Biến dị gen và mối quan hệ phát sinh chủng loài của 22 chủng virus hội chứng sinh sản và hô hấp ở lợn (PRRSV) dựa trên phân tích chuỗi trình tự của khung đọc mở 5

Archives of Virology - Tập 142 - Trang 993-1001 - 2014
V. G. Andreyev1, R. D. Wesley1, W. L. Mengeling1, A. C. Vorwald1, K. M. Lager1
1Virology Swine Research Unit, National Animal Disease Center, USDA, Agricultural Research Service, Ames, Iowa, U.S.A., US

Tóm tắt

Các chủng virus hội chứng sinh sản và hô hấp ở lợn (PRRSV) từ 13 tiểu bang ở Hoa Kỳ, Guatemala và Canada đã được sử dụng để so sánh trình tự nucleotide của gen glycoprotein màng (ORF 5) và các chuỗi axit amin suy diễn. Gen này có kích thước giống nhau, 603 nt, cho tất cả 22 chủng dField. Các chủng này có độ đồng nhất axit amin dao động từ 89–94% so với chủng tham chiếu VR 2332. Một chuỗi tín hiệu dự kiến và vị trí cắt giữa các residu 31 và 32 đã được xác định và ba vị trí glycosyl hóa tiềm năng có mặt trên tất cả, ngoại trừ hai chủng. Phân tích độ kỵ nước/ưa nước và khả năng bề mặt cho thấy một cấu trúc chính cho glycoprotein màng (protein E) với sáu vùng bề mặt tiềm năng có thể là vị trí kháng nguyên. Các đặc trưng cấu trúc protein E tương tự được bảo tồn cho virus PRRSV mẫu châu Âu - virus Lelystad.

Từ khóa

#virus hội chứng sinh sản và hô hấp ở lợn #PRRSV #chuỗi trình tự #gen glycoprotein #mối quan hệ phát sinh chủng loài