Tổng hợp bộ gen diệp lục hoàn chỉnh của một loài thảo dược quý, Huperzia serrata (Lycopodiaceae), và so sánh với loài liên quan

Applications in Plant Sciences - Tập 4 Số 11 - 2016
Zhiyou Guo1,2, Hongrui Zhang2,3, Nawal Shrestha2, Xian‐Chun Zhang2
1College of Biological Sciences and Agriculture, Qiannan Normal University for Nationalities, Guizhou 558000, People's Republic of China
2State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany, Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences, Beijing, 100093, People’s Republic of China
3University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, People’s Republic of China

Tóm tắt

Đặt vấn đề nghiên cứu:Trong nghiên cứu này, chúng tôi báo cáo bộ gen diệp lục hoàn chỉnh của loài thảo dược quan trọng Huperzia serrata (Lycopodiaceae) và so sánh nó với bộ gen diệp lục của loài liên quan H. lucidula.Phương pháp và Kết quả:Bộ gen diệp lục toàn bộ của H. serrata đã được giải trình tự bằng nền tảng Illumina và lắp ráp với Geneious phiên bản R9.0.5. Kích thước bộ gen của H. serrata là 154.176 bp, với tỷ lệ GC là 36,3%. Bộ gen diệp lục hoàn chỉnh chứa 120 gen độc đáo, bao gồm 86 gen mã hóa, bốn gen rRNA, và 30 gen tRNA. So sánh với bộ gen diệp lục của H. lucidula đã phát hiện ba vùng biến đổi cao (rps16‐chlB, ycf12‐trnR, và ycf1) giữa hai loài này và 252 sự kiện đột biến, bao gồm 27 đa hình chèn/xóa và 225 đa hình nucleotide đơn (SNPs). Chín mươi hai SNPs đã được xác định trong các vùng mã hóa gen. Ngoài ra, 18 vị trí vi thể cũng đã được phát hiện, có thể được sử dụng trong các nghiên cứu địa sinh học.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1007/4735_2007_0223

10.1186/s12863-014-0138-z

Guo S.‐L., 2005, FTIR spectra‐principal component analysis of phenetic relationships of Huperzia serrata and its closely related species, Guangpuxue Yu Guangpu Fenxi, 25, 693

10.1016/S0076-6879(05)95020-9

Ji S., 2007, Phylogeny relationship and molecular identification of ten Huperzia species (Huperziaceae) based on matK sequences, China Journal of Chinese Materia Medica, 32, 1971

10.1186/1471-2148-10-321

10.1093/molbev/mst010

10.1093/bioinformatics/bts199

10.1016/j.ympev.2011.03.010

10.1371/journal.pone.0026597

10.3724/SP.J.1259.2013.00072

10.1093/bioinformatics/btp187

10.1007/s00294-007-0161-y

10.1093/nar/25.5.955

10.1111/jse.12180

10.1261/rna.045575.114

10.1126/science.255.5052.1697

10.1093/nar/gki366

10.3389/fpls.2015.00662

Stieneke D., 2007, Imperfect SSR Finder, Version 1.0. USDA‐ARS

Tang X.‐C., 1996, Huperzine A (shuangyiping): A promising drug for Alzheimer's disease, Acta Pharmacologica Sinica, 17, 481

10.1007/s10265-006-0055-y

Wang L., 1998, Observations of 36 cases on Alzheimer's disease treatment using Huperzine A, Journal of Nantong Medical College, 18, 486

10.1016/j.gene.2005.01.018

10.1093/bioinformatics/bth352

Zhang L. B., 2013, Flora of China, 37

Zhang L. B., 2004, Flora Reipublicae Popularis Sinicae, 86

Thông tin
Thông tin xuất bản

Applications in Plant Sciences

Tập 4 Số 11

Thông tin tác giả