Xác định các loại gen 4 của rotavirus nhóm A bằng phương pháp phản ứng chuỗi polymerase

Năm nhóm gen 4 của rotavirus người (HRV) đã được phân biệt dựa trên việc so sánh trình tự nucleotide và dự đoán chuỗi axit amin, trong đó ít nhất bốn nhóm đại diện cho các loại kháng nguyên VP4 khác biệt. Để xác định từng loại gen 4 và điều tra sự phân bố của chúng trong các mẫu HRV từ bệnh nhân tiêu chảy, chúng tôi đã phát triển một phương pháp phân loại bằng phản ứng chuỗi polymerase (PCR) sử dụng thông tin trình tự có sẵn cho bốn loại gen 4 khác nhau. RNA sợi kép của rotavirus (dsRNA) tách từ mẫu phân được sao chép ngược và khuếch đại bằng PCR sử dụng hai primer oligonucleotide tương ứng với các vùng được bảo tồn cao trong tất cả các loại gen 4 đã biết của HRV. Các sản phẩm DNA sợi kép 876 bp sau đó được khuếch đại lại bằng PCR trong sự hiện diện của hỗn hợp chứa một primer dương tính bảo tồn và bốn primer âm tính đặc hiệu cho từng loại (được chọn từ vùng biến đổi mạnh của gen 4), tạo ra các sản phẩm dài 345, 483, 267 và 391 bp tương ứng cho các loại gen 4 là 1, 2, 3 và 4. Phương pháp này xác định reliably các loại gen 4 của 16 mẫu HRV được đặc trưng tốt. Kết quả của chúng tôi đã được xác nhận độc lập cho tất cả 16 chuỗi bằng sao chép ngược và khuếch đại PCR của HRV dsRNA trong sự hiện diện của các cặp primer đặc hiệu cho từng loại khác nhau. Để phân loại trực tiếp gen 4 của HRV trong các mẫu phân, chúng tôi đã phát triển một phương pháp chiết RNA sợi kép của rotavirus từ các mẫu phân bằng cách sử dụng bột thủy tinh. Kết quả của chúng tôi cho thấy phân loại gen 4 sẽ hữu ích trong việc cung cấp sự đặc trưng đầy đủ hơn của các chủng HRV có liên quan đến dịch tễ học hoặc vaccine.