Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Đặc trưng bộ gen của virus khoai lang không triệu chứng 1: một mastrevirus với chuỗi nonanucleotide bất thường
Tóm tắt
Bộ gen hoàn chỉnh của chín chủng virus khoai lang không triệu chứng 1 (SPSMV-1), một loại virus thuộc chi Mastrevirus trong họ Geminiviridae, đã được xác định từ các giống khoai lang ở nhiều quốc gia và có độ dài từ 2,559-2,602 nucleotide. Các chủng này có độ đồng nhất trình tự bộ gen từ 97-100% và có một chuỗi nonanucleotide bất thường (TAAGATTCC) trong một vùng gian gen lớn cũng như một khung đọc mở bổ sung, C3, được bảo tồn trong các mastrevirus gây bệnh cho thực vật hai lá mầm.
Từ khóa
#virus khoai lang không triệu chứng 1 #SPSMV-1 #Mastrevirus #bộ gen #chuỗi nonanucleotideTài liệu tham khảo
Muhire B, Martin DP, Brown JK, Navas-Castillo J, Moriones E, Zerbini M, Rivera-Bustamante R, Malathi VG, Briddon RW, Varsani A (2013) A genome-wide pairwise-identity-based proposal for the classification of viruses in the genus Mastrevirus (family Geminiviridae). Arch Virol 158:1411–1424
Clark CA, Davis JA, Abad JA, Cuellar WJ, Fuentes S, Kreuze JF, Gibson RW, Mukasa SB, Tugume AK, Tairo FD, Valkonen JPT (2012) Sweetpotato viruses: 15 years of progress on understanding and managing complex diseases. Plant Dis 96:168–185
Kreuze JF, Perez A, Untiveros M, Quispe D, Fuentes S, Barker I, Simon R (2009) Complete viral genome sequence and discovery of novel viruses by deep sequencing of small RNAs: a generic method for discovery and sequencing of viruses. Virology 388:1–7
Kwak H-R, Kim M-K, Shin J-C, Lee Y-J, Seo J-K, Lee H-U, Jung M-N, Kim S-H, Choi H-S (2014) The current incidence of viral disease in Korean sweet potatoes and development of multiplex RT-PCR assays for simultaneous detection of eight sweet potato viruses. Plant Pathol J 30:416–424
Mbanzibwa DR, Tugume AK, Chiunga E, Mark D, Tairo FD (2014) Small RNA deep sequencing-based detection and further evidence of DNA viruses infecting sweetpotato plants in Tanzania. Ann Appl Biol 165:329–339
Wang Y-J, Zhang D-S, Zhang Z-C, Wang S, Qiao Q, Qin Y-H, Tian Y-T (2015) First report on sweetpotato symptomless virus 1 (genus Mastrevirus, family Geminiviridae) in sweetpotato in China. Plant Dis 99:1042
Borah BK, Zarreen F, Baruah G, Dasgupta I (2016) Insights into the control of geminiviral promoters. Virology 495:101–111
Fondong VN (2013) Geminivirus protein structure and function. Mol Plant Pathol 14:635–649
Muhire BM, Varsani A, Martin DP (2014) SDT: a virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS One 9:e108277
Martin DP, Murrell B, Golden M, Khoosal A, Muhire B (2015) RDP4: detection and analysis of recombination patterns in virus genomes. Virus Evol 1:vev003. doi:10.1093/ve/vev003