Phân tích và hiển thị mô hình biểu hiện toàn bộ hệ gene

Michael B. Eisen1, Paul T. Spellman1, Patrick O. Brown1, David Botstein1
1Department of Genetics and Department of Biochemistry and Howard Hughes Medical Institute, Stanford University School of Medicine, 300 Pasteur Avenue, Stanford, CA 94305

Tóm tắt

Một hệ thống phân tích cụm cho dữ liệu biểu hiện gene toàn bộ hệ gene từ sự lai tạp của microarray DNA được mô tả sử dụng các thuật toán thống kê chuẩn để sắp xếp các gene theo mức độ tương đồng trong biểu đồ biểu hiện gene. Đầu ra được hiển thị dưới dạng đồ thị, truyền tải sự phân cụm và dữ liệu biểu hiện cơ bản đồng thời dưới một hình thức trực quan cho các nhà sinh học. Chúng tôi đã tìm thấy trong nấm men nở hoa Saccharomyces cerevisiae rằng việc phân cụm dữ liệu biểu hiện gene nhóm các gene có chức năng tương tự đã biết lại với nhau một cách hiệu quả, và chúng tôi cũng tìm thấy xu hướng tương tự trong dữ liệu của con người. Do đó, các mô hình thấy được trong các thí nghiệm biểu hiện toàn bộ hệ gene có thể được diễn giải như các chỉ dẫn về trạng thái của các quá trình tế bào. Hơn nữa, việc đồng biểu hiện của các gene biết chức năng với các gene ít được đặc trưng hoặc mới có thể cung cấp một cách đơn giản để có được manh mối chức năng của nhiều gene mà thông tin hiện tại chưa có sẵn.

Từ khóa

#phân tích cụm #biểu hiện gene #hệ gen toàn bộ #lai tạp microarray #Saccharomyces cerevisiae #quá trình tế bào #đồng biểu hiện #chức năng gene

Tài liệu tham khảo

10.1126/science.270.5235.467

10.1126/science.270.5235.484

10.1038/nbt1296-1675

10.1007/978-3-642-97966-8

R R Sokal, C D Michener Univ Kans Sci Bull 38, 1409–1438 (1958).

10.1073/pnas.93.20.10614

10.1101/gr.6.7.639

10.1126/science.278.5338.680

Spellman P. T. Sherlock G. Iyer V. R. Zhang M. Anders K. Eisen M. B. Brown P. O. Botstein D. & Futcher B. (1998). Mol. Biol. Cell in press.

10.1126/science.282.5389.699

Iyer V. R. Eisen M. B. Ross D. R. Schuler G. Moore T. Lee J. C. F. Trent J. M. Hudson J. Boguski M. Lashkari D. et al. (1998) Science in press.

10.1038/387s067

10.1128/mcb.1.11.1007-1015.1981

10.1007/BF00281618

10.1242/jeb.201.8.1177

10.1016/0092-8674(81)90326-3