Định lượng kích thước quần thể và hoạt động trao đổi chất của vi khuẩn phân hủy axit nhựa trong bùn hoạt tính bằng cách sử dụng phương pháp lai ghép slot-blot để đo tỷ lệ rRNA:rDNA

Tỷ lệ 16S rRNA:rDNA là một tham số hữu ích để đo lường hoạt động trao đổi chất của một thành viên được chọn trong một cộng đồng vi sinh vật phức tạp, như trong các hệ thống bùn hoạt tính xử lý nước thải từ nhà máy giấy. Tỷ lệ RNA:DNA của Sphingomonas sp. DhA-33, được phân lập trước đó từ một bể phản ứng theo chu kỳ xử lý nước thải từ nhà máy giấy, có mối tương quan tích cực với tỷ lệ tăng trưởng (μ) của nó trong điều kiện trạng thái ổn định. DhA-33 được nuôi cấy trong một chemostat với tỷ lệ tăng trưởng dao động từ 0.04 đến 0.15 lần phân chia tế bào mỗi giờ. DhA-33 cũng có khả năng phân hủy axit dehydroabietic trong nước thải kraft đã tẩy trắng (BKME) cộng với môi trường khoáng trong nuôi cấy lô. Lai ghép slot-blot với các mồi oligonucleotide đặc hiệu cho loài được đánh dấu phóng xạ cho 16S rRNA và 16S rDNA được sử dụng để đo lượng rRNA, rDNA và tỷ lệ RNA:DNA của chủng này khi ở trong một cộng đồng bùn trộn. Sự gia tăng rDNA của DhA-33 chỉ ra sự phát triển của DhA-33 trong cộng đồng. Tỷ lệ RNA:DNA của DhA-33 tăng mạnh trong giai đoạn tăng trưởng trạng thái mà giảm xuống khi các tế bào bước vào giai đoạn tĩnh. Tỷ lệ RNA:DNA giảm sớm và nhanh hơn trong các nền văn hóa phối hợp DhA-33/bùn so với các văn hóa tinh khiết của DhA-33, có thể do sự thiếu hụt chất dinh dưỡng xảy ra sớm hơn. Việc định lượng tỷ lệ RNA:DNA đặc hiệu cho loài cho phép ước tính hoạt động trao đổi chất của các thành viên được chọn trong một cộng đồng vi sinh vật tại chỗ.