ACOGNA2: Thuật toán mới nhằm tối đa hóa độ chính xác trong việc căn chỉnh mạng lưới toàn cầu

Ngoc Anh Vu Thi1, Ngoc Ha Tran2, Duc Dong Do3, Phuc Thai4
1Hanoi College of Industrial Economics
2TNU-University of education
3Vietnam National University-Hanoi
4Virginia Commonwealth University

Tóm tắt

Các protein không hoạt động độc lập, chúng tương tác với nhau. Các tương tác này được mô hình hóa thông qua mạng lưới tương tác protein (PPI). Vấn đề căn chỉnh mạng lưới PPI có ý nghĩa lớn trong lĩnh vực y sinh và đã thu hút sự quan tâm của nhiều nhà nghiên cứu. Bài báo này giới thiệu một thuật toán mới gọi là ACOGNA2 để căn chỉnh toàn cầu các mạng lưới PPI. Các thí nghiệm cho thấy thuật toán đề xuất vượt trội hơn so với các thuật toán tiên tiến nhất hiện nay.

Từ khóa

#Ant colony optimization #PPI networks #networks alignment

Tài liệu tham khảo

10.1093/bioinformatics/bts592

10.1093/bioinformatics/btu409

10.1093/bioinformatics/btv161

10.1073/pnas.0806627105

10.1093/bioinformatics/btr127

10.1093/bioinformatics/btw447

10.7551/mitpress/1290.001.0001

10.21553/rev-jec.44

park, 2010, Isobase: a database of functionally related proteins across ppi networks, Nucleic Acids Research, 39, 295d, 10.1093/nar/gkq1234

neri, 2011, Handbook of memetic algorithms, Studies in Computational Intelligence, 379

10.1006/jmbi.2000.5197

10.1089/cmb.2006.13.182

10.1093/bioinformatics/btt071

10.1073/pnas.0409522102

10.1109/KSE.2016.7758021

10.1109/ATC.2015.7388345

10.1093/nar/gkh411

10.1186/s13637-015-0022-9

10.1098/rsif.2010.0063