Đặc điểm di truyền của các chủng rotavirus G3 lưu hành ở trẻ em bị tiêu chảy cấp tính tại tỉnh Nam Định và Thừa Thiên Huế, Việt Nam, giai đoạn 2016 - 2021

Rotavirus (RV) là nguyên nhân phổ biến nhất gây tiêu chảy nặng ở trẻ em trên toàn thế giới. Kể từ năm 2006, WHO đã chấp nhận sử dụng hai loại vaccine chống lại Rotavirus (RotaTeq và Rotarix), điều này đã góp phần giảm đáng kể tỷ lệ mắc và tử vong do căn bệnh này ở trẻ em dưới 5 tuổi. Bên cạnh đó, sự tồn tại của vaccine có thể gây áp lực chọn lọc giữa các chủng RV đang lưu hành. Các mẫu phân có chứa tiêu chảy là một phần của nghiên cứu thuộc dự án "Đánh giá hiệu quả vaccine rotavirus tại Việt Nam" và một số mẫu phân được chọn ngẫu nhiên từ năm 2010 - 2015 đã được lưu trữ tại phòng thí nghiệm của chúng tôi. Kháng nguyên rotavirus trong các mẫu phân được phát hiện bằng cách sử dụng bộ kit Premier Rotaclone. Các kiểu gen G và P được xác định bằng RT-PCR sử dụng các mồi đặc hiệu. Chuỗi nucleotide được xác định bằng cách giải trình tự thế hệ tiếp theo và phân tích phát sinh loài được thực hiện bằng phương pháp hàng xóm. Có 375/1715 (21,9%) mẫu phát hiện chủng G3 bao gồm G3 giống ngựa (eG3) và G3 người (hG3). Tỷ lệ tồn tại của các chủng G3 đã giảm từ năm 2016 đến năm 2021. Tất cả mười một đoạn gene đã được phân loại trong số 34 mẫu và sự đa dạng rõ rệt giữa các chủng đang lưu hành đã được quan sát. Các chủng G3 đang lưu hành cũng có sự đa dạng phát sinh loài và có liên quan đến các chủng từ một số quốc gia khác nhau, có nguồn gốc khác nhau như con người (20 mẫu), lợn (1 mẫu), mèo (3 mẫu) và ngựa (10 mẫu). So với các chủng vaccine, các epitop kháng nguyên hiện diện trên VP7 của G3 ở Việt Nam khác biệt đáng kể, đặc biệt là K238N. Với các đặc điểm di truyền của chủng G3, nó có thể góp phần vào hiệu quả của vaccine tại Việt Nam.