Xây dựng các bản đồ liên kết gen di truyền tích hợp bằng cách sử dụng gói phần mềm máy tính mới: Join Map

Plant Journal - Tập 3 Số 5 - Trang 739-744 - 1993
P. Stam1
1Centre for Plant Breeding and Reproduction Research CPRO‐DLO, PO Box 16, 6700 AA Wageningen, The Netherlands, and Department of Genetics, Wageningen Agricultural University, Dreyenlaan 2, 6703 HA Wageningen, The Netherlands

Tóm tắt

Tóm tắtQuy trình lập bản đồ gen tích hợp bằng máy tính được trình bày. Chương trình máy tính (Join Map) có thể xử lý dữ liệu thô từ các giống F2, quay lại (backcrosses) và các dòng thuần sau tái phối (recombinant inbred lines), cũng như các tần suất tái tổ hợp theo cặp đã được liệt kê. Quy trình này hữu ích cho việc kết hợp dữ liệu liên kết đã được thu thập từ các thí nghiệm khác nhau; kết quả là một sự căn chỉnh toán học của các bản đồ gen riêng biệt. Dữ liệu từ các thí nghiệm đơn lẻ cũng có thể được xử lý. Trong bối cảnh lượng thông tin liên kết cho các dấu hiệu phân tử đang ngày càng gia tăng và thường được tạo ra bởi các nhóm nghiên cứu khác nhau, các bản đồ tích hợp cung cấp thông tin hữu ích về vị trí bản đồ của các gen và các dấu hiệu DNA.Quy trình thực hiện việc xây dựng bản đồ theo từng bước và, tại mỗi bước, thực hiện tìm kiếm số cho thứ tự các dấu hiệu phù hợp nhất. Phương pháp bình phương tối thiểu có trọng số được sử dụng để ước lượng khoảng cách trên bản đồ.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Bailey N.T.J., 1961, Introduction to the Mathematical Theory of Genetic Linkage

10.1073/pnas.85.18.6856

Coe E., 1990, Genetic Maps, 6

Echt C., 1992, Genome mapping with non‐inbred crosses using GMendel 2.0, Maize Genet. Coop. Newslett., 66, 27

Felsenstein J., 1979, A mathematically tractable family of genetic mapping functions with different amounts of interference, Genetics, 91, 769, 10.1093/genetics/91.4.769

Haldane J.B.S., 1919, The combination of linkage values, and the calculation of distance between linked factors, J. Genet., 8, 299

10.1046/j.1365-313X.1993.03050745.x

10.1111/j.1601-5223.1975.tb01494.x

10.1093/oxfordjournals.jhered.a109781

Koornneef M., 1990, Genetic Maps, 6

10.1111/j.1469-1809.1943.tb02321.x

10.1007/978-94-015-7744-1

10.1038/hdy.1977.8

10.1016/0888-7543(87)90010-3

10.1016/0888-7543(92)90432-R

10.1016/S0888-7543(05)80158-2

Manly K., 1992, RI Plant Manager: A microcomputer program for genetic mapping with recombinant inbred strains, Maize Genet. Coop. Newslett., 66, 29

10.1105/tpc.1.7.699

10.1016/S0065-2660(08)60084-X

Press W.H., 1988, Numerical Recipes in C

Shoemaker J., 1992, A comparison of three Agrigenetics maize RFLP linkage maps, Maize Genet. Coop. Newslett., 66, 65

Stam P., 1979, Interference in genetic crossing over and chromosome mapping, Genetics, 92, 573, 10.1093/genetics/92.2.573

10.1093/oxfordjournals.jhered.a109766

10.1016/0888-7543(87)90050-4

10.1002/gepi.1370050203

Thông tin
Thông tin xuất bản

Plant Journal

Tập 3 Số 5

739-744

Thông tin tác giả