Ma trận thay thế axít amin từ các khối protein.

Các phương pháp căn chỉnh chuỗi protein thường đo độ tương đồng bằng cách sử dụng ma trận thay thế với điểm số cho tất cả các khả năng thay thế giữa các axít amin. Các ma trận được sử dụng rộng rãi nhất dựa trên mô hình tốc độ tiến hóa của Dayhoff. Sử dụng một phương pháp khác, chúng tôi đã suy ra các ma trận thay thế từ khoảng 2000 khối các đoạn chuỗi căn chỉnh, đặc trưng hóa hơn 500 nhóm protein họ hàng. Điều này dẫn đến sự cải thiện đáng kể trong việc căn chỉnh và tìm kiếm sử dụng các truy vấn từ mỗi nhóm.