Profiling vi sợi nhỏ bằng kỹ thuật microarray cho thấy sự đồng biểu hiện thường xuyên với các vi sợi lân cận và gen chủ

RNA - Tập 11 Số 3 - Trang 241-247 - 2005
Scott Baskerville1, David P. Bartel2,1
1Whitehead Institute for Biomedical Research, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, Massachusetts 02142, USA
2Department of Biology Massachusetts Institute of Technology Cambridge, Massachusetts 02139 USA

Tóm tắt

Các microRNA (miRNA) là các RNA nội sinh ngắn được biết đến với khả năng ức chế biểu hiện gen sau phiên mã ở động vật và thực vật. Một khảo sát lập bản đồ gen vi sợi cho thấy các mẫu biểu hiện của 175 miRNA ở người trên 24 cơ quan khác nhau của con người. Kết quả của chúng tôi cho thấy rằng các cặp miRNA gần nhau thường được biểu hiện đồng thời. Ngoài ra, một sự chuyển tiếp đột ngột trong mối tương quan giữa các cặp miRNA được biểu hiện xảy ra ở khoảng cách 50 kb, ngụ ý rằng các miRNA cách nhau <50 kb thường có nguồn gốc từ một phiên mã chung. Một số microRNA nằm trong các intron của các gen chủ. Các miRNA nằm trong intron thường được biểu hiện đồng thời với mRNA của gen chủ, ngụ ý rằng chúng cũng thường có nguồn gốc từ một phiên mã chung và rằng các phân tích tại chỗ về biểu hiện của gen chủ có thể được sử dụng để khảo sát vị trí không gian và thời gian của các miRNA nằm trong intron.

Từ khóa

#miRNA #biểu hiện gen #microarray #gen chủ #phiên mã

Tài liệu tham khảo

10.1016/S1534-5807(03)00228-4

10.1261/rna.7119904

10.1038/sj.onc.1204209

10.1016/S0092-8674(04)00045-5

10.1016/S0092-8674(03)00231-9

10.1073/pnas.83.11.3746

10.1126/science.1091903

10.1002/dvdy.20063

10.1006/mcne.2000.0866

10.1038/nature02255

10.1073/pnas.2333854100

10.1101/gad.1184704

10.1126/science.1099247

10.1126/science.1064921

10.1016/S0960-9822(02)00809-6

10.1261/rna.2146903

10.1186/gb-2003-4-7-r42

10.1126/science.1065062

10.1126/science.1065329

10.1016/0092-8674(93)90529-Y

10.1093/emboj/cdf476

10.1038/sj.emboj.7600385

10.1016/S0092-8674(03)01018-3

10.1126/science.1080372

10.1101/gad.1074403

10.1073/pnas.0403293101

10.1002/(SICI)1097-0177(200001)217:1<1::AID-DVDY1>3.0.CO;2-4

10.1186/gb-2004-5-9-r68

2004, Nature Methods, 1, 155, 10.1038/nmeth717

10.1038/nature02416

10.1038/35040556

10.1093/bioinformatics/14.8.656

10.1101/gr.2722704

10.1177/002215549904700707

10.1186/gb-2004-5-3-r13

2004, Nature Methods, 1, 47, 10.1038/nmeth704

10.1038/sj.onc.1204210

10.1093/nar/23.20.4220

Thông tin
Thông tin xuất bản

RNA

Tập 11 Số 3

241-247

Thông tin tác giả