Onuchic J. N., 1997, Annu. Rev. Phys. Chem., 48, 545, 10.1146/annurev.physchem.48.1.545
Ozenne V., 2012, J. Am. Chem. Soc., 134, 15138, 10.1021/ja306905s
Levy Y., 2001, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 98, 2188, 10.1073/pnas.041611998
Miao Y., 2014, Phys. Chem. Chem. Phys., 30, 6398, 10.1039/c3cp53962h
Fenwick R. B., 2014, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 111, E445, 10.1073/pnas.1323440111
Bahar I., 2010, Annu. Rev. Biophys., 39, 23, 10.1146/annurev.biophys.093008.131258
Berlin K., 2013, J. Am. Chem. Soc., 135, 16595, 10.1021/ja4083717
Kleckner I. R., 2011, Biochim. Biophys. Acta, 1814, 942, 10.1016/j.bbapap.2010.10.012
Stone J. E., 2007, J. Comput. Chem., 28, 2618, 10.1002/jcc.20829
Salomon-Ferrer R., 2013, J. Chem. Theory Comput., 9, 3878, 10.1021/ct400314y
Götz A. W., 2012, J. Chem. Theory Comput., 8, 1542, 10.1021/ct200909j
Piana S., 2012, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 1201811109
Lindorff-Larsen K., 2011, Science, 334, 517, 10.1126/science.1208351
Pande V. S., 2010, Methods, 52, 99, 10.1016/j.ymeth.2010.06.002
Chodera J. D. J., 2014, Curr. Opin. Struct. Biol., 25, 135, 10.1016/j.sbi.2014.04.002
Prinz J. H., 2011, Phys. Chem. Chem. Phys., 13, 16912, 10.1039/c1cp21258c
Beauchamp K. A., 2011, J. Chem. Theory Comput., 7, 3412, 10.1021/ct200463m
Senne M., 2012, J. Chem. Theory Comput., 8, 2223, 10.1021/ct300274u
Pande V. S., 2010, Methods, 52, 99, 10.1016/j.ymeth.2010.06.002
Swendsen R. H., 1986, Phys. Rev. Lett., 57, 2607, 10.1103/PhysRevLett.57.2607
Hansmann U. H. E., 1997, Chem. Phys. Lett., 281, 140, 10.1016/S0009-2614(97)01198-6
Zhou R., 2007, Methods Mol. Biol., 350, 205
Prinz J.-H. H., 2011, J. Chem. Phys., 134, 244108, 10.1063/1.3592153
Saunders M. G., 2013, Annu. Rev. Biophys., 42, 73, 10.1146/annurev-biophys-083012-130348
Tozzini V., 2005, Curr. Opin. Struct. Biol., 15, 144, 10.1016/j.sbi.2005.02.005
Xin Y., 2010, J. Chem. Phys., 132, 224101, 10.1063/1.3432761
Huang X., 2009, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 106, 19765, 10.1073/pnas.0909088106
Luty B. A., 1993, J. Am. Chem. Soc., 115, 11874, 10.1021/ja00078a027
Swope W. C., 2004, J. Phys. Chem. B, 108, 6571, 10.1021/jp037421y
Swope W. C., 2004, J. Phys. Chem. B, 108, 6582, 10.1021/jp037422q
Voelz V. A., 2010, J. Am. Chem. Soc., 132, 1526, 10.1021/ja9090353
Lane T. J., 2011, J. Am. Chem. Soc., 133, 18413, 10.1021/ja207470h
Bowman G. R., 2010, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 107, 10890, 10.1073/pnas.1003962107
Deng N., 2013, J. Phys. Chem. B, 117, 12787, 10.1021/jp401962k
Radford I. H., 2011, J. Phys. Chem. B, 115, 7459, 10.1021/jp112158w
Chodera J. D., 2007, J. Chem. Phys., 126, 155101, 10.1063/1.2714538
Chodera J. D., 2007, J. Chem. Theory Comput., 3, 26, 10.1021/ct0502864
Yang S., 2009, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 106, 3776, 10.1073/pnas.0808261106
Shukla D., 2014, Nat. Commun., 5, 3397, 10.1038/ncomms4397
Kohlhoff K. J., 2014, Nat. Chem., 6, 15, 10.1038/nchem.1821
Malmstrom, R. D.; Kornev, A. P.; Taylor, S. S.; Amaro, R. E. (2014, Submitted.
Berman H. M., 2005, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 102, 45, 10.1073/pnas.0408579102
Kannan N., 2007, Genome Biol., 8, R264, 10.1186/gb-2007-8-12-r264
Taylor S. S., 2012, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 13, 646, 10.1038/nrm3432
Sjoberg T. J., 2010, Protein Sci., 19, 1213, 10.1002/pro.400
Su Y., 1995, Science, 269, 807, 10.1126/science.7638597
Kim C., 2005, Science, 307, 690, 10.1126/science.1104607
Sjoberg T. J., 2010, Protein Sci., 19, 1213, 10.1002/pro.400
Das R., 2007, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 104, 93, 10.1073/pnas.0609033103
Shaw D. E., 2008, Commun. ACM, 51, 91, 10.1145/1364782.1364802
Schwantes C. R., 2013, J. Chem. Theory Comput., 9, 2000, 10.1021/ct300878a
Bowman G. R., 2010, J. Chem. Theory Comput., 6, 787, 10.1021/ct900620b
Das R., 2007, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 104, 93, 10.1073/pnas.0609033103
Kohlhoff K. J., 2014, Nat. Chem., 6, 15, 10.1038/nchem.1821
Peng C., 2011, PLoS Comput. Biol., 7, e1002082, 10.1371/journal.pcbi.1002082
Peng C., 2010, Biophys. J., 98, 2356, 10.1016/j.bpj.2010.01.044
Prinz J.-H., 2011, J. Chem. Phys., 134, 174105, 10.1063/1.3565032
McGibbon R. T., 2013, J. Chem. Theory Comput., 9, 2900, 10.1021/ct400132h
Prinz J.-H. H., 2011, J. Chem. Phys., 134, 174105, 10.1063/1.3565032
Rohrdanz M. a, 2011, J. Chem. Phys., 134, 124116, 10.1063/1.3569857
Chodera J. D., 2007, J. Chem. Phys., 126, 155101, 10.1063/1.2714538
Swope W. C., 2004, J. Phys. Chem. B, 108, 6571, 10.1021/jp037421y
Chodera J. D., 2006, Multiscale Model. Simul., 5, 1214, 10.1137/06065146X
Bowman G. R., 2009, Methods, 49, 197, 10.1016/j.ymeth.2009.04.013
Röblitz S., 2013, Adv. Data Anal. Classif., 7, 147, 10.1007/s11634-013-0134-6
Berezovska G., 2012, J. Chem. Phys., 137, 194101, 10.1063/1.4764868
Enright A. J., 2002, Nucleic Acids Res., 30, 1575, 10.1093/nar/30.7.1575
Gfeller D., 2007, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 104, 1817, 10.1073/pnas.0608099104
Metzner P., 2009, Multiscale Model. Simul., 7, 1192, 10.1137/070699500
Xia J. C., 2013, J. Phys. Chem. B, 117, 6625, 10.1021/jp400797y