Chuỗi nucleotide đầy đủ của virus đốm quả đậu RNA1: So sánh chuỗi và mối quan hệ tiến hóa với các comovirus khác

Virus Genes - Tập 18 - Trang 129-137 - 1999
Rong Di1, Chung-Chi Hu1, Said A. Ghabrial1
1Department of Plant Pathology, University of Kentucky, Lexington USA

Tóm tắt

Chuỗi nucleotide đầy đủ của RNA1 virus đốm quả đậu (BPMV) đã được xác định. Nó dài 5983 nucleotide, không tính đuôi poly(A), và mã hóa một polyprotein gồm 1850 dư lượng axit amin (aa). Các phân tích đồng nhất nhiều chuỗi của polyprotein BPMV với các polyprotein của virus mosaic đậu tây (CPMV), virus đốm đỏ cỏ (RCMV) và virus mosaic nặng đậu tây (CPSMV) cho thấy rằng RNA1 BPMV mã hóa tập hợp dự đoán của năm protein trưởng thành: tương đương với yếu tố đồng xúc tác protease 32K của CPMV, helicase 58K khả nghi, VPg, protease 24K và RNA polymerase phụ thuộc RNA khả nghi 87K. Trong bốn vị trí cắt đề xuất trong polyprotein RNA1 BPMV, vị trí tại điểm 32K/58K (Q/A) là đặc trưng cho polyprotein BPMV và các điểm tại các giao nhau 58K/VPg và VPg/24K (Q/S và Q/M, tương ứng) là giống nhau trong cả bốn polyprotein của comovirus. So sánh chuỗi và phân tích phát sinh chủng cho thấy rằng RNA1 BPMV có mối quan hệ gần gũi hơn với CPSMV so với CPMV hoặc RCMV.

Từ khóa

#RNA virus #comovirus #polyprotein #phylogenetic analysis #evolutionary relationships

Tài liệu tham khảo

Yamamoto H., Katsuki T., Hinuma Y., Hoshino H., Miwa M., Fujiki H., and Sugimura T., Int J Cancer 28, 125-129, 1981.

zur Hausen H., O'Neill F.J., Freese U.K., and Hecker E., Nature 272, 373-375, 1978.

Luka J., Kallin B., and Klein G., Virology 94, 228-231, 1979.

Henle W., Henle G., Zajac B.A., Pearson G., Waubke R., and Scriba M., Science 169, 188-190, 1970.

Sairenji T. and Hinuma Y., Int J Cancer 26, 337-342, 1980.

Takada K., Int J Cancer 33, 27-32, 1984.

Tovey M.G., Lenoir G., and Begon-Lours J., Nature 276, 270-272, 1978.

Daibata M., Humphreys R.E., Takada K., and Sairenji T., J Immunol 144, 4788-4793, 1990.

Daibata M., Mellinghoff I., Takagi S., Humphreys R.E., and Sairenji T., J Immunol 147, 292-297, 1991.

Takagi S., Daibata M., Last T.J., Humphreys R.E., Parker D.C., and Sairenji T., J Exp Med 174, 381-388, 1991.

Chevallier-Greco A., Manet E., Chavrier P., Mosnier C., Daillie J., and Sergeant A., EMBO J 5, 3243-3249, 1986.

Countryman J. and Miller G., Proc Natl Acad Sci USA 82, 4085-4089, 1985.

Takada K., Shimizu N., Sakuma S., and Ono Y., J Virol 57, 1016-1022, 1986.

Daibata M., Speck S.H., Mulder C., and Sairenji T., Virology 198, 446-454, 1994.

Marshall C.J., Cell 80, 179-185, 1995.

Seger R. and Krebs E.G., FASEB J 9, 726-735, 1995.

Chen R.H., Sarnecki C., and Blenis J., Mol Cell Biol 12, 915-927, 1992.

Gonzalez F.A., Seth A., Raden D.L., Bowman D.S., Fay F.S., and Davis R.J., J Cell Biol 122, 1089-1101, 1993.

Lenormand P., Sardet C., Pages G., L'Allemain G., Brunet A., and Pouyssegur J., J Cell Biol 122, 1079-1088, 1993.

Gille H., Sharrocks A.D., and Shaw P.E., Nature 358, 414-417, 1992.

Marais R., Wynne J., and Treisman R., Cell 73, 381-393, 1993.

Alvarez E., Northwood I.C., Gonzalez F.A., Latour D.A., Seth A., Abate C., Curran T., and Davis R.J., J Biol Chem 266, 15277-15285, 1991.

Chou S.Y., Baichwal V., and Ferrell J.E. Jr., Mol Biol Cell 3, 1117-1130, 1992.

Pulverer B.J., Kyriakis J.M., Avruch J., Nikolakaki E., and Woodgett J.R., Nature 353, 670-674, 1991.

Seth A., Gonzalez F.A., Gupta S., Raden D.L., and Davis R.J., J Biol Chem 267, 24796-24804, 1992.

Davis R.J., J Biol Chem 268, 14553-14556, 1993.

Tordai A., Franklin R.A., Patel H., Gardner A.M., Johnson G.L., and Gelfand E.W., J Biol Chem 269, 7538-7543, 1994.

Alessi D.R., Cuenda A., Cohen P., Dudley D.T., and Saltiel A.R., J Biol Chem 270, 27489-27494, 1995.

Dudley D.T., Pang L., Decker S.J., Bridges A.J., and Saltiel A.R., Proc Natl Acad Sci USA 92, 7686-7689, 1995.

Mellinghoff I., Daibata M., Humphreys R.E., Mulder C., Takada K., and Sairenji T., Virology 185, 922-928, 1991.

Anderson N.G., Maller J.L., Tonks N.K., and Sturgill T.W., Nature 343, 651-653, 1990.

Nishida E. and Gotoh Y., Trends BiochemSci 18, 128-131, 1993.

Seger R., Ahn N.G., Posada J., Munar E.S., Jensen A.M., Cooper J.A., Cobb M.H., and Krebs E.G., J Biol Chem 267, 14373-14381, 1992.

Daibata M., Humphreys R.E., and Sairenji T., Virology 188, 916-920, 1992.

Speck S.H., Chatila T., and Flemington E., Trends Microbiol 5, 399-405, 1997.

Rowe M., Lear A.L., Croom Carter D., Davies A.H., and Rickinson A.B., J Virol 66, 122-131, 1992.

Miller C.L., Lee J.H., Kieff E., and Longnecker R., Proc Natl Acad Sci USA 91, 772-776, 1994.

Miller C.L., Burkhardt A.L., Lee J.H., Stealey B., Longnecker R., Bolen J.B., and Kieff E., Immunity 2, 155-166, 1995.

Fruehling S. and Longnecker R., Virology 235, 241-251, 1997.

Panousis C.G. and Rowe D.T., J Virol 71, 4752-4760, 1997.