeroen Van Rie, Didier Lereclus1, James A. Baum, Donald H. Dean
1Unité expérimentale de Lutte Biologique

Tóm tắt

TÓM TẮT Các protein tinh thể của Bacillus thuringiensis đã được nghiên cứu rộng rãi do đặc tính diệt côn trùng của chúng và khả năng sản xuất tự nhiên cao. Việc xác định nhanh chóng các gen protein tinh thể mới, xuất phát từ nỗ lực tìm kiếm các protein có đặc tính diệt côn trùng mới, đã dẫn đến sự xuất hiện của nhiều chuỗi và hoạt tính đa dạng, không còn phù hợp với hệ thống danh pháp ban đầu được đề xuất vào năm 1989. Danh pháp protein tinh thể trừ sâu Cry và Cyt của Bacillus thuringiensis ban đầu dựa trên hoạt tính diệt côn trùng như là tiêu chí xếp hạng chính. Tuy nhiên, nhiều ngoại lệ với sắp xếp hệ thống này đã trở nên rõ ràng, khiến hệ thống danh pháp không nhất quán. Hơn nữa, danh pháp ban đầu, với bốn cấp bậc chính dựa trên hoạt tính cho 13 gen, không dự đoán được 73 chuỗi họ kiểu mẫu hiện tại, tạo thành nhiều hơn bốn nhóm phụ ban đầu. Một hệ thống danh pháp mới, dựa trên cụm phân cấp bằng cách sử dụng độ đồng nhất chuỗi amino acid, được đề xuất. Các chữ số La Mã đã được thay thế bằng các chữ số Ảrập ở hạng chính (ví dụ: Cry1Aa) để phù hợp hơn với số lượng lớn các chuỗi mới dự kiến. Trong đề xuất này, 133 protein tinh thể gồm 24 hạng chính được sắp xếp một cách hệ thống.

Từ khóa

#Bacillus thuringiensis #protein tinh thể #danh pháp #hoạt tính diệt côn trùng #Cry và Cyt #hệ thống phân cụm #chuỗi amino acid.

Tài liệu tham khảo

10.1111/j.1365-2958.1994.tb01298.x

10.1128/jb.171.1.521-530.1989

10.1016/0378-1119(85)90184-2

10.1128/aem.63.3.1054-1057.1997

10.1128/jb.178.11.3099-3105.1996

Bishop A. H. 1994. Unpublished observation.

10.1093/nar/18.24.7443

10.1006/jipa.1995.1024

10.1128/jb.179.9.2793-2801.1997

10.1093/nar/16.6.2723

10.1128/jb.174.2.549-557.1992

Chak K. F. 1996. Unpublished observation.

Chak K. F. Chen J. C. Complete nucleotide sequence and identification of a putative promoter region for the expression in Escherichia coli of the cryIA(b) gene from Bacillus thuringiensis var. aizawai HD133.Proc. Natl. Sci. Counc. Repub. China171993714

10.1128/jb.173.13.3966-3976.1991

10.1128/aem.63.8.3254-3260.1997

10.1111/j.1432-1033.1988.tb13960.x

10.1111/j.1365-2958.1990.tb00569.x

10.1093/nar/18.18.5546

10.1128/AEM.61.12.4230-4235.1995

10.1016/S0021-9258(19)57428-2

10.1128/jb.170.10.4732-4738.1988

10.1007/BF00330468

Donovan W. P. M. J. Rupar and A. C. Slaney. January 1995. U.S. patent 5 378 625.

10.1128/aem.58.12.3921-3927.1992

Donovan W. P. Y. Tan C. S. Jany and J. M. González Jr. June 1994. U.S. patent 5 322 687.

10.1093/nar/15.8.3619

Felsenstein J. PHYLIP—phylogeny inference package (version 2).Cladistics51989164166

Fischhoff D. A. Bowdisch K. S. Perlak F. J. Marrone P. G. McCormick S. H. Niedermeyer J. G. Dean D. A. Kusano-Kretzmer K. Mayer E. J. Rochester D. E. Rogers S. G. Fraley R. T. Insect tolerant transgenic tomato plants.Bio/Technology51987807813

Foncerrada L. A. J. Sick and J. M. Payne. August 1992. European Patent Office no. EP 0498537.

10.1007/BF01568399

10.1016/0378-1119(86)90357-4

10.1099/00221287-138-1-55

10.1080/01140671.1992.10422323

10.1128/aem.59.5.1683-1687.1993

10.1128/aem.63.7.2716-2721.1997

10.1093/nar/16.22.10927

10.1016/0168-1656(87)90061-7

10.1128/aem.60.2.682-690.1994

10.1016/0378-1119(87)90174-0

10.1111/j.1432-1033.1986.tb10443.x

10.1093/nar/15.17.7183

10.1093/nar/18.18.5545

10.1128/aem.54.8.2010-2017.1988

10.1128/mr.53.2.242-255.1989

10.1093/nar/16.13.6240

Hori H. Suzuki K. Ogiwara K. Minani M. Himejima M. Sakanaka K. Kaji Y. Asano S. Sato R. Ohba M. Iwahana H. Presented at the XXVth Annual Meeting of the Society for Invertebrate Pathology Heidelberg Germany 1992

Ibarra J. 1997. Unpublished observation.

10.1128/aem.59.4.1131-1137.1993

Kang S. K. H. S. Kim and Y. M. Yu. 1997. Unpublished observation.

Kondo S. Tamura N. Kunitate A. Hattori M. Akashi A. Ohmori I. Cloning and nucleotide sequencing of two insecticidal δ-endotoxin genes from Bacillus thuringiensis var. kurstaki HD-1 DNA.Agric. Biol. Chem.511987455463

10.1006/jmbi.1993.1037

Koo B. T. 1995. Unpublished observation.

10.1111/j.1574-6968.1995.tb07931.x

10.1128/jb.178.7.2141-2144.1996

10.1016/0378-1119(86)90005-3

Lambert B. 1993. Unpublished observation.

10.1128/aem.62.1.80-86.1996

10.1128/aem.58.8.2536-2542.1992

10.1016/0378-1119(92)90457-Z

10.1128/jb.173.20.6635-6638.1991

10.1128/aem.63.12.4664-4670.1997

10.1093/nar/17.1.446

10.1111/j.1365-2958.1994.tb01321.x

10.1128/aem.50.3.623-628.1985

McPherson S. A. Perlak F. J. Fuchs R. L. Marrone P. G. Lavrik P. B. Fischhoff D. A. Characterization of the coleopteran-specific protein gene of Bacillus thuringiensis var. tenebrionis.Bio/Technology619886166

Michaels T. E. K. E. Narva and L. Foncerrada. August 1993. World Intellectual Property Organization patent WO 93/15206.

Narva K. E. J. M. Payne G. E. Schwab L. A. Hickle T. Galasan and A. J. Sick. December 1991. European Patent Office no. EP 0462721.

Narva K. E. G. E. Schwab T. Galasan and J. M. Payne. August 1993. U.S. patent 5 236 843.

10.1097/00008571-199602000-00002

10.1016/0378-1119(87)90098-9

10.1007/BF00293638

10.1007/s002849900154

Orduz S. Unpublished observation.

Page R. D. M. TREEVIEW: an application to display phylogenetic trees on personal computers.CABIOS121996357358

Payne J. K. E. Narva and J. Fu. December 1996. U.S. patent 5 589 382.

Payne J. M. and J. M. Fu. February 1994. U.S. patent 5 286 486.

Payne J. M. M. K. Kennedy J. B. Randall H. Meier H. J. Uick L. Foncerrada H. E. Schnepf G. E. Schwab and J. Fu. January 1997. U.S. patent 5 596 071.

Payne J. M. and K. E. Narva. July 1994. World Intellectual Property Organization patent WO 94/16079.

Payne J. M. K. E. Narva K. A. Uyeda C. J. Stalder and T. E. Michaels. July 1995. U.S. patent 5 436 002.

Payne J. M. and A. J. Sick. September 1993. U.S. patent 5 246 852.

Payne J. M. and A. J. Sick. February 1993. U.S. patent 5 188 960.

Payne J. M. and A. J. Sick. April 1993. U.S. patent 5 206 166.

Payne J. M. and A. J. Sick. August 1991. U.S. patent 5 039 523.

Payne J. M. A. J. Sick and M. Thompson. August 1992. U.S. patent 5 135 867.

Payne J. M. G. G. Soares H. W. Talbot and T. C. Olson. October 1991. U.S. patent 4 990 332.

Peferoen M. B. Lambert and H. Joos. August 1990. European patent Office no. EP 0382990-A1.

10.1128/aem.63.11.4449-4455.1997

Saitoh H. 1996. Unpublished observation.

10.1111/j.1365-2958.1989.tb01812.x

10.1007/s002849900201

Schnepf H. E. G. E. Schwab J. M. Payne K. E. Narva and L. Foncerrada. November 1992. World Intellectual Property Organization patent WO 92/19739.

10.1073/pnas.78.5.2893

10.1016/S0021-9258(18)88966-9

10.1073/pnas.84.20.7036

Selvapandiyan A. 1996. Unpublished observation.

Sen K. Honda G. Koyama N. Nishida M. Neki A. Sakai H. Himeno M. Komano T. Cloning and nucleotide sequences of the two 130 kDa insecticidal protein genes of Bacillus thuringiensis var. israelensis.Agric. Biol. Chem.521988873878

10.1016/S0014-5793(97)00114-2

10.1016/0014-5793(93)81613-5

10.1016/0378-1119(85)90133-7

Shimizu M. Oshie K. Nakamura K. Takada Y. Oeda K. Ohkawa H. Cloning and expression in Escherichia coli of the 135-kDa insecticidal protein gene from Bacillus thuringiensis subsp. aizawai IPL7.Agric. Biol. Chem.52198815651573

10.1128/aem.61.6.2402-2407.1995

10.1093/nar/18.5.1305

Sick A. J. G. E. Schwab and J. M. Payne. January 1994. U.S. patent 05281530.

10.1042/bj3020611

10.1016/0014-5793(91)81144-W

Soetaert P. 1996. Unpublished observation.

Strizhov N. 1996. Unpublished observation.

Sun M. 1997. Unpublished observation.

10.1111/j.1365-2958.1992.tb01560.x

10.1128/aem.63.2.468-473.1997

10.1093/nar/22.22.4673

10.1128/jb.166.3.801-811.1986

10.1093/nar/16.4.1637

10.1271/bbb.58.830

Van Mellaert H. J. Botterman J. Van Rie and H. Joos. January 1991. European Patent EP Office no. 0408403.

10.1128/jb.172.12.6783-6788.1990

Von Tersch M. A. and J. M. Gonzalez. October 1994. U.S. patent 5 356 623.

10.1128/aem.57.2.349-358.1991

10.1093/nar/13.22.8207

10.1089/dna.1986.5.305

10.1016/0022-2836(86)90417-1

10.1093/nar/15.17.7195

Wasano N. and M. Ohba. 1998. Unpublished observation.

White J. A. Maltais L. J. Nebert D. W. An increasingly urgent need for standardized gene nomenclature. 1998 See: http://genetics.nature.com/web_specials/nomen/nomen_article.html

10.1128/jb.171.2.965-974.1989

Wu D. Cao X. L. Bai Y. Y. Aronson A. I. Sequence of an operon containing a novel δ-endotoxin gene from Bacillus thuringiensis.FEMS Microbiol. Lett.8119913136

10.1016/0378-1119(88)90229-6

10.1128/jb.179.13.4336-4341.1997

Thông tin
Thông tin xuất bản

Microbiology and Molecular Biology Reviews

Tập 62 Số 3

807-813

Thông tin tác giả