Một phương pháp phát hiện virus kết hợp xử lý DNase và ứng dụng vào việc xác định hai loài parvovirus bò

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - Tập 98 Số 20 - Trang 11609-11614 - 2001
Tobias Allander1, Suzanne U. Emerson1, Ronald E. Engle1, Robert H. Purcell1, Jens Bukh1
1Sections for Hepatitis Viruses and Molecular Hepatitis, Laboratory of Infectious Diseases, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Bethesda, MD 20892

Tóm tắt

Nhận diện các tác nhân virus chưa được nhận biết trước đây trong mẫu huyết thanh hoặc huyết tương là một mối quan tâm lớn về mặt y học nhưng vẫn là một thách thức lớn do sự hiện diện phong phú của DNA ký chủ. Các phương pháp hiện tại như sàng lọc thư viện hoặc phân tích chênh lệch đại diện (RDA) rất tốn công và yêu cầu các bộ mẫu đã chọn. Chúng tôi đã phát triển một phương pháp đơn giản và tái hiện được để phát hiện virus trong các mẫu huyết thanh đơn, dựa trên xử lý DNase của huyết thanh, tiếp theo là phân cắt enzyme hạn chế và khuếch đại primer đơn không phụ thuộc chuỗi (SISPA) của các mảnh, và đã đánh giá hiệu suất của phương pháp này trên các virus đã biết. Cả virus DNA và virus RNA với nồng độ ≈10^6 tương đương genome/ml đều được nhận diện ổn định trong 50 μl huyết thanh. Trong quá trình đánh giá phương pháp, hai parvovirus chưa biết trước đây đã được phát hiện trong huyết thanh bò được sử dụng làm chất pha loãng. Trình tự genome gần hoàn chỉnh của từng virus đã được xác định; việc phân loại của chúng như hai loài (tạm thời được đặt tên là parvovirus bò 2 và 3) đã được xác nhận qua phân tích phân loại học. Cả hai virus được phát hiện là tác nhân gây nhiễm thường xuyên trong huyết thanh bò thương mại. Xử lý DNase của các mẫu huyết thanh có thể trở thành một công cụ rất hữu ích cho việc phát hiện virus. Phương pháp DNase-SISPA thích hợp cho việc kiểm tra một số lượng lớn các mẫu và cũng cho phép xác định nhanh trình tự của các virus đậm đặc.

Từ khóa

#virus discovery #DNase treatment #parvovirus #bovine serum #genome sequencing #phylogenetic analysis

Tài liệu tham khảo

Q L Choo, G Kuo, A J Weiner, L R Overby, D W Bradley, M Houghton Science 244, 359–362 (1989).

A S Muerhoff, T P Leary, S M Desai, I K Mushahwar J Med Virol 53, 96–103 (1997).

G R Reyes, J P Kim Mol Cell Probes 5, 473–481 (1991).

P Froussard Nucleic Acids Res 20, 2900 (1992).

G R Reyes, M A Purdy, J P Kim, K C Luk, L M Young, K E Fry, D W Bradley Science 247, 1335–1339 (1990).

S M Matsui, J P Kim, H B Greenberg, W Su, Q Sun, P C Johnson, H L DuPont, L S Oshiro, G R Reyes J Clin Invest 87, 1456–1461 (1991).

J Linnen, J Wages, Z Y Zhang-Keck, K E Fry, K Z Krawczynski, H Alter, E Koonin, M Gallagher, M Alter, S Hadziyannis, et al. Science 271, 505–508 (1996).

N Lisitsyn, N Lisitsyn, M Wigler Science 259, 946–951 (1993).

J N Simons, T J Pilot-Matias, T P Leary, G J Dawson, S M Desai, G G Schlauder, A S Muerhoff, J C Erker, S L Buijk, M L Chalmers, et al. Proc Natl Acad Sci USA 92, 3401–3405 (1995).

T Nishizawa, H Okamoto, K Konishi, H Yoshizawa, Y Miyakawa, M Mayumi Biochem Biophys Res Commun 241, 92–97 (1997).

C R Steinman J Clin Invest 56, 512–515 (1975).

P M Rumore, C R Steinman J Clin Invest 86, 69–74 (1990).

M C Bickerstaff, M Botto, W L Hutchinson, J Herbert, G A Tennent, A Bybee, D A Mitchell, H T Cook, P J Butler, M J Walport, et al. Nat Med 5, 694–697 (1999).

W S Prince, D L Baker, A H Dodge, A E Ahmed, R W Chestnut, D V Sinicropi Clin Exp Immunol 113, 289–296 (1998).

S F Altschul, T L Madden, A A Schaffer, J Zhang, Z Zhang, W Miller, D J Lipman Nucleic Acids Res 25, 3389–3402 (1997).

V V Lukashov, J Goudsmit J Virol 75, 2729–2740 (2001).

R D Page Comput Appl Biosci 12, 357–358 (1996).

N Ogata, R H Miller, K G Ishak, R H Purcell Virology 194, 263–276 (1993).

J Bukh, C L Apgar, M Yanagi Virology 262, 470–478 (1999).

A B Sørensen, M Duch, P Jørgensen, F S Pedersen J Virol 67, 7118–7124 (1993).

K C Chen, B C Shull, E A Moses, M Lederman, E R Stout, R C Bates J Virol 60, 1085–1097 (1986).

A Matsumoto, A E Yeo, J W Shih, E Tanaka, K Kiyosawa, H J Alter Hepatology 30, 283–288 (1999).

C E Corless, M Guiver, R Borrow, V Edwards-Jones, E B Kaczmarski, A J Fox J Clin Microbiol 38, 1747–1752 (2000).

Thông tin
Thông tin xuất bản

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Tập 98 Số 20

11609-11614

Thông tin tác giả